一、口腔粘膜脱落细胞采集注意:为了保证样本不被食物或者饮料污染,取样前30min内请勿进食和饮水。1、洗净双手;2、取出棉签;3、手持棉签,伸进口腔,从口腔内侧颊粘膜处(腮帮子内侧)反复擦拭40次以上(不时旋转棉棒),取出棉签;4、从试管盒中取出试管,打开管盖,将棉签头部伸入管中,用力掰断,将棉签头部留在管内,并扣紧管盖。二、口腔拭子基因组DNA提取(天根Kit,DP322)使用前,请先在缓冲液GD和漂洗液PW中加入无水乙醇,加入体积请参照瓶上的标签。1.处理材料:将在面颊内擦拭过的棉签转置于2ml离心管中,用剪刀将棉签部分从其杆上剪下,加入600ul缓冲液GA。注意:如果需要去除RNA,可加入4μlRNaseA(100mg/ml)溶液(客户自备,目录号:RT405-12),振荡15sec,室温放置5min。 2.加入40ulProteinaseK溶液,涡旋10sec混匀,56°C放置20min,其间每7min涡旋混匀数次。 3.加入600ul缓冲液GB,充分颠倒混匀,70°C放置10min。此时溶液应变清亮,简短离心以去除管盖内壁的液滴,然后挤压去除拭子,将尽可能多的裂解液转移至新的离心管中。 注意1:加入缓冲液GB时可能会产生白色沉淀,一般70°C放置时会消失,不会影响后续实验。如溶液未变清亮,说明细胞裂解不彻底,可能导致提取DNA量少和提取出的DNA不纯。 注意2:如果由于拭子上细胞数少导致提取的基因组DNA少于1μg,可以在添加缓冲液GB的同时添加CarrierRNA(客户自备,目录号:RT416)。 4.加300ul无水乙醇,充分颠倒混匀,简短离心以去除管盖内壁的液滴。 注意:加入无水乙醇后可能会出现絮状沉淀,但不影响DNA提取。 5.将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CR2中(吸附柱CR2放入收集管中),12,000rpm(~13,400×g)离心30sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管中。 注意:第4步液体总体积超过800ul,分两次转移。6.向吸附柱CR2中加入500μl缓冲液GD(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(~13,400×g)离心30sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管中。 7.向吸附柱CR2中加入600μl漂洗液PW(使用前请先检查是否已加入无水乙醇),12,000rpm(~13,400×g)离心30sec,倒掉收集管中的废液,将吸附柱CR2放回收集管。8.重复操作步骤7。9.12,000rpm(~13,400×g)离心2min,倒掉废液。将吸附柱CR2室温放置数分钟,以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。注意:这一步的目的是将吸附柱中残余的漂洗液去除,漂洗液中乙醇的残留会影响后续的酶反应(酶切、PCR等)实验。10.将吸附柱CR2转入一个干净的离心管中,向吸附膜中间位置悬空滴加20-50μl洗脱缓冲液TB,室温放置2-5min,12,000rpm(~13,400×g)离心2min。注意:洗脱缓冲液体积不应少于20μl,体积过小影响回收效率。为增加基因组DNA的得率,可将离心得到的溶液再加入吸附柱CR2中,室温放置2min,12,000rpm(~13,400×g)离心2min。洗脱液的pH对于洗脱效率有很大影响。若用ddH2O做洗脱液应保证其pH值在7.0-8.5范围内,pH值低于7.0会降低洗脱效率;且DNA产物应保存在-20°C,以防DNA降解。DNA浓度及纯度检测得到的基因组DNA片段的大小与样品保存时间、操作过程中的剪切力等因素有关。回收得到的DNA片段可用琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计检测浓度与纯度。DNA应在OD260处有显著吸收峰,OD260值为1相当于大约50μg/ml双链DNA、40μg/ml单链DNA。OD260/OD280比值应为1.7-1.9,如果洗脱时不使用洗脱缓冲液,而使用ddH2O,比值会偏低,因为pH值和离子存在会影响光吸收值,但并不表示纯度低。琼脂糖凝胶电泳1、配置琼脂糖凝胶(1%)(以配置100ml琼脂糖凝胶为例)1)称取1g琼脂糖,倒入锥形瓶中;2)加100ml1*TAE,摇晃均匀,放入微波炉中加热至琼脂糖完全溶解(其间可取出锥形瓶摇几次,以促进琼脂糖溶解);3)取出锥形瓶,待瓶身温度降至50度左右时(不烫手),加入1-2ul荧光染料,摇匀;4)倒入制胶板中,插上梳子,待其凝固。2、电泳1)从胶板上取下凝胶,在1*TAE中浸泡使胶孔中充满1*TAE(可直接在电泳槽中加样,也可把凝胶取出加样);2)将PCR产物与6*LoadingBuffer充分混匀;3)将混合液加至凝胶孔中(注意留出加marker的孔);4)加marker(根据片段大小选择合适大小的marker);5)选择合适的电压开始电泳(一般选择160V,10-15min);6)停止电泳,在凝胶成像仪上观察并拍照。