基因组DNA提取与扩增

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资源描述

1酚:氯仿法基因组的提取1.取小块肌肉组织于600μlTNES中剪碎,加蛋白酶K(20mg/ml)3μl(至终浓度为100μg/ml),于56℃3h,使组织块完全消化。2.加600μl酚:氯仿:异戊醇=25:24:1,缓慢的来回颠倒离心管10min,充分混合两相至乳浊状。3.室温12000rpm10min,取上清至新EP管。4.向上清中加等体积的氯仿:异戊醇=24:1,颠倒摇动10min。5.室温12000rpm10min,取上清至另一新EP管。6.向上清中加0.1V的NaAC(3mol/L)pH5.2,1V的异丙醇,混匀后室温静置4-5min。7.12000rpm10min,去上清(用枪吸)。8.70%乙醇洗沉淀,12000rpm5min,用枪吸出上清,轻旋后用小枪彻底吸出乙醇;凉干。9.水溶后加1μlRNase,37℃孵育30min。1mol/LTris:20mlDDW16mlTris碱2.422g浓HCl(约0.84ml)调节pH至8.0,加DDW至20ml,高压灭菌。5mol/LNaCl:20mlDDW16mlNaCl5.844g加DDW定容至20ml,分装后高压灭菌。0.5mol/LEDTA:20mlDDW16ml乙二胺四乙酸二钠3.722g用固体NaOH调节pH至8.0(约0.4g),定容至20ml,高压灭菌。10%SDS:20mlDDW16mlSDS2g(加热至68℃助溶)加入几滴浓盐酸调节pH至7.2,加DDW定容至20ml.10MUrea:1mlUrea12.012gDDW14ml定容至20ml。TE缓冲液pH8.0:20ml10mMTris-ClpH8.01mMEDTApH8.01mol/LTris-Cl200ul0.5mol/LEDTA40ul加DDW29.76ml定容至20ml。210mg/mlRNA酶:1mlRnaseA10mg(10mmol/LTris-Cl(pH7.5)、15mmol/LNaCl)1ml于100℃加热15min,缓慢冷却至室温,分装成小份保存于-20℃。1mol/LTris-Cl0.5mlDDW9.5ml定容至10ml。取1ml加5mol/LNaCl3ul。TNES:10mMTris-ClpH8.0,125mMNaCl,10mMEDTApH8.0,0.5%SDS,4MUrea。配制TNES30ml1mol/LTris-Cl300ul5mol/LNaCl750ul0.5mol/LEDTA600ul10%SDS1.5ml20MUrea12ml加DDW14.85ml定容至30ml。20mg/ml蛋白酶K:1ml蛋白酶K20mgDDW1ml称量配制均在EP管中操作。平衡的酚:经0.5mol/LTris·ClpH8.0平衡,多次抽提,使其pH在7.8以上。(购买)NaAC(3mol/L):20mlDDW10ml无水乙酸钠4.922g用冰乙酸调pH值至5.2,补DDW至20ml,高压灭菌。3M的醋酸钠有H2O分子的作用,促进DNA沉淀,PH4.8的醋酸钠溶液降低了反应混合物中的pH值,起到中和作用,从而染色体DNA或质粒复性,并聚集成不可溶的网络状聚合物。同时高浓度的醋酸钠亦会引起蛋白质-SDS复合物和高分子量的RNA分子发生沉淀。通过离心处理,便可把网络状的DNA聚合物同变性的蛋白质-DNA及RNA等以复合物形式沉淀出来,从而使.DNA得到纯化。酚:氯仿:异戊醇:20ml平衡酚10ml氯仿9.6ml异戊醇0.4ml氯仿:异戊醇:20ml氯仿19.2ml异戊醇0.8ml3基因组DNAPCR扩增反应条件:冷启动1)94℃4min2)94℃1min3)58℃/65℃30s4)72℃2min30s5)72℃7min6)4℃5min7)16℃59min反应体系:模板:10×稀释后取1ul总体积/管50ulDDW37.75.ul10×buffer5uldNTP(2.5uM)4ul模板1ulTaq酶(5U)0.25ul引物1(50uM)1ul引物2(50uM)1ul36循环

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