静息态处理全过程.PPT

1Resting-statefMRI:DataProcessing严超赣[e-mail]北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室©2008SKLCNL2Outline•预处理•ALFF,ReHo,FC计算•统计•结果呈现•文献管理3预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.084数据整理被试信息整理5数据整理被试信息整理6数据整理被试信息整理原始数据整理静息功能数据结构数据DTI数据7数据整理被试信息整理原始数据整理静息功能数据结构数据DTI数据8预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.089DICOM-NIFTIMRIcroN’sdcm2niiguiSPM5’sDICOMImport10预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0811预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0812SliceTimingWhy?13SliceTimingWhy?Huetteletal.,200414SliceTiming1:2:33,2:2:323322-(2/33)3315SliceTiming16预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0817RealignWhy?18Realign19Realign检查头动?b=load(‘rp_name.txt’);c=max(abs(b));c(4:6)=c(4:6)*180/pi;20预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0821NormalizeWhy?Huetteletal.,200422mean_name.imgr*.imgEPI.nii-90-126-72;909010833323Normalize24预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0825SmoothWhy?•减少被试间的空间结构差异；•有利统计检验的有效性;26w*.img平滑核Smooth27预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0828去线性漂移29预处理•数据整理•DICOM-NIFTI•去前10个时间点•SliceTiming•Realign•Normalize•Smooth•去线性漂移•Filter:0.01-0.0830滤波Why?•关心低频的活动31滤波32Outline•预处理•ALFF,ReHo,FC计算•统计•结果呈现•文献管理33ALFFZangetal.,200734ALFF35ReHo注意：预处理时不做平滑，计算完ReHo后再进行平滑。Zangetal.,200436ReHo37功能连接提取协变量•头动参数:rp_name.txt•全脑信号、脑脊液、白质信号38提取协变量39提取协变量40提取协变量41提取协变量42提取协变量43提取协变量44提取协变量45功能连接提取协变量•头动参数:rp_name.txt•全脑信号、脑脊液、白质信号•协变量组合：RPCov=load('rp_name.txt');BCWCov=load('ROI_FCMap_name.txt');Cov=[RPCov,BCWCov];save('Cov.txt','Cov','-ASCII','-DOUBLE','-TABS');46功能连接Voxel-wiseROI-wiser=0.3647Voxel-wise48Voxel-wise49Voxel-wise50Voxel-wise51Voxel-wise52Voxel-wise53Voxel-wise1by1Cov.txt54ROI-wise55ROI-wise56ROI-wise1by1Cov.txt57Outline•预处理•ALFF,ReHo,FC计算•统计•结果呈现•文献管理58统计单样本T检验双样本T检验59单样本T检验统计准备•ALFF:mALFF•ReHo:smReHo•FC:zFC60单样本T检验mALFF-1,smReHo-1m图像1by1i1-161单样本T检验m*-1图像;zFC图像存放SPM.mat的目录62单样本T检验上一步生成的spm.mat63单样本T检验上一步生成的spm.mat164单样本T检验HeightthresholdT=2.687659{p0.05(FDR)}Extentthresholdk=10voxelsspmT_0001.imgPD_1T.img准备制作双样本T检验的MASK65双样本T检验统计准备•ALFF：mALFF•ReHo:smReHo•FC:zFC•Mask66双样本T检验Mask•Mask=PD_1T.img+CON_1T.img0PD_1T.imgCON_1T.imgMask_2T.imgi1+i2067双样本T检验两组的m*图像;zFC图像存放SPM.mat的目录Mask_2T.img68双样本T检验上一步生成的spm.mat69双样本T检验上一步生成的spm.mat1-170双样本T检验HeightthresholdT=Inf{p0.05(FDR)}Extentthresholdk=0voxelsspmT_0001.img71Outline•预处理•ALFF,ReHo,FC计算•统计•结果呈现•文献管理72结果呈现•SPM5•xjview•rest_sliceviewer•MRIcroN73结果呈现—SPM574结果呈现—SPM575结果呈现—xjview76结果呈现—xjview77结果呈现—rest_sliceviewer78结果呈现—MRIcroN79结果呈现—MRIcroN80Outline•预处理•ALFF,ReHo,FC计算•统计•结果呈现•文献管理81文献管理82文献管理83文献管理84文献管理将下载的ens格式文件复制到D:\ProgramFiles\EndNoteX\Styles85Thanksto拼音顺序:郭小娟贺永龙翔宇宋晓伟姚力臧玉峰张寒朱朝喆邹启红左西年……Allthegroupmembers!86Thanksforyourattention!