SIMCA-14.1操作教程

SIMCA软件是由瑞典Umetrics公司于1987年研究开发，是目前全球最受科研工作者欢迎的多元变量统计分析软件，并已经成为多元变量统计分析的标杆。不管您的数据集有多大，变量有多少，SIMCA都能有效的挖掘您的数据，并解释您的数据结果。SIMCA通过PCA、OPLS®、OPLS-DA®、O2PLS®等分析模块来提供最优的解决方案。现结合代谢组学案例，用SIMCA14.1对其进行分析。前言案例背景该实验是使用GC-MS平台来研究经过基因修饰的杨树的表达情况，基因修饰发生在PttPME1基因上，该基因控制果胶甲基酯酶合成（PME）。实验共分为三组，对照组（WT），PttPME1基因上调组（2B）和PttPME1基因下调组（L5）。实验结果经预处理后如下表所示：检测到的物质名称样本名称1.打开SIMCA软件，点击File-New数据导入实验数据经过预处理后，可导入SIMCA软件进行相应的分析操作：2.再点击Regularproject数据导入找到需要导入的数据表2.点击Finish载入分析数据数据导入保存USP为后缀名的SMICA过程中间文件，以便后续的修改工作数据导入14进程栏中，可以看到出现了一个未拟合（Unfitted）的PCA-X模型PCA分析22，得出相关样本的得分图2.得分图展示，样本组间区分PCA分析点击DModX，进行异常点（Outlier）的相关诊断PCA分析OPLS-DA分析（L5VSWT）右击，点击newmodel1.在弹出的对话框中点击observation2.OPLS-DA分析一般针对两个组来做，所以在这里我们选中2B组所有样本，点击exclude，删除该组别的所有样本3.选择modeltype：OPLS-DAOPLS-DA分析（L5VSWT）OPLS-DA分析（L5VSWT）1.点击Scale2.全选，设置type为par，然后点击set点击确定之后，进程栏中，可以看到出现了一个未拟合（Unfitted）的OPLS-DA模型OPLS-DA分析（L5VSWT）OPLS-DA分析（L5VSWT）1.点击Autofit进行OPLS-DA模型的自动拟合求解2.求解得到十个主成分对应的R2X值和Q2值OPLS-DA分析（L5VSWT）1.点击Scores，得出相关样本的得分图2.得分图展示，WT和L5之间可以很好的区分1.点击Analyze-Splot-Splot2.S-plot如右图所示，S形的两个角上的变量，可能就是我们所寻找的biomarkerOPLS-DA分析（L5VSWT）OPLS-DA分析（L5VSWT）1.点击Permutation2.在弹出的对话框中，修改假设检验的次数为200OPLS-DA分析（L5VSWT）所有R2和Q2的左边的点都低于最右边的点；R2和Q2的回归线的斜率大于1；OPLS-DA分析（L5VSWT）1.点击VIPpredictive，得到WT和L5两组变量的VIP预测值（该功能为SIMCA14版本新增）2.VIP预测值分布图OPLS-DA分析（L5VSWT）在该图上右击，create-list，可以导出VIP数值表OPLS-DA分析（L5VSWT）该列数值即为我们希望得到的变量VIPpredictive值，在代谢组学中，一般认为VIP＞1的变量可能为两组的差异代谢物更多信息SIMCA软件相关培训课程：今生，我愿意做一棵树，一半在土里安详，一半在风中张扬！上海百趣生物医学科技有限公司邮箱：[e-mail]电话：[phone]