BLAST和PDB的使用

BLAST和PDB的使用XXX生物技术试验班厚德笃学求是创新Blast简介BLAST是基于序列相似性的数据库搜索程序。BLAST是“局部相似性基本查询工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的缩写。厚德笃学求是创新Blast程序评价序列相似性的两个数据Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、相似性越高则Score值越大。Evalue:氨基酸残基（或碱基）随机排列得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示越匹配。E=0表示完全配对，不存在随机配对。厚德笃学求是创新主要的blast程序程序名查询序列数据库搜索方法Blastn核酸核酸核酸序列搜索逐一核酸数据库中的序列Blastp蛋白质蛋白质蛋白质序列搜索逐一蛋白质数据库中的序列Blastx核酸蛋白质核酸序列翻译成蛋白质序列后和蛋白质数据库中的序列逐一搜索Tblastn蛋白质核酸蛋白质序列和核酸数据库中的核序列翻译后的蛋白质序列逐一比对TBlastx核酸核酸核酸序列翻译成蛋白质序列，再和核酸数据库中的核酸序列翻译成的蛋白质序列逐一进行比对厚德笃学求是创新BLAST检索中采用的数据库类别蛋白数据库：nr:无冗余数据库，汇集了GenBank中所有的蛋白序列+PDB+Swissprot+PIR等汇集；核酸数据库：nr/nt:无冗余数据库，汇集了GenBank+DDBJ+EMBL中所有的核甘酸序（不包括EST)厚德笃学求是创新核苷酸-核苷酸序列比对蛋白质-蛋白质序列比对核酸序列翻译成蛋白质序列-蛋白质数据库中的序列比对蛋白质序列-核酸数据库翻译后的蛋白质序列比对核酸翻译成蛋白质序列-核酸数据库中的核酸译成的蛋白质序列比对导航栏厚德笃学求是创新BLAST的操作流程1.登陆blast主页2.根据数据类型，选择合适的程序3.填写表单信息4.提交任务5.查看和分析结果下面以P03958序列介绍BLAST的使用厚德笃学求是创新P03958蛋白质序列获得的两种方法1、在NCBI的主页中键入P03958查处该蛋白的序列，然后在BLAST中填写信息。2、在BLAST中查找中直接键入序列P03958的序列号。厚德笃学求是创新厚德笃学求是创新NCBI中有关P03958蛋白序列的介绍厚德笃学求是创新获取该蛋白序列厚德笃学求是创新在BLAST网页选择蛋白质-蛋白质序列比对厚德笃学求是创新导入P03958蛋白的全序列在这里选择搜索的数据库接受其他参数默认设置点击开始搜索序列范围（默认全部）厚德笃学求是创新直接在此键入P03958蛋白序列号其余不变厚德笃学求是创新图形示意结果厚德笃学求是创新检索出的四条保守序列相同的结果厚德笃学求是创新带有genbank的链接，点击可以进入相应的genbank序列目标序列描述部分匹配情况，分值，e值选择其中一条得分genbank厚德笃学求是创新比对的详细信息得分E值比较方式（矩阵）空位为0残基完全相同相似性100%序列的排列情况厚德笃学求是创新此处可连接至序列结构厚德笃学求是创新厚德笃学求是创新此处连接该蛋白分子结构得分最高序列NP_031424键入NCBI基因库结果厚德笃学求是创新Adenosinedeaminase(ADA)isamonomericzincdependentenzymewhichcatalyzestheirreversiblehydrolyticdeaminationofbothadenosine,aswellasdesoxyadenosine,toammoniaandinosineordesoxyinosine,respectively.ADAplaysanimportantroleinthepurinepathway.Low,aswellashighlevelsofADAactivityhavebeenlinkedtoseveraldiseases.点击此处进入下载分子3D结构厚德笃学求是创新链接此处此处链接下载Cn3D-4.1软件此处下载ADA蛋白序列3D结构CD3文件厚德笃学求是创新运用软件Cn3D-4.1分析ADA蛋白序列厚德笃学求是创新从PDB中查找该序列搜索栏进入SequenceSearch厚德笃学求是创新导入P03958蛋白序列接受默认设置搜索厚德笃学求是创新搜索到47条结果精化搜索结果厚德笃学求是创新线性比对结果得分最高序列序列相关介绍连接进入查看详细信息厚德笃学求是创新查看该序列的3D结构厚德笃学求是创新在PDB网站中运行J2SERuntimeEnvironmrnt5.0软件查看分子3D结构可进行相关设置厚德笃学求是创新BLAST中软件Cn3D-4.1分析ADA蛋白序列PDB中J2SE5.0分析ADA蛋白序列厚德笃学求是创新3D结构相关网页来源=30063=2ADA厚德笃学求是创新