刘小龙-循环肿瘤DNA(ctDNA)检测策略及临床意义

循环肿瘤DNA(ctDNA)检测策略及临床意义刘小龙，博士、研究员福建医科大学孟超肝胆医院，中国科学院海西研究院转化医学研究中心2015.06.12肿瘤诊疗的困境：早期诊断困难，错过最佳治疗时机；易复发转移，预后差；放化疗易产生耐受；缺乏有效的治疗靶点等。早诊早治，实时监控、靶向用药及个体化诊疗是提高肿瘤远期生存率、降低死亡率的关键。肿瘤诊断方法血清标志物：蛋白类（癌胚抗原，糖类抗原，甲胎蛋白等），核酸类（microRNA,LncRNA）影像学诊断(超声，CT，MRI，PET，PET-CT)循环肿瘤细胞（circulatingtumorcell,CTC）循环肿瘤DNA（circulatingtumorDNA，ctDNA）循环肿瘤DNA(ctDNA)人体血液循环系统中不断流动的携带一定特征（包括突变，缺少，插入，重排，拷贝数异常，甲基化等）来自肿瘤基因组的DNA片段；来源：1、来自于坏死的肿瘤细胞；2、来自于凋亡的肿瘤细胞；3、循环肿瘤细胞；4、来自于肿瘤细胞分泌的外排体；含量低，约占整个循环DNA的1%，甚至只有0.01%。ctDNA发展简史1948年首次发现人体血液中存在着循环DNA，癌症患者的循环肿瘤DNA则发现于1977年。1994年发现这些DNA含有癌症的标志性突变，证明其来自于肿瘤。鉴于肿瘤DNA会流入血液，香港中文大学的卢煜明（DennisLo）教授推测胎儿DNA应该也能进入血液。1997年证明孕妇血液中携带着男性胎儿的Y染色体。该发现允许医生们在怀孕初期通过无创方式检测胎儿的性别，甚至筛查唐氏综合症等发育疾病。这是产前诊断领域的一次革命。NatureReviewsCancer11,426-437(June2011)|doi:10.1038/nrc3066Cell-freenucleicacidsasbiomarkersincancerpatientsctDNA发展简史研究热点020406080100120近10年ctDNA相关发表文章数（pubmed数据库）NEJM：4篇PNAS：7篇JAMA：1篇SciTranslMed：6篇Cancerresearch:12篇ClinCancerRes:28篇ctDNA优势无创、无损、实时、多次；当不能获得肿瘤组织信息时，可以开展“液体活检”；假阳性率低，灵敏度高，准确度高，可用于肿瘤的早期诊断；能够对肿瘤的演化和适应性改变进行监控；能够对肿瘤病人的治疗效果进行实时监控（尤其在追踪肿瘤转归、转移和复发等方面），并进行个性化的治疗方案指导（如个性化靶向药物用药，个性化化疗等）。一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可无创的用于肿瘤早期诊断、发展过程监测、预后判断、以及个性化用药指导。ctDNA检测技术敏感度已知突变位点检测（突变率2%）数字PCRBEAMing技术标记扩增深度测序（TAM-Seq）癌症个体化深度测序(CAPP-Seq)未知突变位点检测（突变率2%）全基因组测序全外显子测序RNA末端平行分析法全基因组甲基化测序数字PCR将一个标准PCR反应分配到大量微小的反应器中，在每个反应器中包含或不包含一个或多个拷贝的目标分子(DNA模板)，实现“单分子模板PCR扩增”，扩增结束后，通过阳性反应器的数目“数出”目标序列的拷贝数。阴性微滴比例推算起始靶分子的绝对量泊松分布一个待分析的PCR反应体系成千上万个独立的PCR反应体系:靶标分子:有限稀释●:阳性微滴（1）○:阴性微滴（0）泊松分布PCR扩增优点：可绝对定量，灵敏度可达单个核酸分子，检测限低至0.001%；缺点：只能检测已知的突变位点，通量低；利用数字PCR监测肺癌病人中第一次服用埃罗替尼抗肿瘤药物后的血浆EGFR突变情况。经过治疗后，所有病人的EGFR突变都出现下降，其中有8个病人突变完全消失。有6个病人的EGFR突变在后续出现上升，提前揭示疾病进展。另外3个病人的EGFR突变没有变化，病情无明显进展。数字PCR可以用于评估和监测血浆中ctDNA的特异突变结合数字PCR与流式技术，利用特异性PCR引物扩增目标突变区后，与磁珠（磁珠上固定有特异的PCR引物）混合进行油包水单分子扩增反应。反乳化作用后，利用不同颜色的荧光探针结合磁珠上的PCR产物，发出红色或绿色荧光。使用流式细胞仪分析磁珠颜色来确定突变情况。BEAMing技术利用肿瘤组织进行sanger测序定义肿瘤组织的基因突变；再利用Beaming技术检测18例癌症病人中192份血浆样本中ctDNA的突变情况，检测灵敏度可达到0.005%。术前:13.4%术后:0.015%术后(48天):0.11%术后(244天):0.66%ctDNA:P=0.006CEA:P=0.03ComparisonofctDNA,CEAandimagingdynamicsinindividualstudysubjects病人都经过多次手术和化疗第一次手术进行局部切除时，ctDNA含量并没有降低；第二次手术完全切除时，ctDNA含量大幅下降。ctDNA能实时显示病人体内肿瘤负荷的动态信息，以及治疗的效果（手术及化疗）。标记扩增深度测序（TAM-Seq）二步扩增：预扩增：利用特异性引物进行15偱环的目标区域扩增标签扩增：利用通用不同特性的接头标签进行二次扩增双向重复测序：提高测序精度突变频率检出率可达2%敏感性和特异性高于97%成本较低，利于临床应用设计了48对引物去扩增TP53，EGFR，BARF，KRAS等癌症相关基因的5995bp突变区域同时可对10个特异的癌症突变位点进行监控用于确定多发癌症患者的复发病灶用于监控癌症患者的肿瘤动态发展癌症个体化深度测序(CAPP-Seq)该方法利用定制化的突变位点库作为”筛选器”，对样本进行靶向捕获后再进行超深度测序（可达到10000X），其对肿瘤的ctDNA检测灵敏度更高，特异性更强，与全外显子测序等相比经济可行。StageI检出率50%StageII-IV检出率100%特异性可达到96%突变检出率0.02%Selector区域：139个基因的521个外显子和13个内含子，约125K，占人基因组的0.004%测序覆盖深度10000X肿瘤的早期诊断动态监测肿瘤的发生发展及疗效评估肿瘤的异质性评估肿瘤复发转移风险靶向检测耐药突变，跟踪获得性耐药的发展，进行个性化用药指导ctDNA的临床应用ctDNActDNA的分析指标4cfDNA含量1235ctDNA突变频率微卫星杂合性cfDNA完整性ctDNA甲基化频率ctDNA的分析指标4cfDNA含量1235ctDNA突变频率微卫星杂合性cfDNA完整性ctDNA甲基化频率乳腺癌病人（尤其在转移性乳腺癌）的血浆cfDNA的完整性显著下调，而血浆cfDNA的浓度显著上调，可作为早期诊断的标志物，具有较好的敏感度和特异性。肝癌病人的血浆中存在两种不同长度的DNA分子：短链DNA分子（150bp）和长链DNA分子（180bp）；短链DNA分子与ctDNA突变率及拷贝数异常相关，且与ctDNA浓度正相关；长链DNA分子不携带肿瘤相关ctDNA特征，且与ctDNA浓度负相关。肝癌病人血浆中线粒体DNA的含量显著高于健康人、乙肝及肝硬化患者，对肝癌的诊断具有较高的灵敏性和特异性，分别达80%和94%，可作为肝癌诊断的有效分子标记。ProcNatlAcadSciUSA.2015Mar17;112(11):E1317-25.doi:10.1073/pnas.1500076112.Epub2015Feb2.LengtheningandshorteningofplasmaDNAinhepatocellularcarcinomapatients.线粒体DNA可用于肝癌的诊断JClinPathol2013;66:775-778AmericanJournalofClinicalPathology2015;143(1):18-24.PLoSOne.2015;10(4):e0108247.ctDNA的分析指标4cfDNA含量1235ctDNA突变频率微卫星杂合性cfDNA完整性ctDNA甲基化频率利用数字PCR检测640例不同癌症病人的血浆ctDNA，在超过75%的病人血液中检测到ctDNA，原发癌检出率约为50%。在结肠癌，胃癌，胰腺癌，乳腺癌中，ctDNA检出率分别为73%,57%,48%,50%。相对于原发癌，ctDNA在转移癌中检出率更高，且分期越高，ctDNA检出率也更高；可用于耐药突变的检测；ctDNA是普遍适用的、敏感和特异的标志物,可用于不同类型癌症患者的临床监测。NEnglJMed2013;368:1199-1209在30例转移性乳腺癌患者接受系统性治疗的不同时间点测定血液中的ctDNA，CA15-3，CTC细胞的含量，比较三者之间的敏感度。ComparisonofCirculatingTumorDNA,CA15-3,andCirculatingTumorCellsasBlood-BasedBiomarkers灵敏度：偱环肿瘤DNA：85%CA15-3：59%灵敏度：偱环肿瘤DNA：90%偱环肿瘤细胞：67%ComparisonofCirculatingBiomarkerstoMonitorTumorDynamicsandPredictSurvival.结论：相对于蛋白类诊断标志物CA15-3及血液中的偱环肿瘤细胞，ctDNA在监测肿瘤的动态发展中具有更高的灵敏度。血浆中ctDNA的含量与预后密切相关，含量越高，病人的5年生存率越低（P0.001）。ctDNA含量的增高及CTC数目的增加，病人的预后显著变差，而CA15-3没有预后判断功能。监测ctDNA的突变率比监测cfDNA浓度，对胃癌动态发展的监控灵敏度更高。利用区域捕获测序技术检测乳腺癌原发瘤及肝脏转移瘤的基因突变情况，并监控血液中ctDNA在治疗过程中的动态变化。ctDNA在监测肿瘤的动态发展中具有更高的灵敏度和特异性；ctDNA能比蛋白类标志物CA15.3更早的预测肿瘤动态发展情况。相对于传统的影像学及蛋白类血清标志物，通过评估ctDNA的突变频率能更早、更准确的预测结肠癌患者肿瘤经治疗后的动态发展情况。ctDNA的分析指标4cfDNA含量1235ctDNA突变频率微卫星杂合性cfDNA完整性ctDNA甲基化频率利用亚硫酸氢盐平行测序检测不同肿瘤患者（肝癌，乳腺癌，肺癌，鼻咽癌等）血浆DNA甲基化发生情况及血浆DNA拷贝数异常情况，用于肿瘤的诊断及肿瘤负荷的监测；血浆中甲基化癌症诊断灵敏度为74%，特异性为94%，具有较好的癌症诊断应用价值。PercentageofbinsshowinghypomethylationinHCCpatientsandchronichepatitisBvirus(HBV)carrierswithcirrhosis血浆DNA的甲基化程度在肝癌患者显著上升，可用于肝癌的诊断；灵敏度为81%，特异性为94%；血浆DNA拷贝数异常用于肝癌诊断，灵敏度为81%，特异性为88%。ClinCancerResJuly1,200410;4420JournalofThoracicOncology:20116:1632-1638WorldJGastroenterol.2011Nov28;17(44):4917–4921.Int.J.Cancer:131,1153–1157(2012)ONCOLOGYREPORTS32:505-512,2014ctDNA的分析指标4cfDNA含量1235ctDNA突变频率微卫星杂合性cfDNA完整性ctDNA甲基化频率血浆中短链DNA分子发生杂合性丧失的频率显著高于长链DNA分子。血浆中短链DNA的cyclinD2基因（D12S1725）的微卫星杂合性缺失，患者的预后显著变差，可作为乳腺癌患者重要的预后标志物。在卵巢癌患者中，短链DNA微卫星杂