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Skyline处理DIA数据流程1.PD2.0导出FASTA文件从proteins中筛选proteingroups蛋白2.Skyline建立谱图库用pd.result文件建立谱图库q0.01添加修饰3.建立backgroundProteome库4.HRM保留时间校正1.Skyline中打开HRM-transitions文件2.导入所有的DIA数据4.HRM保留时间校正3.添加HRM肽段，同时添加spectrallibrary中的肽段，获得iRT信息5.设置peptidesetting6.设置transitionsetting如果没有HRM保留时间校正，选第一个，设置时间窗口为4min7.添加proteinspeptidestransitions8.筛选大于3个transitions的peptides9.加入precursortransitions保存transitionsraw文件记录proteinspeptidestransitions的数目，次为skyline库中的数目10.添加decoytransitions保存skyline文件，-tansitions，此文件为原始的transitions列表11.导入DIA数据12.删除红色的提不到峰的transitions该步骤对decoytransitions没有影响只要有一个组分的transition是绿色的，该transition会保留在最终的targetlist上面！13.重新添加decoytransitions删除decoytransitionsremoveemptyproteins重新添加decoy14.mProphet卡分Q0.01的peptide都变成红色的做mprophet时需要母离子的信息！记录Q0.01的proteinspeptidestransitions的数目，此为所有Run鉴定到的数目同时导出peptidespripitresults，可以筛选出所有Run共有的DIA数目！但是要对peptide删除重复项，导出的肽段含有不同的电荷！15.删除decoypeptides删除Q0.01的peptideremoveemptyproteins16.去除precursortransitions只剩下b，y离子17.Msstats差异表达分析18.差异表达结果TestingResults即为蛋白定量结果