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第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243ul37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9ml）。2、37摄氏度孵育10min。3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。450ul2.5M甘氨酸于平皿中。混匀后，在室温下放置5min即可。4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。预冷后2000rpm5min收集细胞。6、倒去上清。按照细胞量，加入SDSLysisBuffer。使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。这样每100ul溶液含1×106个细胞。再加入蛋白酶抑制剂复合物。假设MCF7长满板为5×106个细胞。本次细胞长得约为80%。即为4×106个细胞。因此每管加入400ulSDSLysisBuffer。将2管混在一起，共800ul。7、超声破碎：VCX750，25%功率，4.5S冲击，9S间隙。共14次（二）、除杂及抗体哺育。8、超声破碎结束后，10，000g4oC离心10min。去除不溶物质。留取300ul做实验，其余保存于-80oC。300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4ul5MNaCl（NaCl终浓度为0.2M），65oC处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC颠转混匀1h。10、1h后，在4摄氏度静置10min沉淀，700rpm离心1min。11、取上清。各留取20ul做为input。一管中加入1ul抗体，另一管中则不加抗体。4oC颠转过夜。（三）、检验超声破碎的效果。取100ul超声破碎后产物，加入4ul5MNaCl，65oC处理2h解交联。分出一半用酚/氯仿抽提。电泳检测超声效果。第二天：（一）、免疫复合物的沉淀及清洗。12、孵育过夜后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。4oC颠转2h。13、4oC静置10min后，700rpm离心1min。除去上清。14、依次用下列溶液清洗沉淀复合物。清洗的步骤：加入溶液，在4oC颠转10min，4oC静置10min沉淀，700rpm离心1min，除去上清。洗涤溶液：a.lowsaltwashbuffer-onewashb.highsaltwashbuffer-onewashc.LiClwashbuffer-onewashd.TEbuffer-twowash15、清洗完毕后，开始洗脱。洗脱液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。每管加入250ul洗脱buffer，室温下颠转15min，静置离心后，收集上清。重复洗涤一次。最终的洗脱液为每管500ul。16、解交联：每管中加入20ul5MNaCl（NaCl终浓度为0.2M）。混匀，65oC解交联过夜。第三天：（一）、DNA样品的回收17、解交联结束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。45oC处理2h。19、DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。最终的样品溶于100ulddH2O。（二）、PCR分析ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。目前ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的结合和条件特异性；组蛋白的修饰，组蛋白修饰蛋白和染色体重建。ChIP-chip在描述转录结合因子动力学中的研究、染色体结构组分的分布、在组蛋白的修饰、组蛋白修饰蛋白和染色体重建中的应用也十分广泛。ChIP-chip技术的优点是，可以在体内进行反应；在给定的检验细胞环境的模式下得到DNA相互关系的简单影像；使用特异性修正抗体鉴定与包含有一个特异性后转录修正的蛋白质的相关位点；直接或者间接（通过蛋白质与蛋白质的相互作用）的鉴别基因组与蛋白质的相关位点。缺点是：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难于获得；为了获得高丰度的结合片段，必须实验演示胞内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的基因的获取可能需要限制在组织来源中。总之，ChIP-chip技术的发展为析活细胞或组织中DNA与蛋白质的相互关系提供了一个极为有力的工具。在未来的研究中，将对芯片的构建进行改进，提高其实用性。使用易于获得抗体，增加这种方法的可用性。