生存分析.SAS

生存分析2003.10.20前言生存资料：研究者从某个规定的时刻开始对研究对象作随访，观察某种规定事件的发生。结局：•死于本病---失效病例•失访---删失病例或截尾资料（终检值）•死于它病---删失病例或截尾资料（终检值）目的：估计生存时间（失效时间），比较生存曲线分析方法SAS过程非参数（如log-rank检验）LIFETEST半参数（cox回归模型）PHREG参数（如指数分布模型）LIFEREG生存资料的非参数检验---LIFETEST过程Proclifetest[options];Time时间变量*删失变量名(删失值)；/*指定时间变量和删失值*/[strata变量名；]/*分层分析，并进行层间齐性检验*/[by变量名；]/*分组分析，类似strata，但不能进行跨层的齐性检验*/[test协变量名；]/*要检验的协变量*/[freq变量名；]/*指定频数变量*/run;Proclifetest的操作选项规定模型的选项•ALPHA=数值设置可信区间估计的置信水平•METHOD=PL|KM|LT|LIFE指定估计生存函数的方法，默认为Kaplan-Meier法（KM选项），PL为乘积极限法（相当于Kaplan-Meier），LT和LIFE都是用寿命表法•NINTERVAL=数值指出用寿命表法计算生存函数时的区间个数。•WIDTH=数值指出用寿命表法计算生存函数时的区间宽度•INTERVALS=指定计算区间的终点（寿命表法）Proclifetest的操作选项控制输出的选项•PLOTS=（S|LS|P）输出各种估计量与时间或对数时间的图；S为生存率与时间作图；LS为-log（生存率）与时间作图；当选用寿命表法估计生存函数时，可用P输出概率密度函数与时间作图。可同时选多个图，如PLOTS=（S，LS）•FORMCHAR（1，2，7）=‘字符串’用于定义图形的横轴和纵轴。1对应的字符表示纵轴，2对应的字符表示横轴，两者也用于表示生存曲线的各阶；7对应的字符表示坐标点。单变量的WILCOXON和LOGRANK检验例15-1：optionsps=40;/*设定输出结果页的大小为40行*/datalife1;inputdays@@;censor=(days0);/*设定删失标志：括号中为逻辑表达式，days0如为真，则变量censor值为1，表示删失；否则为0，表示失效*/group=(_n_12)+1;/*通过逻辑判别式进行分组：_n_为内部变量，表示记录序号。*/days=abs(days);/*取绝对值*/（续）cards;852586363220365452496-528-560-6761318237076180195210232300396-490-540;proclifetestplots=(S)FORMCHAR(1,2,7)='|-*';/*要求对生存率和时间作图*/timedays*censor(1);/*时间变量为days，变量censor值为1的为删失记录*/stratagroup;/*按group分层分析，可比较层间一致性（齐性）*/run;多变量的WILCOXON和LOGRANK检验除了研究因素对预后的影响外，当有其他可能对预后有影响的因素（协变量）存在时，还要考虑协变量的效应例15-2采用15-1的数据，增加一个协变量（有无肾损害）程序15-2datalife2;inputdaysrenal@@;censor=(days0);group=(_n_12)+1;days=abs(days);cards;815205816316312200365045204960-5280-5600-6760131181231700760180019502100232030003960-4900-5400;proclifetestplots=(s);timedays*censor(1);stratagroup;testrenal;/*要求检验renal与生存时间是否有关*/run;COX比例风险模型---PHREG过程模型简介•cox模型是半参数回归模型，它假定自变量具有参数形式，而允许基准风险函数不具备特定的形式，常被用来说明变量对生存时间的影响效果。一般形式为：)exp()()(0Xthth各参数意义为基准风险函数，表示时点t的本底死亡率，是不确定的；是时点t的死亡率；为回归系数，X为自变量向量。如反映因素x1的作用，使死亡率由增加到。是总体回归系数的估计值，若x1对生存无影响，则理论上=0，=1。假设：风险率不随时间变化)(0th)(th11xe)(0th11)(0xeth11ˆ11xeie基本语句Procphreg[outest=SAS数据集名];/*可将回归系数估计的结果输出到指定数据集*/Model时间变量*删失变量（删失值）=自变量列表/[操作选项];Run；Model语句的选择项：selection=method进行变量选择，选择方法有forward（向前剔除），backward（向后剔除），stepwise（逐步）等slstay=值设定从模型中剔除的标准slentry=值设定进入模型的标准例15-3采用15-2的数据程序3：datacox1;setlife2;procphreg;modeldays*censor(1)=grouprenal;run;结果模型总的检验有统计学意义，各个回归系数的P0.05根据参数估计的结果，可写出cox回归方程：比例风险模型有效性检验：在模型中加入与时间的交互作用项，检验各个因素与时间是否存在交互作用。)exp()()(2110xxxthth生存资料的参数拟和---LIFEREG过程需明确生存函数的分布，从而采用合适的分布模型：常用的分布如威布尔分布、指数分布、logistic分布等SAS语句Proclifereg;Model时间变量*删失变量（删失值）=自变量列表/[操作选项]；[Class变量名；]/*如果变量为分类变量，需用class语句说明，以自动产生哑变量进行参数估计*/Run;Model语句的操作选项---Dist=分布类型：关于模型的选项,可选的分布类型有•Weibull威布尔分布•Exponential指数分布•Gammagamma分布•Logisticlogistic分布•Llogistic对数logistic分布•Lnormal对数正态分布默认分布为weibull分布