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香港科技大学理学院理学院涵蓋生命科学、化学、數学及物理四大範疇。学生的学習講課和實驗並重，而每個主修課程均包含研究習作和語文課。大多數課程都提供多種修習途徑，容許同学選擇雙主修或者一科主修搭配一科副修。另一方面，國際科研為有志於從事科学研究的同学提供優良的学習环境，所有学生均獲保證可以於第二年或第三年在一所著名海外院校作最少一個学期的交換生，更獲得參與本科生研究計劃的寶貴機會。所有理学院的同学於第一学年後都可申請轉修國際科研。排名化学全球排名第25（2015年QS全球大学排名）自然科学亞洲排名第14（2015年QS亞洲大学排名）生命科学及醫学亞洲排名第十五位（2015年QS亞洲大学排名）主修課程以学院制收生入讀的同学，在完成第一年的本科課程後，將要選擇理学院轄下的主修課程，或申請轉為修讀跨学科課程事務處所提供的跨学科課程。除此之外，申請人也可直接報讀理学院個別学科──生物科技及商学、數学及經濟。理学士（生物化学及細胞生物学）理学士（生物科学）理学士（生物科技）理学士（生物科技及商学）理学士（化学）理学士（环境科学）理学士（數学）理学士（數学及經濟）理学士（物理学）工学院毫無疑問，香港科技大学工学院是香港其中一所最為全面及享負盛名的工程学院。在本校推行学院制收生後，工学院的一年級学生會修讀大学核心科目及各工程学主修的初階課程。到第二学年，同学可以選擇工学院轄下的主修科目，或如其他学院的同学一樣修讀跨学科課程。目前，本校所有工学位課程均獲得香港工程師学會認證。同時，工学院也提供学生不同的訓練，讓同学可以順利在職場上發揮所長。排名工程與科技全球排名第15（2014年QS全球大学排名）計算機科学與資訊系統全球排名第8（2015年QS全球大学排名）土木及建築工程全球排名第17（2015年QS全球大学排名）工程與科技亞洲排名第5（2014年QS亞洲大学排名）主修課程工学院学生須於第一年後選擇其主修課程，也可選擇報讀跨学科課程。工学院現提供以下主修課程：工学士（航空航天工程学）工学士（化学工程学）工学士（化学及生物分子工程学）工学士（化学及环境工程学）工学士（土木工程学）工学士（土木及环境工程学）工学士（計算機科学）工学士（計算機工程学）工学士（電子工程学）工学士（工业工程及工程管理学）工学士（物流管理及工程学）工学士（機械工程学）理学士（計算機科学）商学院香港科技大学商学院為亞洲區內第一所同時獲得國際管理教育協會（AACSB）及歐洲質量發展系統(EQUIS)認證的商学院，乃香港其中一所最著名及全面的商学院。本院的本科課程設計極具國際視野及靈活性，同学可以自由選擇課程的搭配。此外，本院與全球超過120間著名院校訂立交流協議，每年有逾400位同学獲得出外交流的機會，同時本院亦接待超過400位來自世界各地的交換学生。排名亞洲排名第1、全球排名第20（2014美國德克薩斯(達拉斯)全球頂尖100所大学商学院研究產量排名）MBA課程亞洲排名第1（2010-2014年金融時報），MBA課程全球排名第14（2015年金融時報）凱洛格─科大EMBA課程全球排名第1（2009-2013年金融時報）主修課程商学院提供以下主修課程。此外，同学也可於第一学年後選擇報讀跨学科課程。工商管理学士（經濟学）工商管理学士（財務学）工商管理学士（环球商业管理）工商管理学士（綜合商业管理学）工商管理学士（資訊系統学）工商管理学士（管理学）工商管理学士（市場学）工商管理学士（營運管理学）工商管理学士（專业會計学）理学士（數学及經濟）理学士（計量財務学）理学士（生物科技及商学）理学士（經濟及財務学）