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游戏开始，小马里和小路易移动到公主的房间发现小库巴正在捣乱，这一战是教程，没难度。战斗结束后外星人突然侵略，随后剧情回到现代。现代送走公主后中老蘑菇突然倒地，马里奥来到老蘑菇的房间帮他拿药（地图教程）。老蘑菇恢复后时间机器回来了，然而舱门打开后没有公主的踪影缺出现了一个怪物（教程）。然后赶往花园的时间旋涡。来到过去，在行李的教程后时间旋涡消失，暂且前进吧。在路上遇到了一个蘑菇头，听说村庄被袭击了，英雄马里奥当然不会袖手旁观了，赶快去帮忙。终于来到了上顶上的村庄，外星人正在破坏村庄并袭击蘑菇头们。在一间房子中，圣诞老人被卡在了烟囱里需要马里奥过去顶他一下，虽然帮助圣诞老人离开了烟囱却难逃外星人的追捕，看来难免一战（此战必败）。剧情切换到BABY，库巴的飞船正在受到外星人的追击。BABY在机舱中听见了库巴的命令来赶往舰桥。因为小公主强硬的“命令”，库巴无奈的救了被打败的马里奥和路易。BABY下了飞船后来到马里奥身边，遭遇外星人，因为有免费龟壳所以毫无难度。成功救出马里奥和路易后一行人前往城堡，但是城堡已经完全被外星人占领，库巴的飞船也被击落在了自己城堡内。一路前进，路上遇到了BABY结伴同行，今后在一些跳不上去的台阶以及谜题都需要BABY来帮忙。途中有一处BABY黑暗中找路的谜题需要提一下，马里奥和路易需要留在大块方格下按照颜色来顶，顶对一次会有几秒的黑暗消失时间，此谜题过后得到一个碎片，并找到了时间旋涡。回到现代后和博士对话发生剧情，然后进入碎片制造的时间旋涡。来到了过去的一片森林中，显然也已经被外星人占领，途中遇到了公主的跟班并得知了真相，看来要救出公主必须要打败女王。在许多透明方块的地方将BABY扔进大树根中，点燃地面上所有的透明方块，然后将小方块中的火焰顶到大方块中，再顶一下大方块便可以烧掉拦路的植物。有钉子的地方让BABY在树洞中控制浮板的方向，马里奥在浮板上移动。地图左上及右上两处地方中较高的方块必须要马里奥跳起后扔小马里奥才能顶到，左上右上两个机关都开了以后就可以进入房间。进入房间后马里奥和路易被大鼻子吸走，BABY战胜被操纵的乌龟后得到新技能，随后的房间中敲击两个红色按扭开启机关，有一个红色按扭的房间无入口，必须从墙上跳入。来到老树这里，将4个灯泡砸碎救出马里奥和路易。而后的谜题机关都不难，不外乎大人小孩轮流开机关。BOSS是一条虫，要注意两个杂兵拿出的蘑菇掉到杯子后会改变颜色，BOSS喝下红液体会恢复HP，喝下黑液体会溺死，喝绿液体会为UFO补充能量攻击玩家。打败BOSS后得到第二块碎片，却被小库巴拿走。回到现代和博士对话发生剧情，出现了4处新的时间旋涡。然后来到花园找老蘑菇学新技能。4处新的时间旋涡目前能去的只有两个，城堡右下角的旋涡通向我们以前去过的蘑菇村庄，目前应该前往图书馆的时间旋涡。来到了过去的耀西岛，在一间房间中发生剧情后遭遇大恐龙（非战斗，暂且不去管他，继续前进）。来到第2副地图后发生剧情出现了许多阻挡道路的火焰，小马里奥学会的喝水新技能可以扑灭这些火焰,要注意的是吐出的水可以通过管道移动。当所有的火都扑灭后便可以继续前进。第3副地图中要注意的是通过旋风可以使马里奥和路易飞的更远。在山顶遇到小库巴，进入BOSS战，BOSS是库巴手下的法师，骑扫帚状态会分身，不过攻击方式比较单调，非骑扫帚状态的攻击方式只有放出火焰范围攻击。此BOSS的攻击方式多但比较容易躲，而且HP不多，难度不高。终于追上了库巴，不幸的是库巴将碎片吃了下去，更不幸的是包括主角们和库巴全都被大恐龙吞入肚中。恐龙肚中的小房间关着小恐龙，必须将他们放出帮忙耀西推石头。在一个树洞中得到的食物可以帮助大厅中饥饿的小恐龙。在第1间房间中（地图从右到左为1到5房间），用小马里奥的吐水技能攻击UFO可救出小恐龙。在第2间房间小马里奥们从中间的洞跳下并打击墙上的按扭可以救出小恐龙。在第4间房间中按照墙边的颜色提示打击墙上的按扭进入密室，并按照关小恐龙门上的提示颜色打击墙上的按扭就可以开门。在第5间房间中直接战斗便可。耀西们终于合力将石头推下清理的大恐龙的肠胃。进入肠道中，外星人正将小恐龙们关在蛋中，使用马里奥将蛋顶到空中同时小马里奥吐水攻击蛋便可救出两只小恐龙。来到最深处遇到BOSS蛋怪，BOSS在站立状态的攻击方式有两种，一种是扔蛋攻击玩家，比较容易躲；另外一种是吃玩家补充HP。BOSS身边的蛋被破坏后小恐龙逃脱并推石头，当5个小恐龙逃脱后推下石头砸倒BOSS，此时攻击BOSS效果明显。打败BOSS后从大恐龙体内逃脱，并终于从库巴那里拿回了两块碎片。回到现代先后找博士和老蘑菇学变球的技能。在一个有齿轮的房间，用变球技能在齿轮上滚出现新水管可以通到蟾蜍村，不过目前进去也走不远。在跑楼梯的游戏中用变球技能可以达到城堡最高处，进入此处的时间旋涡来到过去沙漠。来到沙漠，这里的机关是将4作像开启，方法是马里奥和路易以及BABY分别站在面对的两作像前面顶4色方块。进入建筑物中，亲眼目睹了女王将公主送入食人花口中，还不快去救公主。路上的谜题并不难，很快就可以来到BOSS处，BOSS是个棒糖外星人，攻击方式有两种，第一种用棒糖攻击，容易躲但是攻击力高，另一种是扔黑蘑菇、红蘑菇和火球，随即性比较大不过伤害一般，黑蘑菇有中毒效果，总体来说此BOSS不难缺很磨时间。虽然打败了BOSS，却因为敌人人多势众被砸入了地下。地下入口附近有商店，用小马里奥杂碎墙壁进入，趁此机会补给一下吧。来到地图中央，此处机关需要马里奥变球滚齿轮，小马里奥吐水，并且击中上下屏幕同样的物品3次。第2副地图滚球游戏的最后一段必须走路完成，中央机关还是变球滚齿轮，小孩上去顶3个方块便可。来到第3副地图开始食人花BOSS战，BOSS飞行状态的攻击方式只有一种，但是随即性比较大，钻入地下以后攻击方式有两种，都比较容易对付，但是要注意BOSS钻入地下后不可跳跃攻击。打败BOSS后得到第3块碎片，将BOSS身后的墙壁敲碎继续前进救出公主。回到现代找老蘑菇学小孩的飞翔和压扁技能，用飞翔技能救出被压扁后吹走的小公主。然后来到公主的房间遇到库巴，库巴将公主劫走的路上不小心掉入了时间旋涡中。使用刚学的飞翔技能进入库巴掉入的时间旋涡。来到过去的火山遗迹，这里的谜题都很简单，用飞翔和压扁的技能都可以解决，第1副地图山顶上的惊叹号方块需要用小马里奥砸下。第2副地图中央处的机关需要马里奥和路易旋转滚齿轮增加风里，小马里奥压扁状态飘到云上顶惊叹号方块。来到火山口发现公主的王冠，突然火山爆发，立刻赶往山下的研究所。火山喷发的岩石将研究所全部破坏，然后必须让马里奥旋转开启阀门，小马里奥喝饱水灭火。没想到博士突发奇想用高压水泵扑灭火山（汗）。然后再回到火山口遇到巨石BOSS，BOSS的攻击方式有两种，一种是吐出石头连续攻击，一种是范围震击，BOSS受到一定攻击后变成4个小石头，攻击方式很简单。总的来说此BOSS不难。进入火山第1层，来到大炮处将BABY扔进墙壁的洞中，接着开始老虎机游戏，游戏结束后机关开启。第2层无难度，顶绿色惊叹号方块便可继续前进。第3层玩吃钻石游戏得30分以上便可以消去红色方块。来到最底层和BOSS交战，BOSS是库巴和小库巴，库吧的攻击方式主要是范围震击和喷射火焰，速度比较快而且随即性也高，麻烦的是小库巴还会给库巴回血，在库巴变成龟壳来回撞的时候一定要将其打回去，这是唯一可以攻击小库巴的机会。打败库巴后公主被抓入UFO内，马里奥等人也一同进入了UFO。进入UFO第1层，这层内的惊叹号方块会在黑暗中游走，必须让BABY敲击墙上的按钮开灯才顶的到。来到第2层，终于追到了公主，却没想到是外星女王的圈套，幸好被记者MM所救，不过最终没有逃脱陷阱的命运。《马里奥与路易RPG2》流程攻略从UFO掉落到了蟾蜍村，这里需要马里奥和路易与BABY在地图的左右两边分别顶4色惊叹号方块。地图左下角的时间旋涡可以回到现代。通过右下角的水管来到星星山，山顶的BOSS是炸弹指挥官，当一前一后托着炸弹的外星人被消灭后指挥官才会出现，如果将前两个外星人消灭的话炸弹会直接攻击玩家而且不能回避。总体来说回避攻击都很简单，难度不高。继续前进，来到星星王国的顶端，顶到彩虹方块后进入星星大门。第2副地图中将5个地区的星星方块放出的光相连出现水管。第3副地图谜题很简单，来到左上的房间进行BOSS战，BOSS的攻击方式主要是扔火焰和扔炸弹，当空中出现UFO时可以通过敲炸弹回数值，BOSS站立状态不可使用跳跃攻击。战胜BOSS后得到5颗碎片。来到现代去找博士，接着来到3楼的时间旋涡。来到女王的城堡，女王的城堡中的谜题机关比较烦琐，不过没什么新花样。在第2副地图中同沙漠相同，需要马里奥和路易与BABY在两个地方同时顶4色方块打开中央的门，进入第3副地图来到顶部的UFO内玩打UFO游戏，然后来到第4副地图，一系列烦琐的机关后进入下水道。下水道吊桥处需要BABY飞到中央同时顶4色方块将吊桥放下。第2副地图中，顶与水管中的怪物成一直线的两个星星方块攻击怪物，最后一个红星时出现5个怪物中嘴巴动的最快的一个是真货。回到城堡第2副地图，将最上方的激光开启后水管解封。来到女王雕像内遇到公主，同时遭到了女王UFO的袭击。注意此时记录后前进直到游戏结束无中断，而且最后要连战3个BOSS，注意补给。打UFO游戏中直接炮击女王的UFO无效，必须通过攻击小UFO撞击女王的UFO造成伤害。紧接着就是女王的BOSS战，女王在保护膜状态下的攻击方式很简单，没有保护后的攻击方式比较难回避，扔出的星星除非被踩掉否则一直会攻击玩家，顺移后扔光球随即性比较大速度也很快而且附带毒性。总体来说女王的攻击次数非常多，不过攻击力不算很高。将女王打败后紧接着进入女王姐姐的BOSS战。女王姐姐的攻击方式有冲撞和配合UFO攻击，每回合公主都会提供星星攻击UFO，这个机会千万不能MISS，没有UFO的话女王姐姐并不强。女王姐姐会变身一次，变成八爪鱼后只有当脚部被破坏后才可以攻击王冠，王冠被破坏后攻击头部才有效，打女王姐姐是消耗战，非常耗时间。回到现代后发现昏迷的库巴，不幸的是被女王姐姐的灵魂占领，于是还要和库巴战斗一次，变异的库巴以外的好打，只要回避他的攻击就可以直接攻击女王姐姐的灵魂，很容易便搞定了。游戏到此全部结束，二周目没有追加内容，而且美版SC和LINK都出现通关后白屏现象。