蛋白质修饰位点预测详解

蛋白质组学1蛋白质修饰位点分析目录实验目的...........................................................................................................................................2实验平台...........................................................................................................................................2实验过程...........................................................................................................................................3一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰.................................................................31、“人类connexin43”蛋白质序列下载.......................................................................32、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点........................................................................43、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点.........................................................................6蛋白质组学2（1）DISPHOS1.3预测未知蛋白磷酸化位点.....................................................6（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点...............................................114、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论.............................................................14二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰...............................................................................151、N型糖基化位点预测...............................................................................................152、O型糖基化位点预测...............................................................................................18（1）哺乳动物O型糖基化位点预测..................................................................18（2）真核生物O型糖基化位点预测..................................................................203、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点..........................................................224、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论.................................................................22实验结论.........................................................................................................................................23（特别提示:ctrl+单击目录下的标题链接，可以跟踪标题；ctrl+单击标题后的图标可以返回目录）实验目的找出“人类connexin43”蛋白质上面的所有可能磷酸化位点，并说明为什么（注释）找出“人类血红蛋白”上面的糖基化位点，注释结果实验平台uniprot数据库:(查看蛋白的修饰情况)预测未知蛋白磷酸化位点DISPHOS:蛋白质组学3PhosphoSitePlus:预测未知蛋白的糖基化修饰位点N型糖基化位点预测：型糖基化位点预测：://实验过程一、“人类connexin43”蛋白质磷酸化位点修饰1、“人类connexin43”蛋白质序列下载蛋白序列：fasta.txt蛋白质组学42、uniprot数据库查看蛋白磷酸化位点网站链接：蛋白质组学5蛋白质组学63、在线软件预测指定蛋白磷酸化位点（1）DISPHOS1.3预测未知蛋白磷酸化位点网站链接：蛋白质组学7开始预测蛋白质组学8蛋白质组学9结果DISPHOS由蛋白序列预测蛋白磷酸修饰位点，总共有37个丝氨酸修饰位点，13个苏氨酸修饰位点，16个酪氨酸修饰位点。但是根据打分，只有8个丝氨酸修饰位点可能存在。蛋白质组学10蛋白质组学11（2）PhosphoSitePlus预测指定蛋白磷酸化位点网站链接：开始预测结果筛选参考文献来源多于5篇的磷酸化修饰位点，丙氨酸磷酸化修饰位点数目为1、丝氨酸为17、苏氨酸数目为1、酪氨酸数目为7。蛋白质组学12蛋白质组学13蛋白质组学144、“人类connexin43”蛋白质磷酸修饰结论在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，“人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多。“人类connexin43”蛋白质极有可能是一种活性较蛋白质组学15高的蛋白质，与机体的生物活性显著相关。通过各种文献阅读和网络筛选发现connexin43蛋白质是一种哺乳动物连接蛋白，是主要的细胞缝隙连接蛋白，其表达的异常与多种疾病的发生有关。二、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰Ncbi下载人类血红蛋白的蛋白序列保存为：hemoglobin.txt1、N型糖基化位点预测网站链接：开始预测蛋白质组学16结果蛋白质组学17蛋白质组学182、O型糖基化位点预测（1）哺乳动物O型糖基化位点预测网站链接：开始预测蛋白质组学19结果蛋白质组学20（2）真核生物O型糖基化位点预测网站链接：开始预测结果蛋白质组学21蛋白质组学223、uniprot数据库查看蛋白质糖基化修饰位点4、“人类血红蛋白”糖基化位点修饰结论在线数据库查询和在线软件预测结果基本一致，人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质，糖基化修饰可能和血红蛋白的信号传导功能有关。蛋白质组学23实验结论人类connexin43”蛋白质磷酸位点数量相对一般蛋白质较多，且丝氨酸磷酸修饰位点最多；人类血红蛋白基本没有O型糖基化修饰位点,但是存在N型糖基化修饰位点。