组学技术的快速发展

蛋白质组学技术在课题设计及基金申请的解决方案学习班2016年1月16-17日（周六、周日）上海（同月将举办科研基金申请与SCI论文撰写研讨班、系统评价与meta分析及临床科研设计、研究计划书制定和数据管理学习班详细内容咨询招生老师）目前，高通量的基因组、转录组学技术非常成熟，能大规模的对样品DNA和RNA进行分析，筛选到成千上万的差异表达基因。但是有一个核心的问题，即DNA/RNA的水平与蛋白质的水平没有正相关性（＜30%），导致在基因层面上筛选到差异表达基因往往不能映射到蛋白质水平；此外，蛋白质区别于DNA/RNA的另一个显著特性—翻译后修饰（磷酸化、乙酰化、甲基化、泛素化、SUMO化等），蛋白质翻译后修饰往往会影响/改变蛋白质的活性和功能。蛋白质的翻译后修饰显然无法在DNA和mRNA水平上进行检测。现在是后基因组时代。绝大多数的生物学/医学的学术文章，都要求做到蛋白质水平。鉴于DNA/RNA与蛋白质的诸多差异，直接从蛋白质水平入手，对样品进行分析是大势所趋。LC-MS为基础的蛋白质组学技术的快速发展，为蛋白质的高通量分析和后续特定蛋白质的深入功能解析提供了强有力的技术保障，其突出优势体现在：（1）高通量地对未知蛋白质样品进行分析，能一次从样品中鉴定到成千上万种蛋白质；（2）真正做到有的放矢。通过LC-MS分析，能一目了然地知晓样品中的蛋白质具体信息。此外，各种定量技术的引入（SILAC、iTRAQ、TMT、label-free、MRM等），不但能知道样品中有什么蛋白质，同时又能对多组样品中的每一个蛋白质的表达水平进行相对/绝对的定量，有利于快速锁定目标分子，从而进行深入的生物学功能分析；（3）能直接对各种翻译后修饰进行鉴定与定量分析。通过LC-MS为基础的蛋白质组学技术，您可以进行差异蛋白质组学分析（筛选样本中差异表达的蛋白质）、相互作用分析（蛋白质与蛋白质、DNA、RNA、小分子等）和蛋白质翻译后修饰分析（甲基化、磷酸化、乙酰化等）等，能鉴定/定量成百上千个蛋白质/位点，拥有了专属于您的、样品特异性的蛋白质组数据库。问题：（1）在这么多的蛋白质中，如果锁定感兴趣的目标分子？（2）如何运用传统的生物学技术和方法对筛选到的目标分子进行细致的生物学功能分析，为文章添色，提高文章的档次？本课程将从LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理出发，结合发表的学术文章，对目前的主流蛋白质组学技术进行详细讲解，旨在帮助学员深入理解蛋白质组学技术的原理、优势以及如何将蛋白质组学技术系统地整合到自己的课题设计和标书申请项目中。课程解决内容：什么是蛋白质组和蛋白质组学？蛋白质组学的研究内容是什么？LC-MS进行蛋白质鉴定的具体原理1、LC的作用2、MS数据采集数据库搜索（databasesearch）如何完成蛋白质的鉴定？1、蛋白质组数据库资源及下载2、MS数据搜库及蛋白质鉴定2D-gel的技术原理结合文献，讲解2D-gel结合MALDI-TOFMS进行差异蛋白质组学分析方案1、样品类型及实验设计2、2D-gel分离及差异点筛选3、差异点MALDI-TOFMS鉴定4、差异蛋白质验证及功能分析结合文献，讲解免疫共沉淀（Co-IP）结合LC-MS进行蛋白质相互作用分析方案1、免疫共沉淀实验设计2、免疫沉淀蛋白质复合物纯化3、差异条带切割、酶解及LC-MS鉴定4、蛋白质功能注释查询及目标分子筛选5、目标分子的生物学功能实验解析相互作用的分子机制SILAC定量蛋白质组学技术原理SILAC实验设计结合文献，讲解SILAC结合LC-MS进行细胞差异蛋白质组学分析方案1、实验设计及流程2、蛋白质LC-MS鉴定及定量分析3、根据定量结果，筛选差异表达的蛋白质（几百个）4、生物信息学（GO分类、pathway聚类等）分析差异表达的蛋白质5、生物学实验验证蛋白质组学数据结合文献，讲解SILAC结合免疫沉淀（Co-IP）和LC-MS进行蛋白质相互作用分析方案1、SILAC+Co-IP实验设计2、Co-IP纯化蛋白质复合物及SDS-PAGE分离3、蛋白质复合物LC-MS鉴定与定量4、定量结果分析，筛选潜在的特异性相互作用蛋白（几十个）5、生物信息学（GO分类、pathway聚类等）分析特异性相互作用蛋白质6、Co-IP结合Westernblot验证特异性相互作用7、特定相互作用蛋白的生物学功能解析结合文献，讲解运用SILAC技术对模式生物进行差异定量蛋白质组学分析方案模式生物SILAC技术原理模式生物SILAC实验设计蛋白质LC-MS鉴定与定量根据定量结果，筛选差异表达的蛋白质差异表达蛋白质的功能分析结合文献，讲解运用SILAC技术（super-SILAC）对人体病理组织进行差异比较定量蛋白质组学分析方案Super-SILAC的技术原理Super-SILAC实验设计Super-SILAC结合LC-MS对蛋白质样品进行鉴定与定量分析iTRAQ/TMT技术原理iTRAQ/TMT实验设计结合文献，讲解运用iTRAQ/TMT技术进行差异蛋白质组学分析方案1、iTRAQ/TMT实验设计及流程2、蛋白质LC-MS鉴定与定量3、定量数据分析，筛选差异表达蛋白4、差异表达蛋白质生物学方法（westernblot、ELISA等）验证5、差异表达蛋白质功能解析Label-free定量蛋白质组学技术原理结合文献，讲解运用label-free技术进行差异蛋白质组分析生物信息学开放资源及软件简介1、蛋白质功能查询：Uniprot、genecards等2、蛋白质相互作用查询：HPRD、Biogrid等3、蛋白质功能分类：GO、DAVID、Panther等4、信号通路分析：KEGG等5、蛋白质相互作用网络：STRING、Cytoscape等本班特色1、本班授课采用通俗易学的模式授课，让你从零基础开始，一步一步理解LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理，在此基础上，并更进一步理解目前主流的定量蛋白质组学技术（SILAC、iTRAQ/TMT、label-free等）的原理及应用。2、以发表的学术文章作为实例，系统讲解每一种蛋白质组学技术的应用方案及策略，举一反三，让你完全理解每种技术的特色优势，能在将来将其整合到自己的研究方案和课题中。3、以大量的实例图片出发，系统讲解目前主流的、以LC-MS为基础的蛋白质组学技术原理。各种技术分别讲解，系统分析每种技术的特色优势及应用。4、结合文献实例，深入浅出地分析每种蛋白质组学技术的设计思路、实验方法、数据分析、目标筛选、功能实验等具体细节，加深和强化对蛋白质组学技术的理解。5、从生物学/医学研究的实际出发，在产出的蛋白质组学数据的基础上，如何筛选和锁定目标分子，如何设计实验对目标分子进行深入的功能分析（包括分子水平、细胞水平和动物模型等层面），以提升文章的档次。主讲老师唐博士。2010年毕业于复旦大学生物医学研究院，获蛋白质组学与系统生物学专业博士学位。研究方向是将LC-MS为基础的蛋白质组学技术与传统生物学方法有机整合，系统进行蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质翻译后修饰、肿瘤分子标志物筛选等工作。整体的研究思路是借助于LC-MS的为基础的蛋白质组学技术，高通量的对样本的蛋白质组分进行系统分析，发现和筛选新的目标蛋白质分子。后续利用传统的生物学实验手段，系统解析目标分子的分子机理。先后在JournalofProteomeResearch等专业性学术期刊上发表了多篇学术论文。主办单位：上海玮瑜生物科技有限公司上海服淡信息科技有限公司时间地点：2016年1月15日报到，16日-17日授课。上海良友饭店（上海市静安区南苏州路1455号）住宿统一安排在上海良友饭店。标准间单住260元/人、合住130元/人（含早餐），费用自理。合住的学员最后出现单人无法安排的情况，需要自补房间差价。注册费用：2100元/人，同一单位三人以上1900元/人。授课期间发放纸质邀请函（盖章）和发票。按交费先后顺序确定座位号。培训期间提供午餐，晚餐自理。付款方式：A：银行转账账户名称：上海服淡信息科技有限公司账户号：31578103002581719开户行：上海银行桃浦支行B：支付宝转账收款人：[e-mail]支付宝户名:上海玮瑜生物科技有限公司联系方式：联系人：谢老师手机号：[phone]；E-mail：[e-mail]如您或您的学生计划参加请填写报名表并于报到前发送至联系人E-mail：[e-mail]。为确保您已报名成功，请之后来电或者发短信予以确认。如有疑问，欢迎垂询！回执表地点：上海良友饭店时间：2016年1月16日-17日请用“■”代替“□”单位名称邮编单位地址姓名性别常用邮箱手机导师邮箱发票抬头（务必填写正确）注册费大写：万千百十元整小写：（不含住宿费）是否代定住宿是□否□□双人间：培训人员优惠价130元/天/人。□单人间：培训人员优惠价260元/天/间。入住时间退房日期