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仪器间精确度的比较：毫质量单位[mmu]，测量误差[ppm]和分辨率按照VIMMS计划的准确质量最佳实践指南(为起始计划，构成了部分英国测量体系)，准确质量测定的绝大多数仪器要求能够实现10ppm或更佳的精确度。准确度在2mmu之内的现代质谱仪，对计算质量为118Da的物质进行测量，结果出现17ppm的误差，按照今天的标准，明确确定化学物质的分子式，这一误差已经能满足要求：计算得到的单同位素准确质量=118Da测量的准确质量=118.002Da偏差=0.002mmu误差[偏差/准确质量x106]=17ppm一台质谱仪对750m/z产生响应，准确度也为2mmu，误差将达到2.7ppm。在第一种情况下，按照美国质谱学会杂志的发行标准，对化合物分子式的明确鉴别，测量已经足够。但是对后一种情况，测量不够精确。只有最高效的傅里叶变换离子回旋共振质谱(FTICR)，对较高的质量，实现这样的精确度。一种评定仪器质量准确测量能力(类似于预期使用)的综合方法，通过均方根或均方根误差测量(RMS)误差计算。从商业化的TOF质谱仪的质量测量准确要求中选取了下列内容，说明它怎样使用。在通常工作条件下，仪器的质量测量准确性，在指定的m/z范围内，将好于指定ppmRMS，这是基于被测物峰(属于指定m/z)大量连续重复测量并选择适合的参照峰(属于指定的m/z)得出的结论。被测物和参照峰必须有足够的强度，不受其它物质的干扰有一些关键点和假设需要考虑：1.按照校正标准，已经用已知质量的峰对仪器进行了校正。参照峰被用于解释仪器随时间校正中出现的任何改变，并使用被测物峰确定质量测定的准确性。2.正常的工作条件也包括在色谱条件的细节(LC/MS性能的说明)与任何相关的MS工作条件(例如，质量分辨率、目标m/z或质谱采集速率)。3.强度足够假定离子数，对考查中的质谱仪(质量测定)准确性和精确性的表征不造成有害的影响。离子过少不利于离子的统计，离子过多会引起检测器饱和，这两者一起作用，将引起重复测量的标准偏差出现更大的改变，将反向影响RMS误差的计算(也与仪器校正相关)。4.无干扰-假定已知质量峰的质量测定不受相同或相似离子的干扰。重叠峰造成质量测定的准确性较差，这也不利于质谱仪准确性或精确性的正确表征(也与质谱仪的校正相关)。5.参照是m/z范围的好的表示法，这与特定样品类型的分析相关。使用下列关系式，计算RMS误差，在此Eppm是ppm误差，n是考察质量的数量:RMS误差不允许一些测定落在ppm误差的目标窗之外(例如，5ppmRMS)。为了确保测定的质量，对大量重复进样，以上描述的条件需要得到满足(尤其关于强度和干扰物的影响-在图谱中具有清楚的峰轮廓的平衡离子统计)。您所见的报告的很多分辨率和质量准确性的数值不是RMS误差值，而是来自单个选定(适合的)的离子。记住这一点很重要，在所有的应用中，弱信号产生不好的离子统计数据，因此是不能用的。过强的信号同样不适合使用，造成检测器饱和。理想的平衡离子统计数据，在图谱中具有清晰度，这是分析的目标。一些比较：关于图17：-四级杆分辨率不能完全区分两种化合物。-分辨力大约为5000，TOF数据清楚地显示两明确的峰，能够准确的进行质量测量，误差小于5ppm。在准确质量数的精确度中，通过质量定义的改变、提高的分辨率和诸如峰形和校正需求等因素理解各种内部的相互作用，这一点很重要。如果不能清楚地理解这些，没有考虑到质量的误分配，那么将会出现其它意想不到的结果。图17：重叠图谱表明四级杆和TOF产生的响应，在TOF数据中两种质量值处于1mDa的准确质量范围之内。在图中，不同组分的两种碎片来自相同的被测物，并且同时处于离子源。对这种情况，采用最佳的色谱法也不起作用，因此需强调一点，较高的分辨率是有用的，尤其对未知分子的分析。这同样完全适合于QTOF产物离子数据与三重四级杆产物离子数据之间的比较。较高分辨率的另外的一个好处是，允许含氧和含烷基被测物的提取离子电流(XIC)图从总色谱图选择性地被提取而区分，四级杆数据由于分辨率低，做不到这一点.图18：当质量增加时，相对于峰高来说，要正确确定单同位素质量和平均质量，分辨率变得越来越重要。质谱仪输出解析质谱仪输出解析质谱图显示出试验中特定时间出现的特有离子，持续时间表示固体样品在离子源长时间的烧蚀，或表示短暂的GC或LC峰的通过。软件对几种离子源有效。对具体的应用通常设计对应的软件，比如代谢物的鉴定。软件是迅速而有效的工具，能迅速处理大容量的数据，同时找出肉眼可能忽视的问题。软件能利用适当的技巧，利用基本的化学性质，帮助我们减少不确定性：含氮化合物的价电规则、卤化物特征光谱、环双键的计算等等，以得到我们认为确定的结论。没有任何单个应用软件能够满意的解答所有的问题。因此，实际能够依靠的是操作人员所掌握的技能和判断的能力。简单的小分子，比如二氧化碳(44Da)，仅由3个原子组成，产生非常简单的质谱。对于CO来说，分子离子也是最强的离子(称为基峰)。在这张由大量内部能量电离得到的碎片离子的谱图中，出现的碎片离子是CO(m/z=28)和O(m/z=16)。在一些情况下，谱图中，分子离子可能不是最强的峰。例如，在丙烷中(44Da)，因为碳碳键的断裂，得到甲基和乙基碎片，乙基阳离子(m/z=29)是最强峰。这些很好表征了相互作用的离子，对这些碳氢化合物的谱图识别是非常有意义的。同位素特征因为质谱仪按质量数分离离子，当质谱仪具有足够的分辨率，对指定元素区分同位素能容易的实现。通常以卤化物为例，例如自然存在的溴是由比例接近50：50的同位素原子质量分别为79和81Da的原子形成的混合物，Br2裂解成溴离子，在79和81m/z得到两个相等大小的离子峰。含偶数和奇数电子的离子大多数有机化合物的总电子数为偶数，因为电子成对占据原子轨道。当单个电子从分子中移出，总电子数变为奇数，成为自由基正离子。在质谱图中，分子离子通常是自由基阳离子(如在EI所示)，但是碎片离子可能是偶电子阳离子或奇电子自由基阳离子，这取决于中性（未带电）碎片的丢失。最简单和最常见的裂解是价键的断裂，得到中性自由基(奇电子)和带有偶电子的阳离子。丢失一个偶电子的中性片段，得到一个奇电子的自由基阳离子片段，这种裂解很少见。奇电子离子可以裂解成奇或偶电离子，但偶电离子碎片仅裂解成其它偶电子的离子，这可作为一条规则。解析质量谱图的两个水平途径是整数质量数据和精确质量数据。在每种情况下，保留时间是附加的决定因素。准确质量的测定要基于计算得到的元素组成。为减少可能存在的候选分子式，结合运算法则的准确同位素模型是近来准确质量测定可利用的方面。解析和软电离谱图的表征当我们面对质谱时，逆Diehls-Alder反应和均裂/异裂释放的能量被用来解离或断裂化学键，产生特征碎裂，是我们思考的基础。MS比较困难的部分是要回答FredW.McLafferty所提出的问题，他对我们理解解析规则作出了重要贡献：我们测量的质量是什么？直到像MALDI和电喷雾等解吸技术开发后，该问题至少有时好像比较容易回答。容易程度要取决于是否样品需要衍生，增加挥发性，便于GC/MS分析。由此通常的得到谱图由衍生基团主导几乎没有分子离子(因此需要CI)。在那种情况下，电喷雾和APCI的出现无疑帮助了带但电荷小分子的分子量的确定。至少在那些情况下，MS测量的离子m/z值仅带一个电荷。测得的被测物质量作为分子离子的名义质量(名义m/z值)，与分子的名义质量相同。离子、分子或自由基的名义质量是其元素组成中元素名义质量的总和。元素的名义质量是自然存在、最高丰度、稳定同位素的整数质量。当软电离解吸技术ESI在1990年代初开始广泛商业化时，该问题的回答变得更加不可捉摸。在MS解吸技术出现之前的年代，需要MS测定的大多数被测物的名义质量，不超过500Da。对这些被测物，氢的存在造成的质量缺失不是个问题。对绝大多数质谱仪，m/z的上限介于650-800。因此，在那些解吸电离技术出现前，名义质量和整数单同位素质量是相同的数值。离子、分子或自由基的单同位素质量是其元素组成中元素的单同位素质量的总和。元素的单同位素质量是最大丰度、自然存在、稳定同位素的精确质量。在解吸电离时代开始的时候，对较大分子和更高精确度的研究成为一个整体，因为技术不存在任何困难。仅在那个时侯，质量缺失的问题变得非常重要。在仅能测定最接近整数m/z值的质谱仪上，C50H102化合物的分子离子可以由m/z703的峰表示，不是m/z702，因为分子离子的单同位素质量为702.7825，取整的整数为703。500Da以上的测定中，在确定MS峰的m/z值时，质量缺失可能是个严重的问题。需要记住，不管使用什么m/z分析器类型，质谱仪是测量质谱采集过程中特定时间出现的信号强度。测得的m/z值是特定化合物产生的已知m/z值离子相对于校正化合物到达检测器时间的函数。因为单同位素离子的质量随m/z刻度位置的变化而改变得出m/z整数值的质谱仪实际上能够每隔0.05m/z单位进行测量。检测强度可以是质谱峰的顶点值或整个质谱峰的强度之和。测得的m/z值是对质量波谱峰最大值，实测m/z值取整。电子电离质谱通常取决于全氟化合物，比如过氟三丁烷胺(名义分子量为671)，以校正m/z刻度。这是因为离子的整数质量几乎与其同位素质量相同。一旦离子的名义质量超过1000Da，在质谱图上没有实测的名义m/z值的峰。在此应当按与离子质量亏损相等的量检测名义质量峰，弥补单一同位素质量峰的缺失。对带单个电荷的离子，质量大于500Da，使用像电喷雾离子化结合四级杆或四级离子阱质谱技术，这类质谱仪在整个m/z刻度上具有单位分辨率，同位素峰可以清楚的分离。在化合物的鉴定中，关于同位素所起的作用有很多讨论，其中有一项讨论发表在欧洲LCGC杂志上，起到了有益的平衡作用。小分子LC-MS的同位素峰解析(L.M.Hill，洲LCGC19[4]，226-238[2006])基于低分辨率离子阱的研究工作。在该文章的相关部分，在使用离子阱时，作者对过度自信提出了警告：相比于QTOF或三重四级杆系统，离子阱用户必须更加仔细。起始的+1同位素峰必须与污染物相分离...相比于离子阱的扫描分辨率，其俘获的分辨率更低...排空离子阱...按质量顺序。这不是意味不能使用离子阱，像所有仪器一样，使用时必须理解其功能和局限性类似的，具有非常高分辨率的仪器，不能自动得到正确的答案。Kind和Fiehn论文中的一组数据(T.Kind和O.Fiehn，BMC生物信息学7234[2006])给人印象尤其深刻，并由此得出他们的结论(从160万分子式的研究搜寻得出的结论)：仅仅有高质量准确度(1ppm)和高分辨力是不足够的...仅有同位素丰度模式过滤器能够减小候选分子式的数量。仅有3ppm质量准确度的质谱仪，2%同位素类型准确度，通常能剔除超过95%的假候选分子式。这一性能甚至能超过0.1ppm的质谱仪，如果这种仪器实际存在，那么也不具有同位素模式的功能。在质量介于150Da与900Da之间，没有同位素丰度信息，当质量准确度从10ppm提高到0.1ppm，可列出的可能分子式：质量准确度10ppm时，从150Da的2个候选分子式的低点，到900Da的3447个候选分子式。质量准确度在1ppm时，候选分子数的高点(900Da)，将得到345个候选分子式。使用2%同位素丰度的准确度，在900Da的候选数减少到18个候选分子式。研究结果也表明，对同位素采集允许5%精确度和5ppm的质量准确度，将减少到196个候选分子式。定量与校正定量与校正当化合物已知，像临床试验中，收集很多独立样品的统计数据，服用的药物和其目标代谢物已经完全表征，以上情况下不需要全扫描质谱图。但是，在复杂生理性的混合物中，要求非常高的灵敏度，因此设置质谱仪仅监测特定m/z值。(参见27页，SIR和MRM响应的比较)。因为离子连续流过三重或串联四级杆，所以没有必要限制离子流进入质量分析器。与之相反，离子阱有明确的有限容积，因此，需要防止过多的离子进入离子阱。不限制离