科研数据处理004_生存分析

生存分析制作人：张浩然邮箱：[e-mail]本讲的相关配置•操作系统和配色方案：WIN7HomeBasic•屏幕分辨率：1024×768•数据处理软件–MicrosoftOfficeExcel2010–IBMSPSSStatistics19–GraphPadPrism5–Origin8.5.1问题1：临床研究的生存分析•研究眼部按摩疗法是否有助于视力的恢复。•实验记录的结果是康复所需的天数。这种台阶图怎么画？两组是否有显著性差异？问题2：动物试验的生存分析•荷瘤小鼠接受不同的药物处理，通过比较裸鼠存活的天数，来判断药物是否有效。请绘制生存曲线(如右侧台阶图)A和Control是否有显著性差异？A和B是否有显著性差异？相关关键词•生存分析（SurvivalAnalysis）•生存函数•Kaplan-Meier•生存曲线（SurvivalCurve）–注意和“生长曲线growthcurve”区分•多重比较（MultipleComparisons）•计划比较（PlannedComparisons）•大家可以在百度、Google上搜索以上关键词。生存分析可使用的软件•GraphPad•Origin•SPSS一、生存分析——2个实验组科研数据处理004_生存分析【原始数据】生存分析(2组)•目的：研究眼按摩疗法是否有助于视力的恢复。•方法：挑选20个视力为4.6的受试者分成两组——对照组和治疗组，记录视力恢复到5.0的所需的天数。•该研究期限为2年。对照组治疗组受试者编号康复需天数受试者编号康复需天数1两年未康复11632两年未康复1296371713189429314217543215209放弃治疗658716369764017123人间蒸发839118542968819499用眼药水10两年未康复20258【目标图片和目的】生存分析(2组)生存分析(2组)的组间比较•GraphPad提供两种比较方法：–Log-Rank法–Gehan法•默认使用第一个。除非有充足理由才使用第二个。•若P值≤0.05，则两组的生存曲线存在显著性差异。二、生存分析——3个实验组科研数据处理004_生存分析【原始数据】生存分析(3组)生理盐水组测试药物A市售药物B裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数11792417282211028注射失败183531911401926423122520425231325213963114382245725越狱受冻15372350仍存活81916332441【实验方法简述】：•给裸鼠接种肿瘤，以肿瘤体积达到某预定值的时间定为0天。•按组别注射生理盐水或药物，记录裸鼠的存活天数和肿瘤体积变化。•实验观察的期限为50天。【目标图片和目的】生存分析(3组)生存分析(3组)的计划比较•3个实验组的生存分析的P值≤0.05，只能说明3组内存在显著性差异（通俗的说就是，三组治疗不完全等效）。•取计划进行两两比较的两组，重新进行2个实验组的生存分析。将计算出来的p值与0.05进行比较。多重比较和计划比较•MultipleComparisons：控制总体的最大试验误差率为0.05，对Comparisons使用校正过的α（比0.05要小）。•PlannedComparisons：控制Comparisons的误差率为0.05，相对更容易捕捉微弱信号，但容易放大总体试验误差率。•科研中多为探索性实验，总体的结论有时不太有用，多数用PlannedComparisons。三、生存分析——4个实验组以上科研数据处理004_生存分析【原始数据】生存分析(4组)生理盐水组测试药物A市售药物B联合给药A+B裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数117924172825392211028注射失败18352638319114019262742423122520422849523132521392950仍存活631143822453050仍存活725越狱受冻15372350仍存活3143819163324413247【目标图片和目的】生存分析(4组)没有显著性差异怎么办？•探索性实验有时不必拘泥于统计学的条条框框。Choice1：做一个遵守统计学规律的好孩子，忽略微弱信号。Choice2：冲破这些死板的规律，捕捉到这些微弱信号，继续用实验证明。四、生存分析拓展知识科研数据处理004_生存分析生存分析在不同软件的输入方式GraphPadSPSS和OriginTimeStatusGroup105111211113301145121421214312198031011312613TimeGroup1Group2Group3105112111330145114211431198010111261GraphPad是通过不同列来分组的。SPSS和Origin是通过一列数字来分组的。适合多重比较的一个例子第1箱裸鼠第2箱裸鼠第3箱裸鼠裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数裸鼠编号存活天数11179124171282121101281813531191114019126412312125201425123131252113961311413822145725越狱受冻1513723150仍存活81191613324141【实验方法简述】：购买了三箱裸鼠，怀疑这三箱不是同一批生产的，不做任何处理进行生存分析。因此，需要判定一下“这三箱裸鼠的生存曲线是否有显著性差异”。在该结论的基础上，同时判定“两箱之间是否有显著性差异”。TimeGroup1Group2Group3117112111191123112311311125011911241128114011251125113811371133112811351126114211391145115001411生存分析(3组)的多重比较•取要进行两两比较的两组，重新进行2个实验组的生存分析。将计算出来的p值与校正过的α值进行比较。只和对照组比较，则P值与比较。P≤0.025则两组有显著性差异。0.05C21其他组也需比较，则P值与比较。P≤0.0167则两组有显著性差异。0.05C32生存分析(3组以上)的多重比较•对3组以上(含3组)的生存分析结果进行显著性差异判断时，选择两组进行生存分析计算P值后，和校正过的α值进行比较。生存分析的组数p值的临界点（α=0.05）备注2组0.05P≤0.05则有显著性差异3组只和对照组比较，0.05/2=0.025P≤0.025则有显著性差异其他组也比较，0.05/3=0.0167P≤0.0167则有显著性差异4组只和对照组比较，0.05/3=0.0167P≤0.0167则有显著性差异其他组也比较，0.05/6=0.00833P≤0.00833则有显著性差异5组只和对照组比较，0.05/4=0.0125P≤0.0125则有显著性差异其他组也比较，0.05/10=0.005P≤0.005则有显著性差异26制作人：张浩然邮箱：[e-mail]•新浪微盘（可下载高清视频及辅助文件）•我的新浪微博名：天竺扫地僧•微盘：•优酷视频空间（仅可在线浏览和下载视频）•我的优酷ID：浩然童鞋•优酷网址：浩然童鞋•优酷网搜索“科研数据处理”六个字即可。•欢迎大家把视频推荐给更多的同学~~~