搜索
生物信息学蛋白质序列分析-课堂练习ZNF395,全称为ZincFingerProtein395,又被称为PBF，PRF1，DBP2，PRF-1，Si-1-8-14或DKFZp434K1210。其氨基酸序列为结构域分析：(一)分析蛋白质的一级结构分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成:Toolsandsoftwarepackages------Identificationandcharacterization-----ProtParam分析蛋白质的疏水性:Primarystructureanalysis-----ProtScale分析蛋白质的重复序列:Primarystructureanalysis-----REP~andrade/papers/rep/search.html(二)分析蛋白质的二级结构预测蛋白质的?－螺旋和?－折叠结构:Secondarystructureprediction-----nnPredict~nomi/nnpredict.html蛋白质的其它二级结构:Secondarystructureprediction-----SOPMAMASVLSRRLGKRSLLGARVLGPSASEGPSAAPPSEPLLEGAAPQPFTTSDDTPCQEQPKEVLKAPSTSGLQQVAFQPGQKVYVWYGGQECTGLVEQHSWMEGQVTVWLLEQKLQVCCRVEEVWLAELQGPCPQAPPLEPGAQALAYRPVSRNIDVPKRKSDAVEMDEMMAAMVLTSLSCSPVVQSPPGTEANFSASRAACDPWKESGDISDSGSSTTSGHWSGSSGVSTPSPPHPQASPKYLGDAFGSPQTDHGFETDPDPFLLDEPAPRKRKNSVKVMYKCLWPNCGKVLRSIVGIKRHVKALHLGDTVDSDQFKREEDFYYTEVQLKEESAAAAAAAAAGTPVPGTPTSEPAPTPSMTGLPLSALPPPLHKAQSSGPEHPGPESSLPSGALSKSAPGSFWHIQADHAYQALPSFQIPVSPHIYTSVSWAAAPSAACSLSPVRSRSLSFSEPQQPAPAMKSHLIVTSPPRAQSGARKARGEAKKCRKVYGIEHRDQWCTACRWKKACQRFLDLength=513Weight=54939Da(三)分析蛋白质的三级结构molecularmodeling:“tertiarystructureprediction”栏目选择选择一个分析工具，email服务(四)分析膜蛋白质预测膜整合蛋白的跨膜区:Topologyprediction------SOSUI分析膜锚定蛋白的GPI位点:Post-translationalmodification------big-PIPredictor(五)分析蛋白质的翻译后修饰分析信号肽及其剪切位点:Post-translationalmodificationprediction----SignalIP分析糖链连接点:分析O－连接糖蛋白,Post-translationalmodificationprediction----NetOGlyc分析N－连接糖蛋白,Post-translationalmodificationprediction----NetNGlyc（六）分析蛋白质的亚细胞定位Topologyprediction----PSORT-----WoLFPSORT（七）分析化学因子作用蛋白质的位点“Identificationandcharacterization”------“Otherpredictionorcharacterizationtools”栏目选择“PeptideCutter”软件蛋白基本理化性质分析利用Expasy软件包中的ProtParam工具()进行蛋白的氨基酸组成、分子质量、等电点及疏水性等理化性质的分析。2.利用PROF法（）网站工具和（）网站HNN软件预测蛋白的二级结构。利用ScanProsite（）网站工具对蛋白进行结构域分析。利用Swiss-Model数据库软件预测该蛋白的三级结构，结果用蛋白质三维图象软件Rasmol2.7查看。3.蛋白亚细胞定位与功能分析利用CBS（http：//）网站工具对蛋白进行跨膜分析。采用PredictNLS()对蛋白进行核定位信号分析，预测利用（http：//）网站工具预测蛋白的信号肽。利用PSORT（）网站工具进行蛋白亚细胞定位预测。利用CBS（）网站工具预测蛋白的功能。