生物信息学作业2

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分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成。1、使用Entrez信息查询系统检索一条感兴趣的序列,操作方法按照上一次试验的操作步奏。2、根据文件夹试验2中提供的软件,打开DNAMAN,点击editentersequence粘贴序列OK(即生成一个文件)点击FileSaveas保存该序列文件(以.seq为后缀)。3、在页面中有Composition(碱基组成)和Percentage(碱基百分比)以及MolecularWeight(分子质量),记录数据。4、序列载入选择工作区左侧软件提供的Channel工具条,点击数字即可激活相应的Channel,每个Channel可存放一条序列。从碱基计数1开始,选中该序列的所有碱基,点击Sequence→LoadSequence→Fromselection,即将该序列载入激活的Channel内,此时可对本序列进行分析。列出你所分析核酸序列(或部分序列)的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列1、点击上面栏目条中的Sequence然后再点击Display,就有互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列等可供点击。将这几种都分析,如图:列出核酸序列的限制性酶切位点分析结果(酶及识别位点)。1、限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一,DNAMAN软件的Restriction便具有该功能。可分析当前Channel序列酶切位点。点击Restriction/RestrictionAnalysis,选择其中一些参数进行分析。分析一对你所设计的引物,并对其进行综合评判。1、引物设计将待分析的序列载入某一Channel,并激活该Channel。点击主菜单栏的Primer/DesignPCRPrimersforDNA,选择合适参数设计引物,并选择其中一对引物,应用Primer下拉菜单中的选项,分析其退火温度、与DNA链的互补配对情况、单引物内部碱基配对情况、两条引物之间的配对情况。运用Sequin软件进行序列提交,并打印你完成的序列提交文件(后缀为.sqn)运用Sequin软件进行序列提交,并打印你完成的序列提交文件(后缀为.sqn)。双击Sequin文件夹→双击Sequin程序→选择Genbank,点击StartNewSubmission→在TentativeTitle对话框中输入此项研究的题目(或发表论文题目),点击Nextpage→在相应方框中输入作者姓名、电话、传真、E-mail,点击Nextpage→输入其他作者姓名及单位,点击Nextpage→在相应方框中输入作者单位、部门、地址等信息,点击Nextpage→选择提交的分子类型等信息,点击Nextpage→选择序列来源的物种名称,点击Nextpage→粘贴核酸序列,点击Nextpage→保存该文件。

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