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备课笔记1第3讲NCBI-PubMed检索一、PubMed内容简介PubMed为美国国家医学图书馆的美国国家生技信息中心（NCBI）所制作的生物医学相关文献的书目索引摘要数据库，并提供部分免费及付费全文连结服务，需要收费的全文，读者可自行与出版社接洽。PubMed系统可用于检索MEDLINE、Pre-MEDLINE数据库的网上检索系统。MEDLINE是美国国立医学图书馆（U.S.NationalLibraryofMedicine）最重要的才收录了全世界70多个国家和地区的4000余种生物医学期刊，现有书目文摘条目1000万余条，时间起自1966年。Pre-MEDLINE是一个临时性医学文献数据库。它每天都在不断地接受新数据，可为用户提供基本的文献条目和文摘，其文献条目在标引和加工后每周向MEDLINE移加一次。较之于MEDLINE数据以生物医学、生命科学、生化学、行为科学为主，PubMed数据库范围更广，涵盖了如下内容：（1）对于超出学科范围（如：信息科学、航天科学）的特定生命科学、医学、化学相关之期刊文章都会收录于本数据库中；（2）收录即将出版的医学论文；（3）已由NLM审核通过并已由PubMedCentral典藏的全文文献亦收录之。二、PubMed操作界面主画面PartI主画面PartII（一）选择数据库NCBI制作了一系列的生物医学数据库如下：(八)(九)(十)(一)(二)(三)(四)(六)(七)(五)备课笔记2PubMed：生物医学文献书目索引摘要数据库。Nucleotide：包含GenBank、RefSeq、PDB数据库中的人类基因序列数据。Protein：整合了SwissProt、PIR、PRF、PDB、GenBank及RefSeq数据库中的数据，并可参照Taxonomy数据库，了解特定种类的蛋白质的在数据库中分类状况的相关说明。Structure：分子构造数据库。Genome：基因组合序列数据库。PopSet：可查询某族群的基因序列，了解该族群演进之相关资料。OMIM：遗传学数据库。Taxonomy：在NCBI基因数据库中提及的微生物的核酸或蛋白质序列的分类状况之相关说明。Books：收录C.elegansII.、IntroductiontoGeneticAnalysis.7thed.、ModernGeneticAnalysis.、MolecularBiologyoftheCell.3rded.、MolecularCellBiology.4thed.、Retroviruses.等六本书。ProbeSet：以检索的方式使用基因学诠释文献数据库。3DDomains：以3D方式呈现细胞结构。使用者可点选下拉式选单中欲检索的数据库名称，此外，检索栏上方的快速菜单中则选列了常用的数据库，如：PubMed、Nucleotide、Protein、Genome、Structure(即3DDomains)、PopSet、Taxonomy、OMIM、Books。（二）关于Entrez检索系统Entrez是一Web-based检索系统，用以检索下图所示各数据库，只要从其中一个数据库出发，可在检索结果中进行相关数据库的检索。（三）辅助说明PubMed数据库中备有详尽的数据库在线操作求助讯息，包括：Help、FAQ、Tutorial以便使用者自学；另有网站数据、功能异动讯息以告知使用者应注意的事项。（四）PubMed服务项目1、JournalBrowser藉由此功能，可以从「题名」或「ISSN」或是「Medline刊名缩写」查询期刊的出版信息。如以刊名查询「JournalofAmericanDentalAssociation」，可找到期刊的基本信息如下：点选「pISSN」中的连结可连到出版社网站；点选「MEDLINEAbbr.」中的连结可找寻该PubMed收录该期刊的文章索引。2、MeSH浏览：备课笔记3点选此功能后，在检索字段中输入欲查询的词汇，可浏览PubMed数据库中所使用控制词汇，如查询「cancer」，系统显示画面如下：a.说明在PubMed中「cancer」一词将以「Neoplasms」取代。b.可展开Neoplasms词汇所包含的更精细的主题概念，并可勾选欲使用的主题，以布尔逻辑的方式(AND、OR、NOT)加入检索。c.可直接将Neoplasms主题概念以布尔逻辑的方式(AND、OR、NOT)加入检索。3、检索特定文献使用字段化的检索方式，找寻特定刊名、卷期、作者、篇名的文献资料。4、批次检索文献（BatchCitationMatcher）以指令式的方式检索数据库中共有几篇相关的文献，只要输入刊名、年代、卷期、起始页、作者名、关键词其中部分字段数据即可。形式如下：abc备课笔记4Journal_Title|year|volume|first_page|AuthorName|Your_key|5、临床病理资料（ClinicalQueries）本功能提供临床病理数据之查询，并依HaynesRB等专家所制订的最佳化检索策略之机制，使用者可先行选择检索方向，如：治疗方式（Therapy）、诊断方式（Diagnosis）、病因（Etiology）、预后状况（Prognosis）其中的一类，并可选择预期之检索结果是较具相关性（sensitivity）或精确率（specificity）较高的。6、LinkOutLinkOut为生物医学相关网络资源之功能选项，包括在线电子全文、书目数据库清单、消费者健康信息、研究参考数据等信息。如有外部资源的连结，使用者可在PubMed摘要书目中看到LinkOut此一选项。此外，在个人化检索服务中（Cubby），使用者可选择欲显示的LinkOut出版商。7、个人化检索服务——Cubby在Cubby服务页建立个人检索账号/密码，即可使用个人化检索服务，该服务提供下列个人化服务：a.储存/删除检索结果：已储存的检索，再次登入系统时可勾选欲追踪检索的项目，执行「What’sNewforSelected」或是删除原先储存的检索策略。b.AllLinkOutProviders及ProvidersCategories：可选择欲显示的LinkOut出版商，及该出版商的类别，以上两者信息均可在MyLinkOut编修设定数据。c.文献传递服务：系统列出数个文献中心供使用者选择。其中，LoansomeDoc服务，仅限于美国地区使用者方可使用。（五）检索使用者在对话盒中输入欲查询的主题词汇、作者、刊名、文献识别号(PMID)……等即可建立检索，取得检索结果，详细的检索功能将于第三节介绍。（六）功能快捷工具栏与检索相关的功能快捷工具栏，计有Limit、Preview/Index、Clipboard、Detail等项，详细的功能将于第三节介绍。（七）在线求助以简洁的文句指引使用者如何查询PubMed，连结部分可快速连结至相关的解答。（八）相关的服务与资源1、NLMGateway使用者透过此一接口即可同时检索NLM提供的各类信息资源（含数据库与网络资源）。2、ConsumerHealth为美国国家医学图书馆(NLM)制作的消费者健康信息网站，提供约500种疾病症状、医疗资源、医学百科全书等参考信息供一般民众参考使用。3、ClinicalAlerts美国国家卫生研究所(NIH)提供之临床医学警讯及相关的临床医学建议信息。4、ClinicalTrials.gov由美国国家卫生研究所(NIH)提供一般民众、病患家属、临床医学研究人员有关临床试验方面的资料。（九）电子书目前共收录C.elegansII.、IntroductiontoGeneticAnalysis.7thed.、ModernGeneticAnalysis.、MolecularBiologyoftheCell.3rded.、MolecularCellBiology.4thed.、Retroviruses.等六本书，PubMed已先为使用者将此六本书概分成：cellcyclecontrol、immunodeficiency、proteinevolution三大主题概念。（十）免费电子全文PubMedCentral为NCBI所提供的免费的在线电子全文，使用者可依刊名浏览，或是使用检索功能查询数据，检索方式同PubMed。三、PubMed系统的主要特点1、词汇自动转换功能（AutomaticTermMapping）备课笔记5在PubMed主页的检索提问框中键入检索词，系统将按顺序使用如下4种表或索引，对检索词进行转换后再检索。（1）MeSH转换表（MeSHTranslationTable），包括MeSH词、参见词、副主题词等。如果系统在该表中发现了与检索词相匹配的词，就会自动将其转换为相应的MeSH词和TextWord词（题名词和文摘词）进行检索。例如：键入“VitaminC，系统将其转换成Biotin[MeSHTems]ORVitaminC[Textword]后进行检索。（2）刊名转换表（JournalTanslationTable）包括刊名全称、MEDLINE形式的缩写和ISSN号。该转换表能把键入的刊名全称转换为“MEDLINE缩写[JournalName]”后进行检索。如：在检索提问框中键入：“newEnglandjournalofmedicine”，pubmed将其转换为NEnglJMed[JournalName]后进行检索。（3）短语表（Phraselist）该表中的短语来自MeSH、含有同义词或不同英文词汇书写形式的统一医学语言系统（UMLS：UnifiedMedicalLanguageSystem）和补充概念（物质）名称表[SupplementaryConcept（Substance）Name]。如果PubMed系统在MeSH和刊名转换表中未发现与检索词相匹配的词，就会查找短词表。（4）著者索引（AuthorIndex）如果键入的词语未在上述各表中找到相匹配的词，或者键入的词是一个后面跟有1~2个字母的短语，pubmed即查著者索引。如果仍然找不到匹配词，pubmed就会把该词断开后再重复上述自动词汇转换过程，直到找到与键入的词语相匹配词语为止。若仍然没有匹配词，单个词会被联一起（用AND）在全部字段中检索。如：singlecell，系统就会自动将其分成两个词：“single”和“cell”检索，其检索表达式为：“singleANDcell”。要查验检索词的转换情况，可点击“Details”键。2、截词检索功能pubmed允许使用“*”号作为通配符进行截词检索。如：键入“bacter*”，系统会找到那些前一部分是bacter的单词（如bacteria，bacterium，bacteriophage等），并对其分别进行检索。如果这咱词少于150个，pubmed会逐个词检索，若超过150个（如：Staph*），pubmed将显示如下警告信息：“Wildcardsearchfor‘term*’usedonlythefirst150variations.Lengthentherootwordtosearchforallendings。截词功能只限于单词，对词组无效。如：“infection*”包括“infections”，但不包括“infectioncontrol”等。使用截词功能时，PubMed系统会自动关闭词汇转换功能3、强制检索功能如上所述，在PubMed主页的检索提问框中键入一个短语后点击“Go”，系统会高速用自动转换功能查找到相应的匹配词后再进行检索；但是，当键入的词语无匹配词时，pubmed就会将键入的词语断开后再重复上述自动词汇转换过程，若仍然没有匹配词，系统就将短语分解成单词，再用AND联在一起在全部字段中检索。很明显，这样检索的结果是不符合用户要求的。因此，PubMed允许使用双引号（“”）来强制系统进行短语检索。例如，在PubMed主页的检索提问框中键入“Singlecell”，并用双引号引起来，然后点击“Go”，系统会将其作为一个不可分