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第三章接口基本操作9第三章 接口基本操作本章介绍序列窗口和文字窗口的基本操作指令。现在我们已经将斑马鱼的基因序列加载主程序中，接下来要如何处理文字和序列的编辑呢？汇入序列后将出现如图3.1画面：图3.1一般接口操作指令 注意在红色框线的那一排是窗口的一般操作指令，随着光标所在位置的不同，窗口所出现的指令也会不同。先看这三个指令，分别代表着三个不同的窗口，依序是文字、图谱和序列窗口。若要在不同的窗口下进行检视或编辑，可以按这三个按钮或是直接将鼠标点击该窗口。在这三个指令后面的按钮则是该窗口可执行的功能，此图则是位于检视图谱窗口。 文字窗口会把我们所执行的分析指令作一个简单的描述整理，以文件夹的型态显示，可以打开文件夹看个别的描述；其他叙述和说明则是在我们上一章所提到，剪贴序列时操作窗口中可以设定的部分。我们在加载序列的时候会看到图谱被程序标上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按去除。 序列窗口的编辑点：点选或者是将鼠标点击序列窗口，所出现的指令有，其中VectorNTI教育训练手册10是和office系统一样的文字编辑指令，我们只要将欲编辑的序列用鼠标反白后，点选这些指令就可以修改字型、大小和颜色等文字编辑的功能，以下是将序列背景颜色和文字颜色进行编辑过后的样子(图3.2)，我们可以依个人喜好来掌握文字的编辑。图3.2修改序列背景、字号和颜色 图3.2是将其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字颜色改成红色。学会了文字编辑后，接下来我们发现序列的排列似乎不是很美观，想要改变序列的排列方式可以在序列窗口状态下点鼠标右键进入Displaysetup，或是点按钮这时会出现下面指令(图3.3)：图3.3检视工具 点选Sequencesetup项目后会出现：第三章接口基本操作11图3.4序列检视工具 我们可以在这个序列检视工具(图3.4)之下设定各种的排列方式，底下的序列窗口为一个预览窗口，会依我们的设定而变动，将设定调整好后按OK就可以了，如此一来就可以有一个整齐美观的序列呈现在我们面前。这些序列排列的设定可以在Displaysetup的窗口内点选Savesettingsas储存，之后只要开启主程序就会依照我们的设定来排列(图3.5)。图3.5编排斑马鱼海大基因序列，让画面更加清晰 指令：的指令可以用来显示序列的互补股，主程序会自动帮我们执行此功能，如果不想让序列显示互补股，只要单击该按钮就可以将此功能解除，序列就只会显示单股序列。 指令：这个指令可以直接将基因序列转译成胺基酸序列，转译出的胺基VectorNTI教育训练手册12酸序列会显示在基因序列上方(图3.6)；指令可以将胺基酸的序列反转录回基因序列（序列必须为氨基酸），我们想要看基因转译的氨基酸序列时，只要用鼠标选取欲分析的片段后再按下就可以了，若要消除转译分析的结果，可以单击按钮就可以消除，下面的例子是选取一段斑马鱼的基因序列进行转录分析：图3.6蓝色区块上方为斑马鱼海大基因序列进行转译后的结果 在序列编辑好以后，如何将编辑好的序列输出呢？我们只要点选或是开启鼠标右键点选Camera后会出现一个窗口(图3.7)：第三章接口基本操作13图3.7用Camera，来储存序列 我们可以选择复制完整或部分的序列片段，若点选file可以直接将序列转存为文本文件；若是点选Clipboard我们就可以复制序列到其他的档案下面，例如Word、PowerPoint等文件，选择好格式后点选Copy，之后，在其他的程序中按贴上就可以输出序列了，以下是输出至Word檔的例子(图3.8)：图3.8将序列复制到Word中NOTE：由于NTI的序列文字格式和Word的默认字形格式不同，所以贴到Word后会有序列不整齐的现象。这时候可以将Word的字型和格式进行修改就可以修正。VectorNTI教育训练手册14 指令：点选可以搜寻我们想要寻找序列中的特定片段(图3.9)：图3.9Findsequence用来搜寻特定序列片段 在Findwhat的字段中输入欲搜寻的片段，按下FindNext就可以进行搜寻。在Options可以调整我们想要搜寻的条件。 除此之外，我们可以在鼠标右键出现的指令中点选Reverseselection可以将我们选取的序列转变成为此序列的互补股(图3.10)：图3.10点选ReverseSelection产生序列的互补股 VectorNTI还有在原有的序列中删除或是插入另一段序列的功能，想要在原来的序列中插入另一段序列时，先将光标移动到想要插入的位置后，在上方Edit项目中选择New→InsertSequenceat*bp，*表示插入的位置，图3.11中是以第14个bp的位置进行说明：第三章接口基本操作15图3.11在序列中删除或插入片段序列 此时我们就可以插入新的序列，并可以用手动输入或是复制贴上的方式进行序列编辑(图3.12)：图3.12编辑插入的新序列 按下OK就可以把序列插入(图3.13)：VectorNTI教育训练手册16图3.13插入新序列的结果若要删去序列中某一区段可以用相同的方法，选取该区段后按下按钮：图3.14选取所要删除的序列片段部份 按下确定就可以将该区段删除(图3.14)。在主程序Edit项目下Cut和Delete这两个指令也可以执行删除序列，操作方法同上。NOTE：利用或是Cut指令可以把删去的序列贴回原处或是序列的其他位置，但是Delete指令不行。要把删去的序列贴回只要再把光标移动到默认的位置上方按下，或是Edit→PasteSequenceat*bp就可以贴回序列。旁边的按钮可以将我们选取的序列直接复制（和Edit→CopySequence一样）无论是Cut或是Copy的部分，都可以贴到序列的其他位置或是其他档案（Word、记事本…）中。第三章接口基本操作17若要改变主程序中三个窗口位置，可以进入上方View选项(图3.15)：图3.15使用View选项，改变主程序中窗口的位置 最下面的三个指令(Changepaneslayout,MaximizePane,Switchtostandardlayout)(图3.16)可依个人喜好更改窗口的位置和排列方式。图3.16重新排列后的窗口位置