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第五章序列转译27第五章 序列转译 用户可以将DNA序列藉由VectorNTI软件转译成为胺基酸序列，第一个方式如前一章所介绍的在主程序下直接用按钮(图5.1)：图5.1将DNA序列转成胺基酸 如果想要取消这项功能，只要按下就可以了(图5.2)。图5.2取消DNA序列转成胺基酸VectorNTI教育训练手册28序列输出时需留意VectorNTI的字型和格式与Office有所不同，输出后必须要再调整字型跟格式。 另一种作法是将欲转译的序列选取后，进入上方Analyses→Translation(图5.3)功能进行转译：图5.3利用Analyses→Translation，将DNA序列转成胺基酸 在进行转译之前，使用者可以针对特定的物种设定转译的密码，主程序的密码设定为一般标准的密码，我可以进入SetGeneticCode(图5.4)来更改密码：图5.4利用Geneticcode更改转译密码第五章序列转译29此窗口的上方可以选取特定物种，用户若要进行密码编辑时(图5.5)，可以按下NEW这个按钮进行编辑：图5.5选取海大斑马鱼密码进行编辑 决定好密码后，用户即可使用Analyses→Translation→IntoNewProtein来进行序列转译的功能：图5.6利用DirectStrand来进行序列正股转译VectorNTI教育训练手册30 其中DirectStrand(图5.6)是将DNA序列进行正股转译；ComplementaryStrand是将序列的互补股进行转译；而6FrameTranslation是将正股和互补股各从起使第一、第二和第三的位置进行转译，所以会有六个胺基酸序列数据产生(图5.7)：图5.7进行DNA序列正股转译后的结果 执行这三个指令后程序会产生一个新的窗口(若采用6FrameTranslation功能则会产生六个)，在程序执行转译功能前会跳出一个建立序列的窗口(图5.8)，用户可以在此窗口命名和进行相关的批注，也可以将此序列档案存放在LocalDatabase的特定位置：图5.8序列转译之前的命名及批注编辑第五章序列转译31 完成之后按确定就会出现序列转译后的结果(图5.9)：图5.9序列转译后的结果 进行转译功能后所产生的窗口，其界面的操作方式跟原本的窗口完全相同，我们可以进行序列编辑、绘图以及数据输出，在文字窗口的Analysis项目可以看到本程序对转译出蛋白质序列的相关批注。 Feature(图5.10)：这个选项的功能和上述功能很接近，差别只是在于用户可以利用此功能直接转译序列中的某特定区段，只要把光标点选欲分析的区块就可以执行此功能：图5.10利用Feature工具，可以直接转译序列中所选取的部分VectorNTI教育训练手册32 CDSwithSplicing：这个项目将在日后进行Intron、Exon分析时再进行更进一步的说明。Analyses→Translation→InSequencePane：这个项目其实就等于按钮，其内建的功能跟IntoNewProtein是一样的，差别只是在于转译的结果直接显示在原本的序列上方。除此之外最下面多了一个ORFs的功能，这个功能可以帮助我们分析序列的Openreadingframe：首先使用者需先将分析Openreadingframe(图5.11)的功能打开。先将鼠标指向序列窗口，按下鼠标右键点选DisplaySetup：图5.11利用ORF工具，进行序列分析 我们只要把ORFs的项目打勾，若需要进行调整则按下，此功能用户可以自行设定Openreadingframe的判定标准，完成之后按下OK，用户将会在此窗口见到程序所注记的Openreadingframe片段(图5.12)：图5.12利用ORF得到由ORF分析的结果第五章序列转译33 若要重新设定Openreadingframe的分析只要执行Analyses→Translation→InSequencePane→ORFs，就可以重新进行条件设定(此项目等同于)。 BackTranslation：此功能能够帮助用户把胺基酸序列反转译成为DNA序列，使用者只要选取欲分析之片段，接着执行Analyses→BackTranslation即可，执行反转译功能后会出现一个新窗口(图5.13)：图5.13利用BackTranslation将胺基酸序列反转译为DNA序列 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是进行反转译后所产生之DNA序列，我们可以根据物种的不同来进行条件的设定，TranslationTable可以下拉选择物种。而degenerate的选项则可以调整退化程度，越往右边拉则序列退化度会越大，反转译出所产生的DNA序列也就越趋于复杂。窗口上方的Table指令可以调整转译功能的相关参数设定，Camera指令可以输出反转译的序列。