IST检索初学笔记NistSearch以前稍微看过,知道一点,和网友在气质版面的帖子中也进行过少量交流探讨,也听了郭相坤老师的NIST库检索的使用技巧的某些演示(第一届质谱技术网络研讨会:NIST库检索的使用技巧),现在整理一下自己初步学习有关内容,进一步来和大家交流探讨一下。NistSearch(NISTMSSearch2.0)检索提供谱库检索,图谱解析,同位素计算等多种功能,对质谱检索及解析很有帮助,非常好的质谱工具。软件的安装比较容易,放入NIST05或NIST08安装光盘,按提示一步一步操作即可。一种是在嵌入链接在安捷伦等工作站里面,一种是单独安装。内容如下:一.启动NIST检索二.NIST谱库检索(LibrarySearch)三.NIST谱图解析(MSInterpreter)四.同位素计算(IsotopeCalculator)五.需要请教网友的问题一.启动NIST检索1.从程序栏的NISTMassSpectralDatabase的MSSearchv2.0进入NistSearch1.从安捷伦的工作站的DATAANALYSIS(数据分析)的Spectrum菜单的NistSearch进入(要首先选某处的质谱图)3.从Amdis导入在Amdis的谱图上按鼠标右键,NISTLibrary----GotoNistMSSearchProgramNISTMSSearch2.0的界面:二.NIST谱库检索(LibrarySearch)1.未知物的检索可以通过按鼠标右键进行有关切换。这是NIST谱库与化学工作站链接进行检索的一种方式。其检索的匹配用正向和反向两种方法表示。质谱数据库(MSLibrary):主谱库(Mainlib),主要EIMS库,重建谱库(replib),保留指数库(nistri),MS/MS谱库(nistmsms),自建谱库等。在NIST检索的结果里有Match(正检索匹配度,derectmatch),R.Match(逆检索匹配度,reverseMatch)和Prob(概率,Probability)三个值。其中Prob的值是从假定此化合物是在数据库中,以及仅仅依赖在命中列表中的邻近命中的差别得出。它从分析用主库(Mainlib)检索的结果与一组重建质谱图(在重建谱库给出)得出。计算正向检索(标准库的峰与未知谱对照,看看谱库中是否存在与未知谱相同的参考谱图)的相似系数,即匹配概率或匹配率(匹配度)。计算反向检索(未知谱的峰与标准库对照,看看标准谱中的各质量峰是否出现在未知谱中。忽略在谱库不存在的未知谱上的峰。)的相似系数,即匹配概率或匹配率(匹配度)。在NIST检索中匹配率最大为1000(相当PBM中100)。最好的结果是999,无峰的谱图是0。一般讲,900或更高,极好匹配;800-900,良好匹配;700-800,尚可;低于600,差。对正向检索来讲,任何峰只要在未知谱或标准谱中之一出现,都会降低匹配值。对反向检索而讲,任何峰只要在标准谱出现,而未知谱中没有,也会降低匹配值。如果正向的匹配率低,反向的匹配率高,说明未知峰谱可能是混合物的谱图,或者本底干扰严重。估计保留指数EstimatedKovatsRI:Value:(例如丙二醇724iu)是从化合物的化学结构自动估计而来,稍有参考价值。而后面的文献的RI值是比较准,具有参考价值。2.通过化合物名称、CAS号、分子式,分子量,任一离子峰等信息检索在Search菜单下选择:例如输入化合物名称(Name)(EthylButyrate)例如输入CASNo683117-0任一离子峰检索(AnyPeaksSearch)选择要检索的离子及其丰度范围,按accept,Search:三.NIST谱图解析(MSInterpreter)从Tools菜单下选择MassSpectrumInterpreter进入谱图解析,即可出现谱图解析窗口。或者在结构式窗口点击右键,从下拉菜单中选择sendtomassspectruminterpreter,即可出现谱图解析窗口。或者从开始程序的MSInterpreter直接进入。谱图解析窗口如下:在下面的谱图上小红三角符号表示该化合物的分子量。拖动鼠标可以看到从分子峰到鼠标所在处丢失的质量数。点击鼠标则把该质量数标识出来。在谱图上点击右键可以看到断裂的碎片及其质量数等信息。例如71质量离子。在结构图上点击左键,可以看到断裂的碎片及其质量数(m/z,formula,loss,type等)。四.同位素计算(IsotopeCalculator)点击Tools/IsotopeCalculate出现同位素计算窗口。输入化合物分子式即可得到相应的同位素丰度。例如输入C6H12O2,可以看到:质量数丰度116100.00,1176.918191180.603271190.03082以及120,121同位素的丰度可以点击在某一质量数上点击,就可以把这个质量数的丰度作为100,其它质量数与其进行比较计算出相当丰度。即Max值。再举个例子:C3H12Br可以在Option菜单或通过左边的工具栏选择进入其它功能。例如选FormulaEntry,在Formula中输入C6H12O2,则计算出分子量MW=116例如选ElementEntry,在Mass输入116,在Element输入COH三种元素,就可以看到离子式,奇偶性,环加双键值及元素个数的有关信息。五.需要请教网友的问题1.想请教大家,如何导入质谱数据文件?我是在安捷伦的工作站上安装NistSearch软件(嵌入整合到安捷伦里面),并从安捷伦的质谱数据分析(DataAnalysis)的Spectrum菜单下的NistSearch进入NistSearch2.0的软件,来分析质谱数据。想请教大家,如果单独启动NISTSearch的话(不通过安捷伦的工作站),质谱数据文件如何导入或调入到NISTSearch里面?或者你们是怎样进入NISTSearch的?谢谢。用过一种方法是,从Amdis中进入NistSearch。Amdis是能够独立运行的软件。这样就不需要工作站。但NistSearch能不能单独运行还是不知道。2.除重建谱库是从主谱库复制而来,数量少外,(Mainlib)和重建谱库(Replib)还有什么区别?3.只知道EstimatedKovatsRI是从化合物的化学结构,如醇的结构,醛的结构等自动估计而来。请问哪位朋友知道是什么依据,计算公式来估计的?请问这个计算的原理,具体怎样计算,依据什么参数?例如下面是丙二醇的估计保留指数。EstimatedKovatsRI:Value:724iuConfidenceinterval(Alcohols):41(50%)176(95%)iu这里面的数字41(50%)176(95%)是怎么来的?
本文标题:普库检索笔记
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