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基因组Denovo测序基因组Denovo测序使用的组装软件按原理分，主要有两类，一类是基于overlapgraph的组装软件，有CABOG、ARACHNE、RePS、phrap及newbler等；另一类是基于debruijngraph的组装软件，有SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等。基于新一代测序的基因组denovo拼接软件已经有很多，其中主要可以分为两类：（1）基于overlapgraph的拼接软件，包括CeleraAssembler、Arachne、CAP、PCAP等(2)基于debruijngraph的拼接软件，包括SOAPdenovo、Velvet、ALLPATHS、ABySS等。基因组重测序基因组重测序使用的比对软件，主要有Maq、Bowtie、BWA、SOAP2等。转录组测序分析用于转录组分析的比对软件，主要有两类：一类是长片段比对软件，有GMAP、sim4、BLAT、BLAST等；另一类是短片段比对软件，有SOAP2、map、BWA、Bowtie等。短序列比对软件宏基因组测序分析组装软件：CAP3、TGICL；基因预测软件：Glimmer；功能注释软件：BLAST；数据库：KEGG,NCBI、String、COG目标捕获测序分析目标捕获测序分析使用的比对软件，主要有Maq,Bowtie,BWA,SOAP2等ChIP-Seq分析ChIP-Seq中用来搜索、扫描“Peak”区域的统计分析软件，有PeakSeq、FindPeaks3.1、F-Seq、SISSR、QuEST、MACS、Peakcall、ChIPDiff、CisGenome、ChIP-seqprocessingpipelineDNA甲基化测序分析用来搜索CpG岛的软件有：CpGAnalyzer、CpGcluster、CpGFinder、CpGIslandExplorer、CpGIslandSearcher等