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所谓的运输发票是指，（一）纳税人外购货物（固定资产除外）支付运输费用而取得的运费结算单据；（二）纳税人销售应税货物而支付运输费用所取得的运费结算单据（《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十二条所规定的不并入销售额的代垫运费除外）。具体是指运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。其他单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。有关抵扣三项规定。输发票与营业税纳税人开具的货物运输业发票进行比对。凡比对不符的，一律不予抵扣。对比对异常情况进行核查，并对违反有关法律法规开具或取得货物运输业发票的单位进行处罚。2、增值税一般纳税人在申报抵扣2003年11月1日起取得的运输发票增值税进项税额时，应向主管国家税务局填报《增值税运输发票抵扣清单》纸制文件及电子信息，未报送的其进项税额不得抵扣。3、纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国家税务局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。纳税人取得的2003年10月31日以前开具的运输发票，必须在2004年1月31日前抵扣完有关运输发票抵扣清单的要求。纳税人取得所有需计算抵扣增值税进项税额的运输发票，应根据相关运输发票逐笔填写《增值税运输发票抵扣清单》，在进行增值税纳税申报时，除按现行规定保送申报报表资料外，还要增加报送《增值税运输发票抵扣清单》纸质资料和电子信息，否则，其运输发票进项税额不得抵扣。如果纳税人未按规定要求填写《增值税运输发票抵扣清单》或者填写内容不全的，该运输发票不得计算抵扣进项税额。增值税运输发票抵扣清单信息采集软件由国家税务总局统一开发，主管国税局免费提供给纳税人。如果纳税人无使用信息采集软件的条件，可委托中介机构需要注意的是，国税局在纳税申报期内受理申报时，将对允许计算抵扣的运费金额、计算抵扣的进项税额进行核对，如不一致，退纳税人重新申报。相关信息上传后经对比对不符的由稽查部门进行稽查，经查实后有问题的按有关规定进行处理。