开发SNP标记的方法

我们使用比对软件BWA（Li,H.andDurbin,R.,2009）将cleanreads比对到参考基因组，使用Mem将cleanreads比对到参考基因。一般而言，比对率越高，表明测序的样本与参考物种的亲缘关系越近。比对率低可能由于测序样品同参考物种相似度低，或者有其他污染造成。童超波老师2016/3/2417:07:271.SNP检测结果根据BWA比对结果BAM文件，利用samtools、Picard-tools和Reseqtools对比对结果进行处理（排序、去重复、加ID等），然后应用GATK的unifiedGenotyper完成样品的个体SNP检测。在一致序列（即经比对后获得的样本的所有SNP信息）的基础上，将检测到的基因型与参考序列之间存在多态性的位点进行过滤，得到高可信度的SNP数据集。