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细菌分类鉴定方法包括表型鉴定法和分子遗传学鉴定法两大类,分成4个水平:细菌形态和生理生化水平、细胞组分水平、蛋白质水平和核酸水平。表型鉴定法是对前3个水平的鉴定,包括常规鉴定法、数值分类鉴定法和化学分类鉴定法。分子遗传学鉴定法[1]是核酸水平的鉴定,对细菌染色体或质粒DNA进行分析,核酸杂交、PCR技术、16SrRNA和16～23SrRNA序列分析、全基因组测序等,此类方法使细菌种属定位和亲源关系判别由表型特征深化为基因型鉴定。细菌分类鉴定.细菌常规鉴定方法.细菌常规鉴定法是细菌形态和生理生化水平及蛋白质水平的鉴定,前者是最经典、最常用的分类鉴定指标,也是现代化分类鉴定的依据,后者包括免疫诊断技术、蛋白质图谱分析和氨基酸序列分析等。1、细菌常规鉴定方法1.1免疫诊断技术1.1.1凝集试验1.1.2免疫酶技术1.1.3免疫荧光技术1.1.4放射免疫测定技术1.1.5免疫胶体金标记技术1.2蛋白质图谱分析蛋白质图谱分析主要采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和SDS-PAGE。细菌的数值分类和自动化鉴定微生物数值分类鉴定集数学、电子、信息及自动分析技术于一体,具有系统化、标准化、微量化和简易化等优点,采用商品化的鉴定测试卡,将未知菌鉴定到属、种、亚种或生物型,可不同来源的临床标本进行针对性鉴定,所得结果以数字方式表达,与数据库数据(手册或软件)对比得出鉴定结果。化学分类鉴定法20世纪50年代中期由Cummins和Harris建立起来的化学分类鉴定法[3]主要通过细菌细胞壁化学成分即氨基酸和糖的分析进行分类鉴定,属的分类主要测定各种氨基酸组分,种的鉴定主要是对糖的分析。另外,还有全细胞水解液糖型分析、脂肪酸分析、磷酸类脂成分分析、枝菌酸分析、醌类分析和光合色素成分分析等,常使用红外光谱、气相色谱、高效液相色谱和质谱等新技术。3、化学分类鉴定法3.1磷脂脂肪酸分析技术（PLFA）PLFA分析技术是基于不同物种PLFA的不同而进行的分析技术。目前PLFA技术还不能很好地对微生物群落进行准确分类，因为一些微生物也可能含有差别不大的PLFA，这成为应用此技术的一大障碍。3．2高效液相色谱（HPLC）[7]应用于放线菌的分子鉴定和细胞化学成分分析可直接测定菌株DNA的碱基组成和甲基萘醌型,为菌种的分类鉴定提供有利的证据。3.3气相色谱（GC）[7]应用于放线菌的鉴定，可直接测定菌株主要脂肪酸的组成及含量，该分析是化学鉴定中重要的指标之一分子遗传学分类鉴定法分子遗传学分类法是以微生物的遗传型（基因型）特征为依据，判断微生物间的亲缘关系，排列出一个个的分类群。目前较常使用的方法有：细菌染色体DNAG+Cmol%含量测定、核酸杂交技术、限制性核酸内切酶分析法、质粒图谱分析法、脉冲场凝胶电泳分析法、PCR技术、16SrRNA序列和16S～23SrRNA间区序列分析法、微生物全基因组测序4、分子遗传学分类鉴定法4.1细菌染色体DNAG+Cmol%含量测定细菌染色体DNAG+Cmol%含量测定对表型相似的疑难菌株鉴定、新的分类单位建立和细菌亲源关系判定等是一项重要的分类鉴定指标和参考标准,包括纸层析法、浮力密度法、高效液相色谱法[8]、热变性温度(Tm)[9]法和荧光法等。4.2核酸杂交技术核酸杂交技术[根据碱基互补配对原理,将2条不同来源的单链核酸进行复性以鉴定菌株间的亲源关系,用于DNA-DNA(Southern杂交)、DNA-RNA、RNA-RNA(Northern杂交)和PNA-DNA杂交(PNA为肽核酸)。4.3限制性核酸内切酶分析法限制性核酸内切酶分析法(REA,RestrictionEnzymeAnalysis)是用限制性内切酶消化不同细菌染色体DNA产生不同长度限制性片段的酶切图谱,将图谱与已知菌进行比较鉴定细菌。4.4质粒图谱分析法质粒图谱分析(PP分析.是通过比较电泳图谱上质粒DNA数目和分子量分析细菌,该法特异性好、分析周期短、稳定可靠,几乎适用于所有细菌的分型,特别适用于尚未建立标准分型方法和缺乏血清型的菌属(种)的鉴定和分型。4.5脉冲场凝胶电泳分析法采用定时改变电场方向的交变电源,每次电流方向改变后持续1～5s再改变电流方向,如此反复循环。PFGE是目前分辨力最高的分型方法之一,但技术要求高。4.6PCR技术PCR技术是在模板、引物和4种脱氧核苷酸存在的条件下依赖DNA聚合酶的酶促反应,包括高温变性、低温复性和中温延伸3个阶段,经25～30个循环,原始模板可扩增106以上。PCR技术具有高度的特异性和敏感性,是临床微生物检验的理想工具,用于细菌和病毒感染的早期诊断、遗传性疾病的诊断、肿瘤基因分析和法医学诊断等,现已衍生出多种PCR技术4.716SrRNA序列和16S～23SrRNA间区序列分析法16S～23SrRNA的ISR序列作为16SrRNA序列系统分类的一个有力补充,可根据细菌间ISR的数目、长度、种类和序列的不同进行分类。16S～23SrRNA的ISR序列作为细菌分类新的目标基因具有属、种、型、株的特异性与灵敏性,ISR作为细菌分类鉴定的研究热点,将具有无可比拟的优越性,为细菌系统发育学带来新的飞跃。4.8微生物全基因组测序是当前国际生命科学领域中掌握微生物全部遗传信息的最佳途径。细菌分类鉴定方法的前景每种鉴定方法均有其优点和缺陷,常规鉴定法常出现表型表达不稳定、敏感性不高、测试项目多、费时费力等问题;免疫诊断技术若无相应抗体则无法鉴定;细菌自动化鉴定适于快速鉴定,但目前数据库中模式菌种数量有限,部分细菌只能鉴定至属,对革兰氏阳性菌和厌氧菌的鉴定效果较差;分子遗传学鉴定是从本质上阐明细菌间的亲源关系,但所需试剂和仪器昂贵,鉴定时间较长,专业性强,适于科研上的细菌分类研究,不适于基层和临床微生物的快速鉴定。因此,细菌分类鉴定必须同时使用几种方法或系统全面鉴定,表型鉴定和分子遗传学鉴定结合可对未知菌进行准确合理定位,目前应充分利用和完善现有鉴定技术,继续积累核酸数据库资源,研究和推广新的分子遗传学鉴定法,使其在敏感性、特异性和实用性上更适合细菌快速准确鉴定的需要,使其发挥应有的和更大的作用。随着细菌鉴定方法的不断建立和完善,将为科研和临床工作者提供简便、快速、准确、微量、灵敏和成本低廉的检测方法和更先进、更全面的检测手段。