常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表

[RNAi&miRNA]miRNA研究中常用的软件和数据库资源作者:gl19860312(站内联系TA)发布:2011-12-13以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表，希望对microRNA的研究者有所帮助。（1）miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。网址：（2）starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库，整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址：（3）Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址：（4）miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址：（5）targetScan:基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址（6）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件，假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址：（7）PITA：基于靶位点的可接性（target-siteaccessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址：（8）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址：（9）miRanda和microRNA.org：是著名的MemorialSloan-Kettering癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址：（10）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright实验室开发的microRNA靶标数据库。网址：（11）miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址：（12）miRGatorv2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址：（13）MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址：（14）miRDB:动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址：（15）RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。网址：（16）miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址：（17）Targetfinder:使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。网址：（18）miRU,psRNATarget:一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。网址：（19）CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。网址：（20）Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。网址：