常见生物软件使用技巧汇集

常见生物软件使用技巧汇集Q1.怎么查找序列保守区？A1：很多人查找序列保守区，一般通过序列多重比对后，肉眼判断序列保守区，但此法难免太主观，不具重复性，且选择的保守区无法受统计上的显著性检验。其实，实现这一目的，可以使用DnaSP--“Analysis”--“ConservedDNAregion”...Q2.多个FASTA格式保存的单条序列如何批量快速合并为一个文件？A2：一条条添加，费时费劲，且容易出错。解决的办法有两个：一是可以通过DNAMAN的“多重序列比对”后导出功能，即：添加序列所在的目录，或全选相关文件，进行多重比对，导出Clustalaln文件，然后再转换为FASTA；二是使用我们2012年新开发的序列火枪手套件的“SeqMerger.exe”即可快速实现合并。Q3.如何解决Clustalx多重比对（*.Aln格式）后转为MEGA格式时提示出错的问题？A3：检查所转换MEGA的*.meg文件最后几行内容是否有*号，全部删减之即可。因为Clustalx多重比对后，程序会自动添加一致序列。Q4.为什么DNAMAN软件的很多功能菜单都显示无法使用？A4：DNAMAN软件的精华在于通道（Channel）的应用，遇到功能菜单呈灰度无法使用时，不妨将序列载入通道后再试试...Q5.如何让多重比对美观显示又不占篇幅？A5：推荐使用WebLogo（）或SequenceLogo之类的在线工具处理。其实这类工具还有一个妙用－可用于设计简并引物，简并序列一目了然，如下图的第7个碱其位点，G/A=R。Q6.如何在多重比对序列的上方显示对应的蛋白质二级结构？A6：使用ESPript（）对多重比对序列着色的同时，上传预测的蛋白质结构文件*.pdb即可，效果如下图所示，详见《马铃薯Y病毒pipo基因的分子变异及结构特征分析》一文。具体操作方法可以参考《ESpript美化多重比对序列图解(ByRaindy)》。Q7.如何批量将核苷酸序列翻译为蛋白质序列？A7：推荐使用MEGA中的AlignmentExplorer，先将待翻译的序列以FASTA格式保存，鼠标右键“打开方式”选择用MEGA打开，在MEGA界面点击“TranslatedProteinSequence”即可(下图箭头指示位置)，最后在“Data”菜单导出序列保存：Q8.如何快速批量下载指定的序列？A8：通常办法是借助一些生物软件的检索功能，诸如：Bioedit、Geneious、MacVector等。其实，NCBI自带的BatchEntrez只需简单三步即可轻松完成这一任务，详见本人空间日志《如何批量下载指定的序列》：。Q9.如何快速进行基因的选择压力检测及检验？A9：提及基因选择压力的检测，PhylogeneticAnalysisbyMaximumLikelihood(PAML)可能是第一反应的分析工具，但PAML的操作令不少初学者望而却步，快速完成基因的选择压力分析，推荐使用一个在线服务器AdaptiveEvolutionServer（），提交序列后，先选择一个最适的进化模型，再选择一个压力检测方法即可，如：病毒群体的可以选用IEFL法。具体操作方法详见《基因的选择压力检测及检测图解教程（ByRaindy）》一文。【Raindy注】AdaptiveEvolutionServer中GARD法是目前流行用于检测重组的方法，非常不错，推荐使用。Q10.如何对多重比对序列进行排序？A10：由于序列比对矩阵分值的不同，Clustalx比对后的序列顺序会发生变化，解决比对后序列重新排序的问题，可以使用两个软件：（1）MEGA5中的子程序AlignmentExplorer，点击下图中的红色箭头即可实现序列升/降排序；（2）直接用MAFFT软件比对，在输出格式选项设置输出序列顺序即可，详见本人空间日志《MAFFT多重序列比对图解教程（ByRaindy）》。Q11.如何解决Word2007/2010中打开带EndNoteX6/7的文件响应缓慢甚至假死问题？A11：由于Word中某一项拼写和语法检查功能与EndoNote冲突，依次打开在Word中点击文件-“选项”-“校对”-“在Word文档中更正拼写和语法时”标签，取消选中“键入时标记语法错误”即可。Q12.如何快速判断测序得到的序列方向并批量删除载体序列？A12：将测序得到的序列（大于800bp的需先拼接）和参考序列文件均以FASTA格式合并在一个文件内，先在MEGA多重比对，根据比对结果判断目的序列的方向。如果与参考序列差异较大的序列，则可能为需要调整的序列，选定这些序列外，依次在“Data”-“Reversecomplement”反向互补后，重新比对后，然后删除参考序列以外的两端序列，最后导出为FASTA的文件即可。