复杂疾病基因芯片数据的获取与分析(新)

复杂疾病基因芯片数据的获取与分析生物信息科学与技术学院、生物信息学中心哈尔滨医科大学第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨大纲基因芯片数据获取基因芯片简介GeneExpressionOmnibus(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨大纲基因芯片数据获取基因芯片简介GeneExpressionOmnibus(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取基因芯片简介cDNA微阵列芯片寡核苷酸芯片原位合成芯片光纤微珠芯片第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取基因芯片简介1Gene1,,,21NSSS212121212122221222211121111211MNMMMNMMNNNNbbbaaabbbaaabbbaaa221,,,NSSS2GeneMGene第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取GeneExpressionOmnibus(GEO)第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取GeneExpressionOmnibus(GEO)GPLXXXXGSMXXXXGSEXXXXGDSXXXX第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取GeneExpressionOmnibus(GEO)Alzheimer’sdisease(AD)第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取GeneExpressionOmnibus(GEO)GSE12685第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据获取ArrayExpress第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨大纲基因芯片数据获取基因芯片简介GeneExpressionOmnibus(GEO)ArrayExpress基因芯片数据分析预处理差异表达基因筛选聚类与分类功能注释和富集分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析预处理对数转换数据过滤标准化第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析预处理对数转换第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析预处理数据过滤去除表达水平是负值或很小的数据或者明显的噪声数据标准化片内标准化片间标准化第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析差异表达基因筛选FoldchangeT-testnormalDiseasexxcFold_疾病样本中的表达值正常样本中的表达值nsnsxxtnormalDiseasenormalDiseasemiRNA//22第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析差异表达基因筛选SAM(SignificanceAnalysisofMicroarrays)第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析聚类与分类层次聚类第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析聚类与分类k均值聚类第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析聚类与分类k近邻分类器第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析聚类与分类决策树分类器OutlookHumidityWindyPlaySunny75FalseNoSunny79TrueNoOvercast60FalseYesRainy55FalseYesRainy75FalseYesRainy80TrueNoOvercast80TrueYesSunny85FalseNoSunny50FalseYesRainy45FalseYesSunny40TrueYesOvercast50TrueYesOvercast55FalseYesRainy55TrueNo第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨功能注释和富集分析GO(GeneOntology)BiologicalProcessMolecularFunctionCellularComponentKEGG(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes)基因芯片数据分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨Enrichmentanalysis(富集分析)m:人类所有基因数t:通路中所有的基因数n:疾病风险基因数（用户提供的基因集合中的基因数）r:注释到通路中的疾病风险基因数•常用软件（DAVID,GSEG…）tnmr功能节点基因疾病风险基因人类所有的基因基因芯片数据分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析(ArrayTools)预处理第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析(ArrayTools)差异表达基因筛选(SAM)第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析(ArrayTools)样本、基因聚类第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨基因芯片数据分析(ArrayTools)样本、基因聚类第二期生物信息学培训班2010年8月中国·哈尔滨THANKYOU!