基于全基因组snp数据如何进行主成分分析

1）全基因组snp数据格式为.vcf2）利用vcftools软件进行格式转换：vcftools--vcftmp.vcf--plink--outtmp此时会生成两个文件：tmp.ped和tmp.map3）利用plink软件进行数据格式转换：./plink--noweb--filetmp--make-bed--outtmp注意，输入文件和输出文件都不需要文件名的后缀，此时生成3个文件：tmp.bed，tmp.bim和tmp.fam4）利用gcta软件进行pca构建4.1./gcta--bfiletmp--make-grm--autosome--outtmp此时生成一个文件：tmp.grm.gz4.2./gcta--grmtmp--pca3--outpcatmp此时生成两个文件：pcatmp.eigenval和pcatmp.eigenvec5）将生成的pcatmp.eigenvec用文本编辑器打开，在最上面加入一行：12pc1pc2pc3（之间以空格隔开），保存6）打开R软件6.1输入文件：a-read.table(D:/pcatmp.eigenvec,header=TRUE)6.2绘散点图：plot(a$pc1,a$pc2,pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10),col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10),main=pca,xlab=pc1,ylab=pc2)6.3添加图例：legend(bottomleft,c(CL,IN,GZ,DA,PP,YN,DX,JY,NP,SL),pch=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10),col=c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))文件另存为JpegorTiffThat'sall,Gameover.再次向基因组-health(213256700)予以致谢！