原核生物染色体

拟核存在于原核生物，有类似细胞核的功能，只有一个位边界不明显区域的环形DNA分子。内含遗传物质。里面的核酸为双股螺旋形式的环状DNA。一．从基因组的组织结构来看，原核生物DNA有以下特征:1、结构简练。原核生物的DNA绝大部分是用来编码蛋白质，不编码序列很少。蛋白质基因通常以单拷贝的形式存在。一般而言，蛋白编码的核苷酸顺序是连续的，中间不被非编码顺序所打断。一般情况下越简单的生物，其基因数目越接近用DNA分子量所估计的基因数。这些序列中不表达的序列通常是用来控制基因表达的。如果扣除基因中的不编码功能区，如附着点attP，复制起点、黏着末端、启动区、操纵基因等，几乎就没有不编码的序列了。这点与真核生物明显不同，据估算，真核生物不编码序列可占基因组的90％以上。这些不编码序列，其中大部分是重复序列。功能密切相关的基因常高度集中，越简单的生物，集中程度越高。例如，除已知的操纵子外，λ噬菌体7个头部基因和11个尾部基因都各自相互邻接。头部和尾部基因又相邻接又如，有关DNA复制基因O、P；整合和切离基因int，xis；重组基因redα、redβ；调控基因N、cⅠ、cⅡ、cⅢ、cro也集中在一个区域，而且和有关的结构基因又相邻近。10DNA绝大部分用于编码蛋白质，结构基因多为单拷贝2、存在转录单元。原核生物序列DNA中功能相关的RNA和蛋白质基因，往往丛集在基因组的一个或几个特定的部位。形成功能单位或转录单位，它们可以一起被转录为含多个MRNA的分子，叫多顺反子MRNA。例如见书34页2补充单顺反子是真核基因的转录形式。一个启动子后仅具有一个编码序列。即一种mRNA只编码一种蛋白质。而多顺反子出现于原核生物，即若干个基因由一个启动子控制，转录在一条mRNA上。即一条mRNA链编码几种功能相关联的蛋白质。3有重叠基因。（1）一个基因完全在另一个基因里面。如基因A在基因B里面。（2）部分重叠，如基金C和基因K的部分重叠。（3）两个基因只有一个碱基对重叠。如D基因终止密码子的最后一个碱基是J基因起始密码子的第一个碱基。举例见书11、结构基因中无重叠现象（一段DNA序列编码几种蛋白质多肽链）12、基因组中存在可移动的DNA序列，如转座子和质粒等真核生物只有一条链能翻译，原核生物两链互为友谊链环状DNA形成的超螺旋二、原核生物基因组功能的特点：1、染色体不与组蛋白结合。2、不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系基因组GC含量(G与C所占的比)是基因组组成的标志性指标。有两种观点来解释不同生物之间GC含量的差异:中性说和选择说。中性说主要强调不同生物之间GC含量的差异是由碱基的随机突变和漂移造成,择说则认为GC含量的差异是环境及生物的生活习性等因素综合作用的结果。原核生物基因组大小与GC含量的总体相关性实验证明，当所分析的原核生物基因组大小大部分都在1~6Mb范围内,而GC含量则一般在20%~75%之间，回归分析显示,基因组大小与GC含量总体上存在着具统计学意义的正相关寄生生活习性对维持或增强基因组大小与基因组GC含量的相关性有较大的作用。3、原核生物中有些基因不是从第一个ATG起始的（如大肠杆菌和枯草杆菌基因）原因：首先，原核生物(包括病毒)的mRNA可以是多顺反子,即可以有几个基因同时被转录成一mRNA,共同使用一个启动调控区;真核生物的mRNA都是单顺反子,一个mRNA只携带一个基因.真核生物的核糖体从mRNA的5’末端向3’端滑动时,把所碰到的第一个AUG作为蛋白质合成的起始.而原核生物的核糖体从mRNA的5’末端向3’端滑动时,碰到第一个AUG能够起始蛋白质的合成,遇到第二个AUG时也能顺利完成蛋白质的合成.这是造成这两种细菌中有一些基因从第二个或更靠后的AUG起始的原因之一.其次，根据真核生物蛋白质合成起始的机制,我们认为:无论原核还是真核生物,其、mRNA5末端的第一个基因的起始遵从第一ATG规则;原核生物多顺反子的mRNA中,除了第一个基因外,后面的基因可以不遵守这一规则.这就解释了为什么这两种菌中有部分基因不遵从第一ATG规则.原核生物基因组DNA链组成的非对称性1碱基组成的非对称性（1）GC分布不对称（2）AT分布不对称2密码子使用偏好3基因方向性偏好4基因密度和密码子使用的差别5突变与修复偏差和信号序列的分布不同（1）转录伴随修复相关的突变偏差(bias)和脱氨基事件（2）信号序列等寡核苷酸序列的分布不同。质粒1.质粒：独立于细菌细胞染色体以外，能自主复制的共价闭合环状DNA分子。作为一个完整的复制子，在转化细胞后能自主复制，并对细菌的一些代谢活动和抗药性表型产生重要作用，即给细菌带来特殊标志。2.质粒的特点(1）质粒中携带许多基因，影响生物学性状(2）质粒可从一个细菌转移至另一个细菌，其携带的遗传性状也随之转移。(3）质粒并非细菌生命活动所必需，其编码的性状对细菌有保护作用(4）环状DNA分子，含复制启动子，在其下游具复制起始点(ori)5）选择标记（如药物筛选标记，Amp、Kpn等）6）多克隆位点polylinker：（单一限制性酶切位点）7）不相容性:携带相同复制子的质粒不能在同一细菌中共存。8）质粒转移性：可以在同种属或异种属之间转移。3.质粒的类型按复制机制：1）严紧型质粒：在“严紧”控制下复制的质粒。它的复制受到细胞蛋白的影响。一旦细胞复制停止，质粒拷贝数不能增加。低拷贝数质粒，每一个细胞只有一个或几个拷贝。2）松弛型质粒：高拷贝数质粒，每个细胞可含10-200个拷贝。细胞停止复制后质粒仍可继续复制。按质粒功能分型:1）F质粒：决定细菌的性别，能将宿主染色体基因和它本身转移到另外一个宿主中。是一种游离的基因，可以整合到染色体基因组中。F质粒：F’质粒整合到染色体基因组中，如果切割下来的时候切点不准确，可能导致质粒上带有宿主菌染色体DNA片段，称之为F`质粒。质粒：抗药性基因包括临近的两个DNA分子片段，一个为抗性转移因子（转移基因、DNA复制基因等）和抗性决定因子（抗青霉素、抗氨苄青霉素等）单独的抗性决定因子只有在抗性转移因子作用下发生转移。五、转位因子1.概念：转位因子（transposableelement）可移动的基因成分，即能在一个DNA分子内部或两个DNA分子之间移动的DNA片段。2.转座子不依赖于供体和受体位点序列间的关系而定。转座子相对于那些可以从一个基因组转移到另外一个基因组的载体而言，如逆转录病毒或质粒等，转座子只是基因组内部的载体类似物，是基因内部突变的主要来源。3.转位因子的类型可分为插入序列、转座子、可转座的噬菌体1）插入序列（insertsequence,IS）：插入序列是编码一种转座所需酶的一种转座子，它的两侧是短向重复序列。插入序列的靶序列在插入的过程中被复制，形成两个短的正向重复序列。IS：一个转座酶和两个反向重复序列2）转座子（transposon）也是一种转位因子，比IS大（约4500-20000bp）。转座子除了带有转座的必需的基因外，还可以有编码转座以外的其他基因。转座子中存在转位酶，可以介导转座子从一个位点转移到另一个位点。转座子具有一个中xing区，其两侧各有一个IS元件。两者顺序可以相同也可以相反。转座子意义：基因重排、引入突变、产生新的基因六、大肠杆菌在基因工程中的应用：将目的片段重组于载体，并将此重组DNA转移到受体细胞内，后者便获得并表达重组DNA的遗传性状。大肠杆菌由于繁殖快，易培养，故常将其作为受体细胞。大肠杆菌的遗传物质：染色体DNA相对集中形成类核，全长1100~1400m，含4288个开放读码框架。质粒DNA：存在于细胞质中的小的环状DNA分子，能自主复制。大肠杆菌基因组的特点：基因组：4639221个碱基对，约3500个基因。已经鉴定的基因有1500多种，主要是与酶类有关的基因。大多数基因分散排列在整个染色体的不同区域，即使相关的基因也可能分布在不同的部位。操纵子结构：功能上相关的结构基因常串联在一起组成操纵子结构。