保幼激素基因和蛋白质序列的生物信息学分析

保幼激素基因和蛋白质序列的生物信息学分析姓名：班级：学号：1前言根据查寻研究基因的中文（中国期刊网）和英文文献（PubMed和PubMedCentral），写出对该基因研究现状的简要综述（500-800字）。(目的是考察文献和数据库查阅能力)2数据来源和分析方法2.`1序列数据来源说明分析的数据采用什么方法从哪个数据库获得的，采用了多少条序列。2.2序列分析方法2.2.1序列比对方法将以上序列数据以fasta格式作成一个文件后，用ClustalX2进行全序列自动比对。比对过程中采取自动比对和手动比对相结合，输出格式为Clustal格式（.aln）。2.2.2遗传距离计算方法采用MEGA6如何计算序列之间的遗传距离的。2.2.3分子系统发育分析方法采用MEGA6的邻接法（Neighbor-joiningmethod,NJ）、最大似然法和最大简约法（Maximumparsimonymethod,MP）建树。NJ方法中采用XX校正的氨基酸取代模型，在MP方法中采用XX的方法搜索最简约树。在两种方法中对空位的处理都采取全部删除（Completedeletion）策略，同时采用自举检验(bootstraptest，重抽样500次)估计系统树中结点的置信值（BCL值）。2.2.4蛋白质家族和基序与结构域分析方法所研究蛋白质在PFAM、PROSITE等蛋白质次级数据库中的分类查询方法。2.2.5蛋白质三级结构与结构分类分析所研究蛋白质在蛋白质结构数据库SCOP、CATH等中的分类查询方法。3结果3.1序列的查询情况说明：采用基因/蛋白质名称对对NCBI非冗余核酸或蛋白质数据库进行检索的结果。采用任意一个物种的基因/蛋白质序列进行BLAST搜索的结果。3.2序列的比对情况比对结果的说明：使用什么比对软件，采用什么比对参数进行比对的。改变参数对比对的影响等。3.3序列之间的遗传距离所分析序列之间的p距离和校正遗传距离(从MEGA5软件中计算输出的距离矩阵)3.4序列/物种之间的系统发生重建结果分子系统发生分析结果中NJ法和MP法分析结果见图xx及xx。图xx：XXX蛋白分子进化树：NJ（Neighborjoining）分析，分枝上显示的数字是Bootstap检验获得的BCL(bootstrapconfidencelevel)值。建树结果的分析(基因树是否与物种进化关系一致)。3.5蛋白质家族特征分析结果所分析的蛋白质属于什么家族，该家族有哪些结构域/基序特征，完成什么功能。3.6蛋白质三级结构与结构分类分析所分析的蛋白质的3D结构是否已知，如果已知，显示其结构（图），如果未知，与其最近似的已知结构是什么？可否采用同源建模方法预测其结构？该蛋白质在SCOP和CATH结构分类数据库中的分类情况。4讨论自由发挥5参考文献列出至少5-7篇与所研究的基因相关性最大且阅读过摘要或全文的文献。