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1附录2伯杰氏细菌系统分类学手册《伯杰氏细菌系统分类学手册》（“Bergry’sManualofSystematicBacteriology”），第二版，2001年春，Springer-Verlag公司，GergeM.Garrity,MattewWinters和NeniseB.Searles第二版五卷本与第一版相比又有较大改动，与第八、第九版伯杰氏细菌鉴定学手册也有明显区别。它不是根据表型，而是以系统发生（进化）的框架为基础。参照了16SrDNA的序列。编辑们预计在手册第一卷到最后一卷出版的5、6年间，可能会再发现100多个新属。他们会不断修订错误，在后继出版的各卷中，出一个新的分类大纲。伯杰氏手册公司的网站（）也会定期更新。第二版的第一卷在2001年5月出版；第二卷在2004年2月出版。古生菌域（Domain“Archaea”）第AI门泉古生菌门(Crenarchaeotaphy.nov.)第I纲热变形菌纲(Thermoproteiclass.nov.)第I目热变形菌目(Thermoproteales)第I科热变形菌科(Thermoproteaceae)第I属热变形菌属(Thermoproteus)第II属热杆菌属(Caldivirga)第III属热棒菌属(Pyrobaculum)第IV属热枝菌属(Thermocladium)第II科热丝菌科(Thermofilaceae)第I属热丝菌属(Thermofilum)第II目硫还原古球菌目(Desulfurococcalesord.nov.)第I科硫还原古球菌科(Desulfurococcaceae)2第I属硫还原古球菌属(Desulfurococcus)第II属(Acidolobus)第III属气热菌属(Aeropyrum)第IV属浆果状火球菌属(Ignicoccus)第V属葡萄嗜热菌属(Staphylothermus)第VI属斯梯特氏菌属(Stetteria)第VII属恐硫球菌属(Sulfophobococcus)第VIII属热盘菌属(Thermodiscusgen.nov.)第IX属耐热球菌属(Thermosphaera)第II科热网菌科(Pyrodictiaceae)第I属热网菌属(Pyrodictium)第II属栖高温菌属(Hyperthermus)第III属热叶菌属(Pyrolobus)第III目硫化叶菌目(Sulfolobales)第I科硫化叶菌科(Sulfolobaceae)第I属硫化叶菌属(Sulfolobus)第II属酸菌属(Acidianus)第III属生金球菌属(Metallosphaera)第IV属栖冥河菌属(Stygiolobus)第V属硫代谢球菌属(Sulfurisphaera)第VI属硫化球菌属(Sulfurococcus)第AII门广古生菌门(Euryarchaeotaphy.nov.)第I纲甲烷杆菌纲(Methanobacteriaclass.nov.)第I目甲烷杆菌目(Methanobacteriales)第I科甲烷杆菌科(Methanobacteriaceae)第I属甲烷杆菌属(Methanobacterium)第II属甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)第III属甲烷球形菌属(Methanosphaera)第IV属甲烷嗜热杆菌属(Methanothermobacter)第II科甲烷嗜热菌科(Methanothermaceae)第I属甲烷嗜热菌属(Methanothermus)第II纲甲烷球菌纲(Methanococciclass.nov.)第I目甲烷球菌目(Methanococcales)第I科甲烷球菌科(Methanococcaceae)第I属甲烷球菌属(Methanococcus)第II属甲烷嗜热球菌属(Methanothermococcusgen.nov.)第II科甲烷热球菌科(Methanocaldococcaceaefam.nov.)第I属甲烷热球菌属(Methanocaldococcusgen.nov.)第II属甲烷干热菌属(Methanotorrisgen.nov.)第II目甲烷微菌目(Methanomicrobiales)第I科甲烷微菌科(Methanomicrobiaceae)第I属甲烷微菌属(Methanomicrobium)第II属甲烷袋状菌属(Methanoculleus)3第III属产甲烷袋菌属(Methanofollis)第IV属产甲烷菌属(Methanogenium)第V属叶形甲烷菌属(Methanolacinia)第VI属甲烷盘菌属(Methanoplanus)第II科甲烷粒菌科(Methanocorpusculaceae)第I属甲烷粒菌属(Methanocorpusculum)第III科甲烷螺菌科(Methanospirillaceaefam.nov.)第I属甲烷螺菌属(Methanospirillum)未定属第I属产甲烷石状菌属(Methanocalculus)第III目甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)第I科甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)第I属甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)第II属甲烷拟球菌属(Methanococcoides)第III属甲烷喜盐菌属(Methanohalobium)第IV属甲烷嗜盐菌属(Methanohalophilus)第V属甲烷叶菌属(Methanolobus)第VI属甲烷微球菌属(Methanomicrococcus)第VII属甲烷盐菌属(Methanosalsumgen.nov.)第II科鬃毛甲烷菌科(Methanosaetaceaefam.nov.)第I属鬃毛甲烷菌科属(Methanosaeta)第III纲盐杆菌纲(Halobacteriaclass.nov.)第I目盐杆菌目(Halobacteriales)第I科盐杆菌科(Halobacteriaceae)第I属盐杆菌属(Halobacterium)第II属盐盒菌属(Haloarcula)第III属盐棒杆菌属(Halobaculum)第IV属盐球菌属(Halococcus)第V属富盐菌属(Haloferax)第VI属盐几何形菌属(Halogeometricum)第VII属盐杆状菌属(Halorhabdus)第VIII属盐红菌属(Halorubrum)第IX属盐栖菌属(Haloterrigena)第X属无色嗜盐菌属(Natrialba)第XI属钠线菌属(Natrinema)第XII属嗜盐碱杆菌属（Natronobacterium）第XIII属嗜盐碱球菌属(Natronococcus)第XIV属嗜盐碱单胞菌属(Natronomonas)第XV属碱红菌属(Natronorubrum)第IV纲热原体纲(Thermoplasmataclass.nov.)第I目热原体目(Thermoplasmatalesord.nov.)第I科热原体科(Thermoplasmataceaefam.nov.)第I属热原体属(Thermoplasma)4第II科嗜酸古菌科(Picrophilaceae)第I属嗜酸古菌属(Picrophilus)第III科铁原体科(Ferroplasmataceae)第I属铁原体属(Ferroplasma)第V纲热球菌纲(Thermococciclass.nov.)第I目热球菌目(Thermococcales)第I科热球菌科(Thermococcaceae)第I属嗜热球菌属(Thermococcus)第II属古老球菌属(Palaeococcus)第III属热球菌属(Pyrococcus)第VI纲古生球菌纲(Archaeoglobiclass.nov.)第I目古生球菌目(Archaeoglobalesord.nov.)第I科古生球菌科(Archaeoglobaceaefam.nov.)第I属古生球菌属(Archaeoglobus)第II属铁球菌属(Ferroglobus)第VII纲甲烷嗜高热菌纲(Methanopyriclass.nov.)第I目甲烷嗜高热菌目(Methanopyralesord.nov.)第I科甲烷嗜高热菌科(Methanopyraceaefam.nov.)第I属甲烷嗜高热菌属(Methanopyrus)细菌域“Bacteria”第BI门产液菌门(Aquificaephy.nov.)第I纲产液菌纲(Aquificaeclass.nov.)第I目产液菌目(Aquificalesord.nov.)第I科产液菌科(Aquificaceaefam.nov.)第I属产液菌属(Aquifex)第II属热杆菌属(Calderobacterium)第III属氢杆菌属(Hydrogenobacter)第IV属热发状菌属(Thermocrinis)未定属第I属脱硫杆状菌属(Desulfurobacterium)第BII门栖热袍菌门(Thermotogaephy.nov.)第I纲栖热袍菌纲(Thermotogaeclass.nov.)第I目栖热袍菌目(Thermotogalesord.nov.)第I科栖热袍菌科(Thermotogaceaefam.nov.)第I属栖热袍菌属(Thermotoga)第II属闪烁杆菌属(Fervidobacterium)第III属地袍菌属(Geotoga)第IV属石袍菌属(Petrotoga)第V属栖热腔菌属(Thermosipho)5第BIII门热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteriaphy.nov.)第I纲热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteriaclass.nov.)第I目热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacterialesord.nov.)第I科热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceaefam.nov.)第I属热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)第BIV门异常球菌——栖热菌门(Deinococcus-Thermus)第I纲异常球菌纲(Deinococciclass.nov.)第I目异常球菌目(Deinococcales)第I科异常球菌科(Deinococcaceae)第I属异常球菌属(Deinococcus)第II目栖热菌目(Thermalesord.nov.)第I科栖热菌科(Thermaceaefam.nov.)第I属栖热菌属(Thermus)第II属稍热菌属(Meiothermus)第BV门金矿菌门(Chrysiogenetesphy.nov.)第I纲金矿菌纲(Chrysiogenetesclass.nov.)第I目金矿菌目(Chrysiogenalesord.nov.)第I科金矿菌科(Chrysiogenaceaefam.nov.)第I属金矿菌属(Chrysiogenes)第BVI门绿屈挠菌门(Chloroflexiphy.nov.)第I纲绿屈挠菌纲(Chloroflexi)第I目绿屈挠菌目(Chloroflexales)第I科绿屈挠菌科(Chloroflexaceae)第I属绿屈挠菌属（Chloroflexus）第II属绿丝菌属(Chloronema)第III属螺丝菌属(Heliothrix)第II科颤绿细菌科(Oscillochloridaceae)第I属绿颤细菌属(Oscillochloris)第II目滑柱菌目(Herpetosiphonales)第I科滑柱菌科(Herpetosiphonaceae)第I属滑柱菌属(Herpetosiphon)第BVII门热微菌门(Thermomicrobiaphy.nov.)第I纲热微菌纲(Thermomicrobiaclass.nov.)第I目热微菌目(Thermomicrobialesord.nov.)第I科热微菌科(Thermomicrobiaceaefam.nov.)第I属热微菌属(Thermomicrobium)第