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数据检查cif文件时常见问题及解决办法一、需要修改参数和添加命令进行精修的问题1、Mu(calc)andMu(CIF)RatioDiffersfrom1.0by.77.73%问题：理论计算的单胞线性吸收系数与cif文件中不一致2、CheckReportedMolecularWeight................78.48问题：分子式不正确。3、ReportedF000DiffersfromCalcd(orMissing)...?Check问题：单胞中的电子数不正确。解决方法：根据空间群修改res文件中晶胞内原子个数及Z值。4、MinimumCrystalDimensionMissing(orError)...?Do!5、MediumCrystalDimensionMissing(orError)...?Do!6、MaximumCrystalDimensionMissing(orError)...?Do!问题：Cif文件中没有晶体尺寸。解决办法：在res文件中加入SIZE命令和晶体尺寸进行精修。7、CIFContainsnoX-HBonds......................?Check8、CIFContainsnoX-Y-HorH-Y-HAngles..........?Check问题：cif文件中没有与氢原子有关的键长和键角。解决办法：在res文件中添加BOND$H和CONF命令进行精修。9、CentreofGravitynotWithinUnitCell:Resd.#1问题：分子不在晶胞内。解决办法：将分子移到晶胞内进行精修。10、Theabsolutevalueofparametershifttosuratio0.2011、Absolutevalueoftheparametershifttosuratiogiven5.41312、Additionalrefinementcyclesmayberequired.MaximumShift/Error............................5.41问题：参与精修的参数没有收敛。解决办法：多精修几次，直到MaximumShift/Error接近零，且不再变化。二、需要手动填写缺失信息问题1、_symmetry_cell_settingismissing2、_symmetry_space_group_name_H-Mismissing解决办法：填写晶系名称和空间群名称。3、Nosu'sonH-positions,refinementreportedasmixed解决办法：填写正确的加氢方法。4、No_chemical_absolute_con图urationinfogiven?解决办法：填写确定绝对构型的方法。5、_cell_measurement_reflns_usedismissing6、_cell_measurement_theta_maxismissing7、_cell_measurement_theta_minismissing解决办法：填写用于确定晶胞的衍射点个数、最大θ值和最小θ值。8、_exptl_crystal_descriptionismissing9、_exptl_crystal_colourismissing解决办法：填写晶体形状和颜色。10、_exptl_absorpt_correction_typehasnotbeenidentified解决办法：填写吸收校正方法。三、原子温度因子和键长不合理1、Non-SolventCUeq(max)/Ueq(min)...3.83Ratio2、LargeNon-SolventHUiso(max)/Uiso(min)..10.0Ratio3、LargeHirshfeldDifferenceC3--C17..0.44Ang.4、AADPofAtomC3isNPD.....................?5、CheckHighUeqasComparedtoNeighborsforC56、CheckLowUeqasComparedtoNeighborsforC17、LowBondPrecisiononC-CBonds...............0.0109Ang.8、Short?C(sp?)-C(sp?)BondC48-C58...1.25Ang.9、LongC(sp2)-C(sp2)BondC34-C56...1.59Ang.问题：1-6是原子的温度因子不合理，7-9都是键长不合理。解决办法：温度因子、键长、键角不合理若是原子无序导致的，需要对无序部分做无序处理：将原子裂分成两部分（多重无序需要裂分成多部分），限制一下原子的温度因子和键长。若温度因子、键长、键角不合理是数据质量差导致的，则需重新收集数据。有时温度因子、键长、键角不合理也可能是空间群不正确导致的，解析过程中可用platon软件或网上check一下cif文件来检查晶体对称性。四、精修中的其他问题1、RatioofMaximum/MinimumResidualDensity....5.082、LargeReportedMax.(Positive)ResidualDensity3.22eA-3问题：1是残余电子密度峰值比值太大，2是最大电子残余密度峰值太高。解决办法：首先看是否还有没有指认的原子，如溶剂分子，若有指认原子即可；若是无序导致的，对无序的原子或基团做无序处理。3、CalculatedDensitylessthan1.0gcm-3.........0.88454、StructureContainsSolventAccessibleVOIDSof.443Ang35、VERYLARGESolventAccessibleVOID(S)inStructure!Info问题：3是晶体密度太小；4和5是晶胞里空腔太大。可能是有还没有指认的溶剂分子导致的。解决办法：指认溶剂分子。五、氢原子的方向不合适1、ShortInterXH3..XHnH15..H19C..2.08Ang.2、ShortIntraD-H..H-XH1..H13..1.77Ang.3、ShortInterD-H..H-DH1A..H4B..1.22Ang.4、D-HWithoutAcceptorO1-H1...?Check问题：氢原子的方向不合适。解决办法：重新加氢。加氢时若程序自动加氢不合适，可根据Q峰的位置加氢，或根据氢键的指向加氢。