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云南省主要生态环境问题多年来，云南省在自然资源保护、水土流失治理、生态农业建设、生物多样性保护和自然保护区建设方面取得了较大进展。但由于云南省经济较为落后，自然环境条件复杂，生态环境问题仍然比较突出，主要表现有以下几个方面：一、森林质量有待提高云南省是全国三大林区之一，境内的森林是长江、珠江、澜沧江、红河等重要河流的主要水源涵养林，对防治山地灾害、调节和稳定河流的水量具有极为重要的作用。然而，从50年代后期起，云南成了国家和地方主要的木材输出省，仅仅20多年的时间，森林覆盖率从50%以上下降到24.9%，活立木蓄积从14亿立方米以上减少到9.1亿立方米。森林资源的不合理开发带来了生物多样性减少、水土流失、洪涝灾害等生态环境问题。虽然在20世纪90年代以后，省委省政府启动一系列措施，使森林资源数量上升，森林覆盖率又提高到49.91%，但由于造林树种林种较为单一，森林资源总体质量有待提高。二、生物多样性减少云南省自然环境条件复杂，陆地生态系统包括了除热带荒漠和红树林以外的所有类型。多年来，由于森林的大面积破坏和草场的过度放牧，陆地生态系统的多样性收到了较大的威胁，其中最为显著的是西双版纳的热带雨林。西双版纳的原始森林面积50年代初期有105.5万公顷，80年代初期下降到55.1万公顷，平均以每年1.5万公顷的速度递减。热带雨林面积的不断缩小，使得热带雨林功能降低和生物多样性逐渐减少。森林的砍伐和大量人为活动造成的生境破坏，使珍稀野生动植物资源总量下降。犀鸟、长臂猿、懒猴等已经很少见；滇西北一带的红豆杉，由于其药用价值，已经成了“濒危”物种；具有观赏价值的兰花，由于过度开采，资源量急剧下降。现如今，虽然云南省开始采取一系列的保护措施，但是奈何自然保护区关乎水平较低，基础设施和设备严重不足，仅有的设备大多集中于国家级自然保护区。自然保护区的建设普遍存在批而不建、建而不管的现象。三、湖泊富营养化严重云南省是高原湖泊集中分布的省区，全省面积在100公顷以上的湖泊有37个，总面积10.13万公顷，径流面积约90万公顷，总蓄水量近300亿立方米。全省湖泊以有机污染为主，部分湖泊富营养化突出。2005年，全省开展水质监测的53个湖泊、水库中，Ⅰ~Ⅱ类水质占39.7%，Ⅲ类占20.7%，Ⅳ类占17.0%，Ⅴ类占13.2%，劣Ⅴ类占9.4%。全省湖泊水质总体为轻度污染。53个湖泊、水库中，有25个水质达到水环境功能要求，占总数的47.2%。湖泊的富营养化，导致高等水生生物种类组成日趋单一化，浮游生物种类的数量逐年增加，使水生生态系统失衡、水生生物多样性破坏，水华暴发频繁，特有土著鱼种及敏感植物种群逐年减少，有的甚至灭绝。四、自然灾害频繁云南省复杂的地质条件为滑坡、泥石流等地质灾害的形成提供了条件。全省有较大规模的活动断裂38条，其中深大断裂有红河、小江和澜沧江、怒江等断裂带。深大断裂强烈活动形成宽大的岩石破碎带，为滑坡泥石流的形成造就了丰富的物质来源。雨季的降水量占全年总降水量的84.2%。大量集中的降水，加之特殊的地形地质条件，在土壤表面有效覆盖少的情况下，极易造成山体土壤被冲刷，为滑坡泥石流的形成提供了水动力条件。特殊的自然环境，造成了云南自然灾害的多样性，有洪水漫溢造成淹没两岸河谷阶地的洪水灾害；有因暴雨引起的山洪及触发的滑坡和泥石流灾害；有因河道防洪标准低，洪水泛滥或堤防溃决造成的严重危害；有的坝区因引洪能力不足，造成的洪涝灾害；也有因洪水冲刷，造成的水土流失灾害等。五、农村面源污染加剧云南省地处边疆省区，农业生产技术和土地生产力低下，农药、化肥和农用地膜等农用化学品使用量大。农药、化肥和农用地膜的使用在促进农业增产，推进农业现代化建设的同时，也给农村生态环境带来了严重的负面影响。不仅造成土壤板结，有机质含量下降，农田生态失衡，农业有害生物猖獗危害，使土地综合生产能力不断下降，而且妨碍了蔬菜“绿色”品牌创立和农业生产的可持续发展。来自农村的面源污染使全省六大将河水系、湖泊、水库以及部分地区地下水受到不同程度的污染，农村面源污染负荷逐年增加，成为湖泊富营养化的主要污染源。六、建设项目的生态恢复滞后云南省矿产资源丰富，但矿产资源开采生态恢复管理滞后，造成了矿区植被破坏和土壤、水源、空气污染；弃渣等堆放占地及水土流失造成了地质灾害的隐患和斜坡稳定性下降，使本来就很严重的滑坡、泥石流等地质灾害进一步加剧。由于治理恢复的速率远远落后于矿区破坏动物速率，矿区生态环境、地质环境整体呈恶化趋势。近年来，公路、水电建设项目较多，发展较快，一些项目的生态保护措施未得到有效落实，监督管理不到位，致使大量植被被毁，水土流失加剧，加大了对建设区生态环境的破坏。七、土地退化加速云南省是多山省区，土壤较为贫瘠，是全国水土流失严重的省份之一。云南省又是大江大河的上游地区，水土保持对维系云南省、长江流域、珠江流域的生态安全和经济建设极为重要。随着人口增加，对土地的需求量不断增长。由于山高坡陡，农业生产技术落后，“刀耕火种、沦陷种植、广种薄收”的粗放耕作生产方式导致了大量的毁林开荒，造成较为严重的水土流失，土壤的丧失使土地不断贫瘠化致使粮食产量低，又导致新一轮的毁林开荒，使许多贫困山区陷入开垦——水土流失——土地贫瘠化——再开垦的恶性循环。石漠化是土地退化的问题之一。云南省34.91%的国土是对石漠化敏感的区域，在这些区域中，除滇西北地区外，石漠化敏感地区同时又是人口较为密集的地区，特别是在镇雄、彝良、西畴、富宁、广南、砚山6县，人多地少，土地垦殖强度大，多度的土地垦殖和土地利用不当极易带来严重的石漠化。目前，这些地区的石漠化已严重地威胁着区域的生态安全及人民的生产生活。