PC12中科大并行计算教学

十二、并行程序设计基础国家高性能计算中心（合肥）22020/1/10并行程序设计基础12.1并行程序设计概述12.2进程12.3线程12.4同步12.5通信12.6并行程序设计模型国家高性能计算中心（合肥）32020/1/10并行程序设计概述1并行程序设计难的原因2并行语言的构造方法3并行性问题4交互/通信问题5五种并行编程风范6计算圆周率的样本程序国家高性能计算中心（合肥）42020/1/101并行程序设计难的原因技术先行,缺乏理论指导程序的语法/语义复杂,需要用户自已处理任务/数据的划分/分配数据交换同步和互斥性能平衡并行语言缺乏代可扩展和异构可扩展,程序移植困难,重写代码难度太大环境和工具缺乏较长的生长期,缺乏代可扩展和异构可扩展国家高性能计算中心（合肥）52020/1/102并行语言的构造方法串行代码段for(i=0;iN;i++)A[i]=b[i]*b[i+1];for(i=0;iN;i++)c[i]=A[i]+A[i+1];(a)使用库例程构造并行程序id=my_process_id();p=number_of_processes();for(i=id;iN;i=i+p)A[i]=b[i]*b[i+1];barrier();for(i=id;iN;i=i+p)c[i]=A[i]+A[i+1];例子:MPI,PVM,Pthreads(b)扩展串行语言my_process_id,number_of_processes(),andbarrier()A(0:N-1)=b(0:N-1)*b(1:N)c=A(0:N-1)+A(1:N)例子:Fortran90(c)加编译注释构造并行程序的方法#pragmaparallel#pragmashared(A,b,c)#pragmalocal(i){#pragmapforiterate(i=0;N;1)for(i=0;iN;i++)A[i]=b[i]*b[i+1];#pragmasynchronize#pragmapforiterate(i=0;N;1)for(i=0;iN;i++)c[i]=A[i]+A[i+1];}例子：SGIpowerC国家高性能计算中心（合肥）62020/1/10方法实例优点缺点库例程MPI,PVM易于实现,不需要新编译器无编译器检查,分析和优化扩展Fortran90允许编译器检查、分析和优化实现困难,需要新编译器编译器注释SGIpowerC,HPF介于库例程和扩展方法之间,在串行平台上不起作用.三种并行语言构造方法比较2并行语言的构造方法国家高性能计算中心（合肥）72020/1/103并行性问题3.1进程的同构性SIMD:所有进程在同一时间执行相同的指令MIMD:各个进程在同一时间可以执行不同的指令SPMD:各个进程是同构的，多个进程对不同的数据执行相同的代码(一般是数据并行的同义语)常对应并行循环，数据并行结构，单代码MPMD:各个进程是异构的，多个进程执行不同的代码（一般是任务并行，或功能并行，或控制并行的同义语）常对应并行块，多代码要为有1000个处理器的计算机编写一个完全异构的并行程序是很困难的国家高性能计算中心（合肥）82020/1/10并行块parbeginS1S2S3…….SnparendS1S2S3…….Sn可以是不同的代码并行循环:当并行块中所有进程共享相同代码时parbeginS1S2S3…….SnparendS1S2S3…….Sn是相同代码简化为parfor(i=1;i=n,i++)S(i)进程的同构性3并行性问题国家高性能计算中心（合肥）92020/1/10用单代码方法说明SPMD要说明以下SPMD程序:parfor(i=0;i=N,i++)foo(i)用户需写一个以下程序:pid=my_process_id();numproc=number_of_processes();parfor(i=pid;i=N,i=i+numproc)foo(i)此程序经编译后生成可执行程序A,用shell脚本将它加载到N个处理结点上:runA–numnodesNSPMD程序的构造方法用数据并行程序的构造方法要说明以下SPMD程序:parfor(i=0;i=N,i++){C[i]=A[i]+B[i];}用户可用一条数据赋值语句:C=A+B或forall(i=1,N)C[i]=A[i]+B[i]进程的同构性3并行性问题国家高性能计算中心（合肥）102020/1/10用SPMD伪造MPMD要说明以下MPMD程序:parbeginS1S2S3parend可以用以下SPMD程序:parfor(i=0;i3,i++){if(i=0)S1if(i=1)S2if(i=2)S3}因此,对于可扩展并行机来说,只要支持SPMD就足够了MPMD程序的构造方法用多代码方法说明MPMD对不提供并行块或并行循环的语言要说明以下MPMD程序:parbeginS1S2S3parend用户需写3个程序,分别编译生成3个可执行程序S1S2S3,用shell脚本将它们加载到3个处理结点上:runS1onnode1runS2onnode1runS3onnode1S1,S2和S3是顺序语言程序加上进行交互的库调用.进程的同构性3并行性问题国家高性能计算中心（合肥）112020/1/103.2静态和动态并行性程序的结构:由它的组成部分构成程序的方法静态并行性的例子:parbeginP,Q,Rparend其中P,Q,R是静态的动态并行性的例子:while(C0)beginfork(foo(C));C:=boo(C);end3并行性问题静态并行性:程序的结构以及进程的个数在运行之前(如编译时,连接时或加载时)就可确定,就认为该程序具有静态并行性.动态并行性:否则就认为该程序具有动态并行性.即意味着进程要在运行时创建和终止国家高性能计算中心（合肥）122020/1/10ProcessA:beginZ:=1fork(B);T:=foo(3);endProcessB:beginfork(C);X:=foo(Z);join(C);output(X+Y);endProcessC:beginY:=foo(Z);end开发动态并行性的一般方法:Fork/Join静态和动态并行性3并行性问题Fork:派生一个子进程Join:强制父进程等待子进程国家高性能计算中心（合肥）132020/1/103.3进程编组目的:支持进程间的交互,常把需要交互的进程调度在同一组中一个进程组成员由：组标识符+成员序号唯一确定.3.4划分与分配原则:使系统大部分时间忙于计算,而不是闲置或忙于交互;同时不牺牲并行性(度).划分:切割数据和工作负载分配：将划分好的数据和工作负载映射到计算结点(处理器)上分配方式显式分配:由用户指定数据和负载如何加载隐式分配：由编译器和运行时支持系统决定就近分配原则：进程所需的数据靠近使用它的进程代码3并行性问题国家高性能计算中心（合肥）142020/1/10并行度(DegreeofParallelism,DOP):同时执行的分进程数.并行粒度(Granularity):两次并行或交互操作之间所执行的计算负载.指令级并行块级并行进程级并行任务级并行并行度与并行粒度大小常互为倒数:增大粒度会减小并行度.增加并行度会增加系统(同步)开销3并行性问题国家高性能计算中心（合肥）152020/1/104交互／通信问题交互：进程间的相互影响4.1交互的类型通信：两个或多个进程间传送数的操作通信方式：共享变量父进程传给子进程(参数传递方式)消息传递国家高性能计算中心（合肥）162020/1/10同步：导致进程间相互等待或继续执行的操作同步方式:原子同步控制同步(路障,临界区)数据同步(锁,条件临界区,监控程序,事件)例子:原子同步parfor(i:=1;in;i++){atomic{x:=x+1;y:=y-1}}路障同步parfor(i:=1;in;i++){PibarrierQi}临界区parfor(i:=1;in;i++){critical{x:=x+1;y:=y+1}}数据同步(信号量同步)parfor(i:=1;in;i++){lock(S);x:=x+1;y:=y-1;unlock(S)}4交互／通信问题国家高性能计算中心（合肥）172020/1/10聚集(aggregation)：用一串超步将各分进程计算所得的部分结果合并为一个完整的结果,每个超步包含一个短的计算和一个简单的通信或/和同步.聚集方式:归约扫描交互的类型4交互／通信问题例子:计算两个向量的内积parfor(i:=1;in;i++){X[i]:=A[i]*B[i]inner_product:=aggregate_sum(X[i]);}国家高性能计算中心（合肥）182020/1/104.2交互的方式4交互／通信问题交互代码C……P1P2Pn相对于交互代码C,可对进程P定义如下状态:到达(arrived):P刚到达C,但还未进入在内(in):P在代码中完成(finished):P刚完成执行代码C,但还未离开在外(out):P不在代码中(未到达或已离开)同步的交互:所有参与者同时到达并执行交互代码C异步的交互:进程到达C后,不必等待其它进程到达即可执行C国家高性能计算中心（合肥）192020/1/10入口条件出口条件当事进程状态其它进程状态当事进程状态其它进程状态交互方式到达(arrived)到达(arrived)完成(finished)完成(finished)同步发送/接收到达(arrived)×完成(finished)×锁定发送到达(arrived)×完成(finished)完成(finished)锁定接收到达(arrived)×在内(in)×非锁定发送/接收到达(arrived)到达(arrived)完成(finished)在内(in)或完成(finished)路障到达(arrived)在外(out)完成(finished)在外(out)临界区交互方式与入口/出口条件的组合4交互／通信问题锁定的发送:消息已发完,但不一定已收到锁定的接收:消息已收到非锁定的发/收:只是发出发/收的请求国家高性能计算中心（合肥）202020/1/104.3交互的模式按交互模式是否能在编译时确定分为:静态的动态的按有多少发送者和接收者参与通信分为一对一:点到点(pointtopoint)一对多:广播(broadcast),播撒(scatter)多对一:收集(gather),归约(reduce)多对多:全交换(TatalExchange),扫描(scan),置换/移位(permutation/shift)4交互／通信问题国家高性能计算中心（合肥）212020/1/10135P1P2P3135,1P1P2P3135P1P2P31,13,15,1P1P2P31,3,5P1P2P31,3,535P1P2P3135P1P2P31,3,535P1P2P3(a)点对点(一对一):P1发送一个值给P3(b)广播(一对多):P1发送一个值给全体(c)播撒(一对多):P1向每个结点发送一个值(d)收集(多对一):P1从每个结点接收一个值4交互／通信问题国家高性能计算中心（合肥）222020/1/10135P1P2P31,53,15,3P1P2P31,2,34,5,67,8,9P1P2P31,4,72,5,83,6,9P1P2P3135P1P2P31,13,45,9P1P2P3135P1P2P31,935P1P2P3(e)全交换(多对多):每个结点向每个结点发送一个不同的消息(f)移位(置换,多对多):每个结点向下一个结点发送一个值并接收来自上一个结点的一个值.(g)归约(多对一):P1得到和1+3+5=9(h)扫描(多对多):P1得到1,P2得到1+3=4,P3得到1+3+5=94交互／通信问题国家高性能计算中心（合肥）232020/1/10相并行（Phase