R第一章R语言的及安装

R语言课程简介R是一个有着统计分析功能及强大作图功能的软件系统，是由奥克兰大学统计学系的Ross和Robert共同创立。R是主要用于统计分析、绘图的语言，通过对R语言的学习，将有助于未来的生物信息领域的学习。注意！R语言适合统计分析，不适合做文本分析，太慢！R语言与生物信息学生物信息学：运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析，确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。目前R语言是生物信息学常用的统计分析与绘图软件。课程特点与考核特点：应用性较强理论：R语言的基本命令授课方式：理论讲解、实例分析及操作课堂纪律：认真听讲、积极讨论、动手操作参考教材书籍R的官方网页拥有大量英文学习资源，百度上也拥有大量资源。课程内容第一章：R语言的下载及安装第二章：R语言的向量操作第三章：R语言的数值计算第四章：R语言的绘图第五章：R语言的基本统计学分析第一章：R语言的安装及调用§1.1R语言的下载及安装§1.2R语言的界面介绍(※)§1.3R语言的简单操作(▲)§1.1R语言的下载及安装首先R语言是免费的，下载地址为语言界面R语言命令提示符：在后面直接输入命令R界面虽然支持中文，但是不建议使用中文。因为R语言为英语开发，所以不会太支持中文。示例下表为某中学6个同学的体重，请计算其体重均值直接输入命令行：x1-c(50,49,45,40,45,46)ave-mean(x1)#结果[1]45.83333学生编号体重（kg）学生编号体重（kg）150440249545345646注意！R的一切操作符都必须为英文格式,在中文格式下输入会出错。如果该变量大家不想用了，想删掉，那么可以输入rm(x1);程序说明“#”为注释符号，一切#后面的命令均不执行，其作用是为了增强程序的可读性，方便反复使用时观看。“-”为赋值符号，相当于“=”R语言中常用“-”，而不是“=”，c()为连接函数，其内部数据表示向量，x1-c()表示用一组数据为变量赋值。mean表示均值函数。简单绘图x1-c(20,30,40,50,21,32,54,11,22,45);x2-c(10,15,23,45,67,42,32,12,34,21);plot(x1,x2)hist(x1)菜单栏介绍1、新建R脚本文件：1）可用于输入R代码2）直接执行代码2、打开R脚本文件：1）打开后缀为.R的文件3、显示文件内容：1）显示文件的内容，但是不可以进行编辑4、加载(保存)工作空间：*.RData格式文件，可以保存自己电脑正在运行中的环境(数据、代码、参数……)5、改变工作目录：为参数、图片、文件等默认保存地址。修改方式：1、直接通过菜单栏进行修改。2、setwd(“D:/space”)或者setwd(“D:\\space”)。获取工作目录方式：getwd()R包的安装R包是R语言的功能之根本，我们常用的函数均源于基础R包，而且R包还可以自行编写，功能强大，如果自己做出一个功能十分强大，而且适用范围广泛的R包，还可以发文章，供大家使用。安装方法1、命令行：install.packages(“R包名字”)，R包识别大小写，切勿写错。2、使用快捷菜单安装：程序包-安装程序包-选择镜像(随便选，只是下载站点)-选择安装的R包。3、从网站下载R包，程序包-从本地zip文件安装程序包。如果没有找到R包怎么办呢？这可能是由于R包不存在于默认包库中，默认库为CRAN，所以我们可以将库设置为BioCsoftware，设置位置在程序包菜单栏下面。Windows下升级R，但不想重装packages？在其他目录下安装R，再将旧版本保留的library目录下的文件拷贝至新版本library目录下，然后update.packages()；或卸载R，把R装到旧的目录下，然后update.packages()包的调用通常情况下，R包在安装完以后不能直接调用其函数，需要使用命令library(包名)进行调用，然后在使用其中的命令。示例library(mgcv)y-c(rep(1,10),rep(0,20),rep(1,40),rep(0,10),rep(1,40),rep(0,40))x-1:160b-glm(y~x,family=binomial)par(mfrow=c(2,2))qq.gam(b)qq.gam(b,rep=50,level=1)R函数帮助help(qq.gam)help(“qq.gam”)？qq.gam输入以上任意一条命令均可以出现对该函数的介绍，其中有示例，我们可以通过示例进行简单的函数操作。如何知道目前加载了哪些包？search();如何知道目前安装了哪些包？.packages(all.available=TRUE)课堂练习1、下载R3.2.2以及2.15.3并且安装2、建立R脚本文件，将代码x1-c(50,49,45,40,45,46)ave-mean(x1)写入文本，并保存成exam1.R并运行。3、尝试修改工作目录到D盘。4、加载foreign包。5、通过镜像下载RODBC包，使用命令行下载survival包(查询survival包)。6、查看qq.gam()的功能并且分析参数(如果示例中包含其他未知参数继续查)。把qq.gam()的功能和描述做成一个word，其中包括各种参数说明，并且附上一个示例，然后说明该示例每个函数的意思。谢谢！