搜索
Windows环境下HMMER3.0使用经典案例作者：hefuxin，创建时间：2016.01.251.HMMER3.0下载与安装1.1下载地址下载后解压缩于D:\ProgramFiles\HMMER，即可启动cmd命令转到D:\ProgramFiles\HMMER下即可使用2.多序列比对使用HMMbuild获得HMM模型2.1下载同一家族蛋白氨基酸序列（本文以PR1为例），保存于pr1.fas2.2使用clustalX2进行多序列比对，输出文件格式为fasta格式，输出结果为pr1ali.fasta2.3使用在线格式转换工具，将多重序列比对文件格式转换为HMM识别格式在线工具网址为即将fasta格式转为Stockholm格式，输出文件为pr1ali.stockholm2.4通过HMMbuild将文件pr1ali.stockholm转换成隐马尔科夫模型文件pr1ali.hmm，建立PR1蛋白的隐马尔科夫模型将pr1ali.stockholm复制至D:\ProgramFiles\HMMER，运行cmd，转到D:\ProgramFiles\HMMER文件夹下，运行命令为hmmbuildpr1ali.hmmpr1ali.stockholm。运行结果如图1图1蛋白家族隐马尔科夫模型的建立3.通过HMMsearch用已建立的HMM文件对蛋白数据库中的蛋白家族进行预测3.1利用已建立的PR1家族的HMM文件，预测白菜基因组蛋白数据库中PR1蛋白序列3.2白菜基因组蛋白数据库下载，及白菜中PR1蛋白预测。下载地址为，解压缩至D:\ProgramFiles\HMMER，形成数据库文件protein.fa。运行cmd，转到D:\ProgramFiles\HMMER文件夹下，运行命令为hmmsearchpr1ali.hmmprotein.fapr1ingenome.out，运行结束在D:\ProgramFiles\HMMER下形成结果文件pr1ingenome.out，可以使用记事本或者excel打开查看，进行分析，结果如图2。图2利用建立的隐马尔科夫模型（HMM文件）预测数据库相应蛋白序列4.参考文献百度文库：实习四：多序列比对(Multiplealignment)上传bywywd12315博耘生物-hmmer的安装与使用：=1753官方文档手册（pdf）：生物秀：HMMER学习笔记：