常用生物软件列表

《生物信息学札记》樊龙江附录：序列分析软件目录*此目录包括了一些通用序列分析软件，部分专业性较强的软件及网站可参阅书中相应章节(一)商品化的序列分析软件名称用途出处Ball&Stick有关Macintosh微机的分子图像显示，打印及其他操作;通过ftp.bio.indiana.edu可演示相关信息CherwellScientificPublishing27ParkEndStreetOxford，OX11HU，UKChemDrawChem3D二维和三维化学结构的排版，对于杂志上的制图及分子结构的图示特别有用CambridgeScientificComputing875MassachusettsAve.，Suite61Cambridge，MA02139DNAStrider一套简单有用的Macintosh序列分析程序，可进行限制酶作图，或根据DNA序列作环状质粒图ChristianMarckServicedeBiochimie—Bat142Centerd'EtudesNucleairesdeSaclay91191Gif-sur-YvetteCedexFranceEUGENE&SAM用于SunMicrosystems系统SPARC工作站的多用途核酸蛋白质分析软件包，包括用于序列检索的FASTA，还可对DNA和蛋白质数据库快速进行关键词检索LarkSequeneingTechnologies9545KatyFreeway，Suite200Houston，TX77024GCG包括核酸蛋白质序列分析、测序计划管理、数据库检索、RNA折叠、蛋白质二级结构预测、序列基序的推出及检索等程序的软件包，用于VMS及UNIX多用户系统GeneticsComputerGroupUniversityResearchPark575ScienceDrive，SuiteBMadison，WI53711GeneConstructionKitDNAInspector与大多数分析软件不同，它管理产显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图(有序列没序列均可)。涉及展示工具DNAInspector是Macintosh的基本分析程序带演示盘Textco27GilsonRoadWestLebanon，NH03784,可在下载GENEPRODOS系统的全套序列分析软件，包括核RiversideScientific198《生物信息学札记》樊龙江酸及氨基酸分析，可从软盘上检索GenBank、EMBLDNA数据库或PIR、SWISS-PROT蛋白质数据库，带演示盘Enterprises15705PointMonroeDriveN．E．BainbridgeIsland，WA98110HIBIODNASISPROSISDOS系统的全套DNA和蛋白质分析软件，包括限制酶谱分析，二级结构预测、测序计划管理、可支持数字化仪和语声合成仪，可通过CD-ROM光盘驱动器进行数据库检索HitachiSoftwareEngineeringAmericaComputeDivision1111BayhillDrive，Suite395SanBruno，CA94066IntelligeneticsSuitePCGeneGeneWorks多功能序列分析软件包，IntelligenetisSuite适用于VMSSun和Microsystem系统；PCGene适用于DOS系统；而GeneWorks适用于MacintoshIntelligenetics700EastE1CaminoRealMountainView，CA94040LaserGeneProtean优秀的核酸及氨基酸序列分析软件包，适用于DOS及Macintosh计算机；带有序列比较和比对、笔记和分析、测序计划管理、限制酶谱分析和限制酶谱作图，以及数据库检索程序，带演示盘DNAStar，Inc.1228SouthParkStreetMadison，WI53715MacMolly适用于Macintosh的较好的基本序列分析软件包SoftGeneBerlinOffenbacherStr5，D-100Berlin，33GermanyMacVector适用于Macintosh的全套软件包，包括限制酶谱显示，序列比较及通过硬盘或CD-ROM光盘驱动器进行数据库检索，蛋白质二级结构分析InternationalBiotechnologiesP．O．Box9558NewHaven，CT06535PearsonSequenceAnalysisPackageFASTA适用于UINX、VMS、Macintosh和DOS系统的序列分析软件，可进行数据库快速检索，可贮存于硬盘或CD-ROM光盘WilliamR．PearsonDepartmentofBiochemistryBox440JordanHallUniversityofVirginiaCharlottesville，VA22908PlasmidArtist适用于Macintosh，可制作适于出版用的高质量限制酶图谱ClontechLaboratory4030FabianWayPaloAlto，CA94303Pro-RFLP适用于Macintosh及DOS系统的凝胶分析软件，可与扫描仪或电视摄像仪联用。可提供校准建立未知序列的数据库、检索与未知序列相配的序列等功能，并带有完备的打印输出功能DNAProScanInc．P．O．Box12185Nashville，TN37212199《生物信息学札记》樊龙江RodgerStadenPrograms数种序列组装及分析软件、全套UINX分析软件包，其功能包括可分析从ABI自动测序仪上输出的荧光追踪记录RodgerStadenMRCLabofMolecularBiologyHillsRoadCambridge，EnglandCB22QHSequencher适用于Macintosh的测序支持软件，包括筛选载体、寻找开放读框、翻译、限制酶谱等，以及与荧光测序仪相联的接口GeneCodesCorporation2901HubbardRoadAnnArbor，MI48105XQSALIGNPSQNAQATLAS数据库管理和检索软件，其特点是可以在VMS系统中进行极快及较为弹性的关键词检索NationalBiomedicalResearchFoundationGeorgetownUniversity，MedicalCenter3900ResearchRoad，N．W．Washington，DC20007(二)免费的序列分析软件名称说明出处Amplify用于PCR实验的辅助设计，分析甚至模拟FTP：sumex-aim.stanford.eduAnnHybAnnHyb2.2是设计PCR引物和DNA探针的辅助软件蛋白分析软件，可以提供一些物化参数，二级结构预测，可以找出a-helix，b-sheet等区域，同源性比较等电泳条带定量分析软件，有扫描仪将拍下来的照片扫进计算机，然后就可以用本软件操作进行分析ＢinHex4.0用于对FTP文件及从邮件发送中心收取的文件进行解码的必需软件，适用于Macintosh可从大多数FTP发送中心取得，但从同事手中复制一份也许最简便BLAST超快速数据库检索程序，适用于UNIX及VMS的C源程序FTP：ncbi.nlm.nih.govEM：[e-mail]来自北卡大学(UniversityofNorthCarolina)ChapelHill分校的以表格为基础的检索和设计提取程序《生物信息学札记》樊龙江BLOCKSSearch通过万维网()交付设计并与BLOCKS数据库中高度保守的蛋白质序列区段比较的一种以表格为基础的程序可制作符合出版要求的序列比对图，在所得的PostScript格式输出结果中，相似的序列区段带有阴影EM：[e-mail]观看模拟有机生物分子3D立体结构的软件和NETSCAPE插件，安装后，可以直接用浏览器观看PDB格式的文件，直接在浏览器中看3D分子进行多重序列比对并制作系统进化发育树，可适用于DOS、Macintosh、UNIX和VMSFTP：ftp.bio.indiana.eduFTP：ch.embnet.orgCovariationHyperCard组合程序，可分析一组比对序列，帮助识别共同变化的位点(即RNA分子战火两个或多个共同进化的位点)FTP：ftp.bio.indiana.eduCyrillic遗传族谱分析适用于Macintosh的出色的病毒检测和清除软件FTP：ftp.acns.nwu.eduFTP：sumex-aim.stanford.eduDNAClubDNAClub是对DNA进行与PCR有关操作的一个简单软件。它的功能有：1、输入DNA序列；2、查找ORF序列；3、把DNA翻译成蛋白序列；4、查找酶切位点；5、查找PCR引物序列对排列过的DNA多序列进行基因多态性分析的软件综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、蛋白质，与DOS下的PCGENE、windows下的Omiga属同一类的软件带完全功能(没有打印功能)的一个功能较强的核酸处理软件并带有部分蛋白分析功能与Omiga、DNAsis、PC/Gene等软件属于同一类的综合性软件，操作简单功能多《生物信息学札记》樊龙江Entrez可用于接通MEDLINE文献数据库中的遗传学和分子生物学子库，适用于Macintosh、Windows、UNIX和VMS，必需以所用计算机为单位向NCBI办理登记，但可免费办理登记手续FTP：ncbi.nlm.nih.gov:5700Entrez/index.htmlEnzymeKineticsHyperCard组合程序，可分析酶动力学实验数据并作图FTP：ftp.bio