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我国宏观税负存在的结构性偏差从宏观上看，一国税负结构是否合理或优化是基于以下几个方面因素决定的：一是税种设置与经济发展水平、经济结构相适应。二是税种的搭配能够充分的发挥税收的功能。三是具有税收属性的收入都能以税的形式征收，而不是长期游离于税收体系外。四是税收收入与非税收入保持恰当的比重。我国宏观税负在结构上存在以下问题：（一）在税种构成上，流转税税负偏重，所得税税负偏低。一是流转税比重大，所得税比重小。以2007年为例，含进口环节增值税和消费税的流转税占税收收入的61.8%，所得税为26.2%.流转税比重较大，在流转税中，税收又过度依赖增值税。虽然我国目前还不具备发达国家所得税居主体地位的税收环境，但目前的税收构成离双主体并重税制结构要求还存在较大差距。最近几年，我国所得税占总税收和GDP的比重有较快发展，个人所得税比重也在逐步提升。但是，流转税在税制中的主体地位仍远未被撼动，宏观税负的重心仍然是落在全社会所有消费者的消费支出上，限制了税收公平作用的发挥。二是增值税名义税负低，实际税负重。从税制设计的税负水平看，我国名义税负水平不算太高，与大多数国家同类税种的名义税负相比略高。由于我国实行生产型增值税，固定资产投资不能抵扣，换算成可比口径即消费型增值税，税率高达23%.而欧洲等其他国家增值税税率大多在20%以下，明显低于我国增值税税率。三是个人所得税名义税负重，实际比重低，税负公平性差。2007年我国征收个人所得税3185.54亿元，占GDP的1.29%.据世界银行统计，个人所得税占GDP的比重低收入国家为3%，中等收入国家为5%～6%，高收入国家为11.5%.我国当前个人所得税水平与国际相差悬殊。由于我国个人所得税采用分类所得课征，对个人和家庭综合负税能力的界定不细化，不精确，并且个人所得税的边际税率过高，让人觉得税负偏重，也使个人所得税公平收入分配的功能发挥的不够。（二）行业宏观税负不合理影响了产业结构的调整。基于产业政策的考虑，受税种差异和税率水平差异的影响，不同产业和行业客观上具有不同的税负，不同行业的收益率由此影响了产业结构的调整。我国近年来多数行业宏观税负呈上升趋势。其中食品制造业由于受烟、酒行业平均利润较高，导致行业税负高属比较正常外，资源型、生产型行业中的煤焦气及石油加工业、机械、电气、化工行业等税负水平高于我国平均宏观税负水平，表明从宏观税负上看对传统制造业依赖性较强。受地方财政利益的影响，地方政府也会在投资等方面对这类行业有所偏重。资源型产业往往是其他轻工业制造以及高新技术产业的上游产业，其税负高低直接影响其下游产业的增加值。（三）增值税和企业所得税制度设计依然存在税负差别待遇。我国实行的生产型增值税，对外购固定资产所含税款不予扣除，造成有机构成比较高的资本密集型产业和人力资源投资较大的知识密集型产业的实际税负相对较高，不利于调整和优化产业结构。新的企业所得税法实施后，所得税将实行“产业优惠为主，区域优惠为辅”的新税收优惠体系。但是，税收优惠以企业为主而不是以具体项目为对象的优惠方式，依然存在优惠针对性不强的缺陷，对高新技术企业的认定标准和认定过程，容易受到政府行政干预，而非高新技术企业的有利于技术进步的项目和行为难以享受税收优惠。税负差别待遇的存在依然形成不利于企业公平竞争的因素。