生物医学信息资源及其检索

Internet生物医学信息资源及其检索主要内容1.生物医学数据库:Pubmed2.搜索引擎:google1.PubMed主要内容1.1PubMed概况1.2PubMed数据来源1.3PubMed检索机制1.4PubMed检索运算符1.5PubMed检索方法1.6结果的显示、保存1.7其他辅助功能1.1PubMed概况创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)1997年6月开始向全球开放特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。与Medline光盘数据库的区别：检索机制、检索界面、检索方法以及收录文献数量不同。1.2PubMed数据来源MEDLINE：[pubmed-indexedformedline]InProcessCitations：每天收录，尚未经规范处理的数据。[pubmed-inprocess]Publisher-SuppliedCitations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有[PubMed-assuppliedbyPublisher]。自动转换匹配功能(AutomaticTermMapping)对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：MeSH表(MeSHTranslationTable)、期刊刊名表(JournalTranslationTable)、短语表(Phraselist)、作者索引(AuthorIndex)。如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。1.3PubMed检索机制短语检索(PhraseSearching)也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组进行检索，可用双引号“”将其引起来。如：“drugtherapy”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。1.3PubMed检索机制1.4PubMed检索运算符逻辑运算符：逻辑与：AND，逻辑或：OR，逻辑非：NOT。当一个检索表达式中同时含有三个运算符时，运算顺序从左至右，括号可以改变运算顺序。截词符：*，一个词或字拼写出部分字母后面加上一个截词符，chem*表示用词根进行检索。双引号：“”，表示对引号中的短语进行检索。检索字段标识符：[tag]，tag为字段名称。[ti]，[au]，[ta]，[la]，[pt]。常用字段组成标识符字段名称中文释义TITitle题目AUAuthor作者ADAffiliation作者单位ABAbstract文摘DPPublicationDate出版日期TAJournalTitleAbbreviation刊名缩写MHMeSHTerms主题词PTPublicationType出版类型IP地址：检索方法1.5.1基本检索1.5.2高级检索1.5.3主题检索1.5.4其他辅助检索1.5.1基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊关键词、词(词组)或短语：⑴输入任意关键词：livercancer、Lungcancer；⑵带有双引号””作为短语检索：”cancertherapy”；⑶带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如livercancer[ti]作者：SmithJ、Smith[au]2002年以后的文献如果作者有全称，可用全称1.5.1基本检索期刊刊名：⑴可用期刊全称：GENETHERAPY[TA]；⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(TheJournaloftheAmericanMedicalAssociation)⑶刊名中含有特殊字符，如[]、&等，要去掉：如JHANDSURG[AM]输入时要写成JHANDSURGAM截词：chemo*复杂表达式：livercancerANDtherapy带有摘要文献的检索：livercancerANDhasabstract1.5.1基本检索分析该检索课题，包含两个方面：肝癌：livercancer；治疗：therapy两个主题之间的逻辑关系是AND，即livercancerANDtherapy基本检索举例1：肝癌的治疗分析该检索课题，包含两个方面：作者为：马大龙（madl）；作者单位为：北京大学（pekinguniversity[ad]）。基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献我们分别得到了两个检索结果：作者为：马大龙（madl）的检索结果；作者单位为：北京大学（pekinguniversity[ad]）的检索结果。现在我们要利用检索史把这两个检索结果用AND组合起来。基本检索举例2：北京大学医学部马大龙教授发表的文献1.5.2高级检索限制检索或条件检索：Limit(1)全文、摘要(2)动物、人类(3)文献类型：(4)语种：(5)数据库子集的限定：(6)年龄组：分析该课题，可知：主题为肝癌治疗，即livercancerandtherapy限制条件有两个：语种为英文（English）；文献类型为综述（Review）高级检索举例：原文为英文的肝癌治疗方面的综述文献1.5.3主题检索根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSHDatabase打开主题检索界面1.5.3主题检索主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献分析该检索课题，有两个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeuticuse）”；对白血病来说是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drugtherapy）”。同时这两个概念之间是AND的关系。主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法我们通过两个主题检索分别得到了：“长春新碱/治疗应用”的检索结果“白血病/药物疗法”的检索结果下面我们要把这两个检索结果用AND组合起来，就需要用到检索史主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献1.5.5.1文献匹配器1.5.5.2临床咨询和系统评价1.5.4其他辅助检索1.5.4.1文献匹配器系统提供有两种用来查找特定文献的方式：单篇文献匹配器（SingleCitationMatcher）和多篇文献匹配器（BatchCitationMatcher）。如果要查找某一篇文献，点击单篇引文匹配器，输入刊名、日期、卷、期、页码、作者、题目中的一项或多项内容进行检索，系统返回文献记录结果。如果要同时查找多篇文献，则点击多篇引文匹配器，然后在输入框内分行输入每篇文献的查询项目。其中刊名为必需项，其他项目没有时可省略。单篇文献匹配器（SingleCitationMatcher）多篇文献匹配器（BatchCitationMatcher）输入格式1.5.4.2临床咨询和系统评价可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。1.5.4.2临床咨询和系统评价临床咨询1.5.4.2临床咨询和系统评价系统评价1.5.4.2临床咨询和系统评价检索医学遗传学研究方面的文献1.6结果的显示、保存显示保存1.6.1结果的显示显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下3种：（1）Summary：为默认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。1.6.1结果的显示1.6.1结果的显示保存记录在“sendto”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。1.6.2检索结果的保存1.6.2检索结果的保存1.7其他辅助功能1.7.1检索策略的存储和调用1.7.2全文链接1.7.3相关文献链接1.7.1检索策略的存储和调用使用MyNCBI(Cubby)首先要登记注册保存检索策略定期浏览新的检索结果1.7.2全文链接1.7.2全文链接1.7.3相关文献链接1.7.3相关文献链接2.Google主要内容2.1Google概况2.2Google检索语法2.3Google一般检索功能2.4Googlescholar2.1Google概况1998年由美国斯坦福大学的两位博士生LarryPage和SergeyBrin创立；Google由英文单词“googol”变化而来，表示“1”后面带有100个0的数字。搜索结果排序的核心技术是网页级别PageRankTM技术：根据网页被链接的次数来评定某一网页的重要性，决定排名次序；不仅可以搜索纯文本文件，还能查找ＰＤＦ、ＤＯＣ等文件格式，同时开发了图像检索功能。2.2Google检索语法基本检索语法高级检索语法基本检索语法Google搜索不区分英文字母大小写，所有的字母均当做小写处理；支持“*”：如：“肝*瘤”词组搜索：用引号自动and查询逻辑“或”的关系用“+”连接逻辑“非”的关系用“-”连接高级检索语法intitle:限制你搜索的网页标题；intitle:georgebushinurl:用于搜索网页上包含的URL，这个语法对寻找网页上的搜索,帮助之类的很有用。inurl:helpi