生物医学数据库系统

生物医学数据库系统网络网络生物医学数据库系统CNKI,VIPPUBMEDGATEWAYENTREZOVID中国知识基础设施工程，ChinaNationalKnowledgeInfrastructure，简称CNKI工程，是以实现全社会知识信息资源共享为目标的国家信息化重点工程，被国家科技部等五部委确定为“国家级重点新产品重中之重”项目。CNKI工程1995年开始启动，是牵动全社会知识信息资源共建共享的浩大信息化工程，广泛涉及全国传统出版物与非出版物、音像电子出版物资源的数字化建设与网络出版、全球互联网资源的专业化整合、多媒体教育教学资源库的研制、信息资源共享技术开发以及网络会议、网络教学等资源交互式应用系统的开发等有关产业、技术、经济、法律诸多领域。CNKI有中文科技期刊数据库、外文科技期刊数据库、中文科技期刊引文数据库及中国科技经济新闻数据库收录有中文期刊12000种,中文报纸1000种,外文期刊4000种,覆盖自然科学、社会科学、工程技术、医药卫生、教育研究、农业科学等各个科研领域。PubMedPubmed是NLM的国家生物技术信息中心(NCBI)开发，于97年5月推出，用于检索网上生物医学文献信息的检索软件。具有收录范围广，内容全，检索途径多，检索体系完备等特点。99年8月PubMed加入NCBI开发的Entrez通用浏览器，更换了检索界面。1、MDLINEWeb检索特点:免费提供题录和文摘可与提供原文的网址链接提供检索词自动转换匹配检索规范，操作简便一、PUBMED概况MEDLINEWeb(FREE)PubMed()InternetGratefulMed(BioMedNetEvaluatedMedline()HealthgateMedline()2、PubMed与MEDLINE的区别收录范围广：比MEDLINE收录的内容多，增加了AIDS、Bioethics等收录记录新：在MEDLINE数据标引前的最新题录文献类型全：提供电子原文链接（部分免费）AutomaticTermMapping自动转换匹配功能对于输入检索框中的检索词，Pubmed将按一定的词表顺序进行对照、匹配和转换，然后进行检索。顺序为：MeSH转换表、期刊刊名转换表、短语表、著者索引。如果在上述表中都找不到相匹配的词，Pubmed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上过程，各词间的关系是“AND”逻辑关系。3、检索原理4、PubMed页面的结构检索区检索库选择行（相关数据库链接）、检索行、检索辅助行检索提示区对各项检索功能的简单描述其它功能区Entrez简介、PubMed服务、特有检索、相关资源1、检索框中输入:–一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索)–著者姓名,姓在前,名在后,如:smithab–刊名可输全称，或MEDLINE认可的标准缩写形式–布尔逻辑运算式：(运算符须大写）如(hepatitisbORhepatitisc)ANDgene二、基本检索功能2、其它截词检索：treat*强迫短语检索：“brca1”（不再自动转换匹配和扩展检索）自动扩展检索系统自动对主题词、副主题词进行扩展检索，如：输入“hypertensiontherapy,系统自动将高血压的药物治疗、饮食疗法Limits（检索限制选择）字段限制：著者、刊名、篇名等数据输入时间：默认检索可回溯到1966年，限制选择30天-10年7种文献类型限制：7种语种：12种子文档：(01年新增2种SpaceLifeSciencesandBioethics）3、检索辅助行Previw/index（检索策略预览）浏览检索式改变检索式可用逻辑算符组配浏览索引（index）Index（索引字顺表）选择限制字段输入检索词（词根）在字顺表中选择检索词选用逻辑算符建立检索式点击GOHistory（检索史）检索式回顾编辑检索式如#3ANDchild修改检索策略1.检索框中随时修改2.“Limit”、“Preview/index”、“History”“Details”功能键实现。4、检索结果输出显示检索结果保存检索结果保存检索策略打印检索结果显示格式选择（Display)Summary:著者、标题、来源期刊、记录性质、年、卷、期、页、相关文献链接。Abstract:显示除上述内容外，加摘要、著者单位、语种等字段。MEDLINE:Medline数据库全记录形式Brief:仅有第一著者、篇名、顺序号Clipboard（剪贴板）（Clip)允许存储500条题录(01年增加到1000条）选中题录（或文摘）点击clipAdd多项检索后一起保存保存检索结果Clipboard（剪贴板）（Clip)允许存储500条题录(01年增加到1000条）选中题录（或文摘）点击clipAdd多项检索后一起保存三、其它检索功能MeSHDatabase：主题词数据库ClinicalQueries：临床咨询JournalDatabase：期刊数据库CitationMatcher：引文匹配器Cubby:小仓库1、MeSHDatabase功能：确定规范检索词查看词义注释、树状结构表Simpledisplay不能限定副主题词或进行其他修饰检索Detaileddisplay副主题词、扩展、主要主题词2、ClinicalQueries临床咨询治疗（therapy)研究范畴诊断(diagnosis)(Category)病因(etiology)预后(prognosis)强调程度灵敏度Sensitivity(Emphasis)专指度Specificity3、JournalDatabase期刊数据库了解某一期刊的详细内容或查找该期刊上发表的文章。可分别以期刊的全名或名称某个词、期刊名称在MEDLINE的缩写或ISSN号来检索；提供电子原文的超链键。。4、引文匹配器（CitationMatcher）输入题录信息，查找特定文献进行补缺。刊名要准确，缩写要标准著者姓名大小写不敏感如查找：TaiwanIHsuehHuiChih由ChangPY（taiwanyixuezazhi)撰写、1975发表文献的其他著者PubMed检索步骤1、进入PubMed检索界面2、首先使用“Limit”限制检索字段、年限、数据库、文献类型等3、选择检索途径:基本检索/高级检索/期刊/MeSH/临床咨询4、浏览、修改检索结果5、选择格式并下载检索如检索近二年有关乳腺癌（BreastCancer）治疗的文献分析课题，明确检索要求选择数据库---PubMed进行限制（Limit),时间，文献类型检索式：乳腺癌and治疗breastneoplasmsAND(drugtherapyORradiotherapyORtherapy)Nucleotide—核酸序列数据库（GenBank）BLAST—序列分析数据库Protein---蛋白质数据库Structure---大分子三维结构数据库Genome---基因组数据库Omim---孟德尔人类遗传数据库Tsxomomy---生物分类数据库PMC---期刊全文数据库（100+种）BOOKS---图书全文数据库（26本）附：ENTREZ的其它数据库检索实例（P158）1、利用Nucleotide(核酸序列数据库)检索人类血小板生长因子受体抗癌基因(pdgfhumanreceptor)的核酸序列报告。2、利用BLAST(序列分析数据库)查找pdgfhumanreceptor的类似序列。3、利用OMIM库查找ACTHdeficiency病的基因图谱NLMGATEWAY2000年10月16日正式向公众开放由国立ListerHill生物医学传播中心建立可以在一个界面上同时检索NLM的多个检索系统或数据库，如Pubmed/Medline,Medlineplus,Oldmedline,Dirline,Locatorplus等，内容涉及期刊论文、出版物信息、患者教育、会议文献等。Gateway检索方法默认主题检索，多个词自动以and组配，词组加引号字段限定检索，方括弧中注明字段缩写，如主题词[mh]，著者[au]，篇名[ti]主题途径，使用FindTerms，有规范主题词、选择副主题词、显示树状结构、进行扩展检索等功能其它：逻辑运算、限制功能提供检索服务的数据库期刊文献（JournalCitation）：Medline/Pubmed(1966—）Oldmedline(1958—1965)图书、连续出版物、声像资料目录（Books/Serials/Avs）：LOCATORplus患者教育（ConsumerHealth）：MEDLINEplus,DIRLINE会议摘要（MeetingAbstracts：AIDSMeetingsHealthServicesResearchMtgsSpaceLifeSciencesMeetings其它（OtherCollection）：HSRProj