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20种氨基酸脂肪侧链aliphaticside较大的氨基酸是疏水的氨基酸，它们在水中将簇合而不与水接触，可溶，但水溶性较差，脂溶性好。水溶性蛋白质三维结构的稳定性来自于蛋白质疏水氨基酸侧链簇合，即疏水效应。名称英文结构特性甘氨酸glycine/ˈɡlaɪˌsin,/无手性C丙氨酸alanine/ˈæləˌnin/颉氨酸valine/ˈvælˌin/大脂肪侧链亮氨酸leucine/ˈluˌsin/大脂肪侧链异亮氨酸isoleucine/ˌaɪsəˈluˌsin/大脂肪侧链甲硫氨酸methionine/meˈθaiəni:n/大脂肪侧链脯氨酸proline/ˈproˌlin/唯一成环氨基酸，氨基酸的侧链既与碳原子结合又与氨基N-原子结合，缺少H-bonddonor，无法形成α螺旋结构苯丙氨酸phenylalanine/ˌfɛnəlˈæləˌnin/侧链有芳香环,疏水氨基酸络氨酸tyrosine/ˈtaɪrəˌsin/色氨酸tryptophan/ˈtrɪptəˌfæn/丝氨酸serine/ˈsɛrˌin/苏氨酸threonine/ˈθriəˌnin/天冬酰胺asparagine/əˈspærəˌdʒin/谷氨酰胺glutamine/ˈɡlutəˌmin/半胱氨酸cysteine/sɪstəˌin/胱氨酸cystine/ˈsɪsˌtin/赖氨酸lysine/ˈlaɪˌsin/精氨酸arginine/ˈɑrdʒəˌnin/酪氨酸的芳香环有一个羟基。与其他氨基酸侧链呈化学惰性相比，酪氨酸的羟基有化学反应性，疏水性弱。吲哚基团替代丙氨酸侧链的氢原子。吲哚基团有的两个环融合在一起，一个环有NH基团。有NH故疏水性弱。侧链有极性但不带电荷。侧链有羟基与脂肪链相连。亲水，其反应活性比丙氨酸和颉氨酸大得多。侧链有极性但不带电荷。侧链有羟基与脂肪链相连。亲水，其反应活性比丙氨酸和颉氨酸大得多。有第二个不对称碳原子，但蛋白质的苏氨酸只有一种构型。极性但不带电荷。含酰胺的极性氨基酸极性但不带电荷。含酰胺的极性氨基酸极性不带电。结构上类似苏氨酸，但是用巯基替代了羟基。巯基比羟基活泼。一对巯基靠近可以形成二硫键，稳定蛋白质的结构。带电荷的氨基酸，高度亲水，侧链长，末端是氨基，在中性pH时侧链末端带正电荷。带电荷，高度亲水，侧链长，末端是胍基，在中性pH时侧链末端带正电荷。组氨酸histidine/ˈhɪstɪˌdin/天冬氨酸aspartate/ə'spɑ:teit/谷氨酸glutamate/ˈɡlutəˌmet/带电荷，高度亲水，侧链含有咪唑基，咪唑基是芳香环，也能被质子化后带正电荷。咪唑的pKa值接近于6，在中性pH附近的溶液中咪唑基既可以质子化也可以不带电荷，实际情况取决于咪唑基团所在的局部环境。组氨酸常在酶的活性中心。在酶促反应中咪唑环既可以结合质子，有可以释放质子。酸性氨酸。常被称为天冬氨酸盐，主要是强调在生理pH溶液中侧链基团解离，因此带负电荷。在有些蛋白质中这两种氨基酸的作用是接受质子，对蛋白质功能起重要作用。酸性氨酸。常被称为天冬氨酸盐，主要是强调在生理pH溶液中侧链基团解离，因此带负电荷。在有些蛋白质中这两种氨基酸的作用是接受质子，对蛋白质功能起重要作用。