蛋白质生物合成【生物化学课件】

蛋白质的生物合成生物化学与分子生物学教研室刘先俊背景环境分析一、概述以RNA中的mRNA为模板，将mRNA的碱基所组成的遗传密码转变为蛋白质分子中氨基酸的排列顺序，称为蛋白质的生物合成，也称为翻译（translation）。简言之，就是生物体以mRNA为模板合成蛋白质的过程。翻译过程中核酸的作用:背景环境分析背景环境分析二、蛋白质生物合成体系•基本原料：20种编码氨基酸•模板：mRNA•适配器：tRNA•装配机：核蛋白体•主要酶和蛋白质因子：氨基酰-tRNA合成酶、转肽酶、起始因子、延长因子、释放因子等•能源物质：ATP、GTP•无机离子：Mg2+、K+背景环境分析（一）mRNA是遗传信息的携带者mRNA来源、生物遗传信息储存于DNAmRNA分子中的碱基排列序列决定了蛋白质分子中的氨基酸排列顺序。mRNA中相邻的3个碱基代表一个氨基酸，三个相邻的碱基称为一组密码（coden），或称三联体密码。64组密码组成遗传密码表：起始密码：1组（AUG），兼作Met的密码终止密码：3组（UAA、UGA、UAG）61组密码编码20种α-氨基酸背景环境分析遗传密码表密码的第1位碱基(5’端）密码的第二位碱基密码的第3位碱基(3’端)UCAGUUUU苯丙氨酸UUC苯丙氨酸UUA亮氨酸UUG亮氨酸UCU丝氨酸UCC丝氨酸UGA丝氨酸UCG丝氨酸UAU酪氨酸UAC酪氨酸UAA终止密码UAG终止密码UGU半胱氨酸UGC半胱氨酸UGA终止密码UGG色氨酸UCAGCCUU亮氨酸CUC亮氨酸CUA亮氨酸CUG亮氨酸CCU脯氨酸CCC脯氨酸CCA脯氨酸CCG脯氨酸CAU组氨酸CAC组氨酸CAA谷胺酰胺CAG谷胺酰胺CGU精氨酸CGC精氨酸CGA精氨酸CGG精氨酸UCAGAAUU异亮氨酸AUC异亮氨酸AUA异亮氨酸AUG甲硫氨酸（兼起始密码）ACU苏氨酸ACC苏氨酸ACA苏氨酸ACG苏氨酸AAU天冬酰胺AAC天冬酰胺AAA赖氨酸AAG赖氨酸AGU丝氨酸AGC丝氨酸AGA精氨酸AGG精氨酸UCAGGGUU缬氨酸GUC缬氨酸GUA缬氨酸GUG缬氨酸GCU丙氨酸GCC丙氨酸GCA丙氨酸GCG丙氨酸GAU天冬氨酸GAC天冬氨酸GAA谷氨酸GAG谷氨酸GGU甘氨酸GGC甘氨酸GGA甘氨酸GGG甘氨酸UCAG背景环境分析mRNA的基本结构StartofgeneticmessageCapEndTail5’-端非翻译区533’-端非翻译区开放阅读框架从mRNA5-端起始密码子AUG到3-端终止密码子之间的核苷酸序列，称为开放阅读框架(openreadingframe,ORF)。背景环境分析原核生物的多顺反子真核生物的单顺反子非编码序列核蛋白体结合位点起始密码子终止密码子编码序列PPP53蛋白质PPPmG-53蛋白质AAA…背景环境分析遗传密码的特点：1．连续性（commaless）编码蛋白质氨基酸序列的各个三联体密码连续阅读，密码子及密码子的各碱基之间既无间隔也无交叉。5’…….AUGGCAGUACAU……UAA3’AlaValHisMet终止密码背景环境分析基因损伤引起mRNA阅读框架内的碱基发生插入或缺失，可能导致框移突变(frameshiftmutation)。缬脯苏天冬缬丙酪甘缬丙丝精背景环境分析2.方向性(sideness)翻译时遗传密码的阅读方向是5’→3’，即读码从mRNA的起始密码子AUG开始，按5’→3’的方向逐一阅读，直至终止密码子。NC肽链延伸方向5′3′读码方向背景环境分析3．简并性（degeneracy）在遗传密码表中，共有64组密码（43）。其中，3组作为翻译的终止密码（UAA、UAG和UGA）；AUG兼作翻译的起始密码（AUG是蛋氨酸的密码），其余61组密码（包括AUG作为亮氨酸的密码）共同编码20种α-氨基酸。因此，必然有一种氨基酸由多组密码编码的现象，称为密码的简并性。实际上，除色氨酸与蛋氨酸（由一个密码编码）外，其余氨基酸均由两个或两个以上的密码编码（2～6个）。背景环境分析各种氨基酸的密码子数目背景环境分析4．通用性（universal）:无论原核生物如病毒、细菌等和真核生物包括人类都共用一套遗传密码即三联体密码。只是不同生物对密码子具有偏爱性。背景环境分析（二）tRNA是搬运氨基酸的工具1.tRNA的结构背景环境分析tRNA分子中与蛋白质合成有关的位点：1）氨基酸结合位点；2）氨酰-tRNA合成酶识别位点；3）核糖体识别位点；4）反密码位点：反密码与密码结合时方向相反。即反密码的第1、2、3位碱基分别与密码的第3、2、1位碱基配对。背景环境分析反密码与密码配对时，反密码的第2、3位碱基分别与密码的第2、1位碱基配对时严格遵循碱基配对规则（即A与U、G与C配对），而反密码的第1位碱基与密码的第3位碱基配对时不严格遵循碱基配对规则，后者成为摆动配对或不稳定配对（wobblebasepair）。摆动配对情况通过摆动配对，使得携带有同种氨基酸的不同tRNA分子可分别结合在几种同义密码上。如反密码为IGC的丙氨酰-tRNA，可分别结合到同义密码GCU、GCC、GCA上（GCU、GCC、GCA均为编码丙氨酸的密码）。摆动配对的存在对于保持生物物种的稳定具有重要意义。反密码的第1位碱基GCAUI密码的第3位碱基U或CGUA或GA、U或CtRNA是氨基酸与遗传密码间的适配器2.氨酰-tRNA各种氨基酸和对应的tRNA结合后形成的氨基酰-tRNA表示为：氨基酸的三字母缩写-tRNA氨基酸的三字母缩写例如：•丙氨酰-tRNA：Ala-tRNAAla•精氨酰-tRNA：Arg-tRNAArg•甲硫氨酰-tRNA：Met-tRNAMet•起始者甲硫氨酰-tRNA：Met-tRNAiMet•延长甲硫氨酰-tRNA：Met-tRNAeMet在生物体内，一种tRNA只能与一种氨基酸结合（即一种tRNA只能搬运一种氨基酸），而一种氨基酸可与一种以上的tRNA分子结合，所以，tRNA的种类(80种以上）比氨基酸（20种）多。(三)核糖体是蛋白质生物合成的场所核糖体是肽链合成的“装配机”。胞质中核糖体种类：•游离的核糖体---合成细胞固有蛋白•与粗面内质网结合的核糖体---合成带有信号肽的分泌性蛋白质核糖体由大、小亚基组成，其组成成份包括rRNA和蛋白质。原核生物真核生物核蛋白体小亚基大亚基核蛋白体小亚基大亚基S值70S30S50S80S40S60SrRNA16S-rRNA23S-rRNA5S-rRNA18S-rRNA28S-rRNA5.8S-rRNA5S-rRNA蛋白质rpS21种rpL36种rpS33种rpL49种不同细胞核蛋白体的组成在核糖体上，与蛋白质生物合成有关的主要结构有：1．有容纳mRNA的部位；2．有结合氨酰-tRNA的部位，称为氨酰基部位，简称A位;有结合肽酰-tRNA的部位，称为肽酰基部位，简称P位；3.有结合蛋白质因子的部位；4．有转肽基酶（transpeptidase）存在，可催化肽键的形成；5.具有延长因子依赖的GTP酶活性。A位和P位呈紧密相邻，每个部位的宽度正好相当于mRNA上一个遗传密码的宽度。mRNA与核糖体的结合原核生物核糖体的小亚基的rRNA（16S）的3′末端有一富含嘧啶的区段，可与mRNA分子的起始部位的一段富含嘌呤的区段互补结合，使mRNA结合至核糖体上。mRNA分子中的这段富含嘌呤的区段称为S-D序列（Shine-Dalgarnosequence）(通常为GGAGGU)。S-D序列位于mRNA的5′端紧接起始信号的上游。原核生物mRNA的S-D序列及其与16SrRNA的结合三、蛋白质生物合成过程蛋白质的生物合成过程包括：①氨基酸的活化与转运②活化氨基酸在核糖体上形成多肽链。后者是蛋白质生物合成的中心环节，又称核糖体循环。③翻译后加工氨基酸与tRNA的结合需要氨酰tRNA合成酶催化，并需要消耗ATP。（一）氨基酸的活化与转运氨基酸+tRNA氨基酰-tRNAATPAMP＋PPi氨基酰-tRNA合成酶氨基酸＋ATP-E氨基酰-AMP-E＋PPi第一步反应第二步反应氨基酰-AMP-E＋tRNA氨基酰-tRNA＋AMP＋E氨基酰-tRNA合成酶对底物氨基酸和tRNA都有高度特异性。绝对专一性：1个A.A对应1个氨基酰tRNA合成酶催化反应：活化A.A-活化“-COOH”，消耗2个ATP，产物—氨酰tRNA酶的两个位点：结合位点-结合正确的A.A，活化水解位点-保证A.A序列的正确性(校正活性)氨基酰-tRNA合成酶（二）原核生物核糖体循环翻译时，从mRNA的起始密码子AUG开始，按5ˊ→3ˊ方向逐一读码，直至终止密码子。于是，合成中的肽链从起始甲硫氨酸开始，从N-端→C-端延长，直至终止密码子前一位密码子所编码的氨基酸。（一）起始是指mRNA和起始氨基酰-tRNA分别与核蛋白体结合而形成翻译起始复合物的过程。基本过程：1.核蛋白体大小亚基分离；2.mRNA在小亚基定位结合；3.起始氨基酰-tRNA的结合；4.核蛋白体大亚基结合。•指在mRNA模板的指导下，氨基酸依次进入核蛋白体并聚合成多肽链的过程。1.进位(positioning)/注册(registration)2.成肽(peptidebondformation)3.转位(translocation)（二）延长肽链延长在核蛋白体上连续循环式进行，包括以下三步：每轮循环使多肽链增加一个氨基酸残基。1.进位又称注册(registration)，是指一个氨基酰-tRNA按照mRNA模板的指令进入并结合到核蛋白体A位的过程。进位需要延长因子EF-Tu与EF-Ts参与。2.成肽成肽是在转肽酶(peptidase)的催化下，核蛋白体P位上起始氨基酰-tRNA的N-甲酰甲硫氨酰基或肽酰-tRNA的肽酰基转移到A位并与A位上氨基酰-tRNA的α-氨基结合形成肽键的过程。3.移位转位是在转位酶（延长因子EF-G）的催化下，核蛋白体向mRNA的3´-端移动一个密码子的距离，使mRNA序列上的下一个密码子进入核蛋白体的A位、而占据A位的肽酰-tRNA移入P位的过程。移位需要延长因子EF-G参与。进位移位成肽肽链合成延长(核蛋白体循环)过程（三）终止指核蛋白体A位出现mRNA的终止密码子后，多肽链合成停止，肽链从肽酰-tRNA中释出，mRNA、核蛋白体大、小亚基等分离的过程。终止阶段需要释放因子RF-1、RF-2和RF-3参与。RF-3可结合核蛋白体其他部位，有GTP酶活性，能介导RF-1、RF-2与核蛋白体的相互作用。释放因子的功能：识别终止密码子RF-1特异识别UAA、UAG；RF-2特异识别UAA、UGA。诱导转肽酶转变为酯酶活性催化新生肽链与结合在P位的tRNA之间的酯键水解，使肽链从核蛋白体上释放。原核肽链合成终止过程合成含10个氨基酸的肽链，消耗多少ATP？aa.活化2×10=20ATP(消耗2个高能磷酸键，计2ATP)•1staa.1GTP(直接进入P位)•其余9aa.2×9=18GTP(重复进位、转肽、移位的过程)•终止1GTP20+1+18+1=40ATP(活化以后直接消耗的是GTP)四、原核生物与真核生物肽链合成过程的主要差别原核生物真核生物mRNA一条mRNA编码几种蛋白质（多顺反子）一条mRNA编码一种蛋白质（单顺反子）转录后很少加工转录后进行首尾修饰及剪接转录、翻译和mRNA的降解可同时发生mRNA在核内合成，加工后进入胞液，再作为模板指导翻译核蛋白体30S小亚基＋50S大亚基↔70S核蛋白体40S小亚基＋60S大亚基↔80S核蛋白体起始阶段起始氨基酰-tRNA为fMet-tRNAfMet起始氨基酰-tRNA为Met-tRNAiMet核蛋白体小亚基先与mRNA结合,再与fMet-tRNAfMet结合核蛋白体小亚基先与Met-tRNAiMet结合，再与mRNA结合mRNA中的S-D序列与16SrRNA3-端的一段序列结合mRNA中的帽子结构与帽子结合蛋白复合物结合有3种IF参与起始复合物的形成有至少10种eIF参与起始复合物的