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(一)雄性小鼠雄鼠的生殖器官包括睾丸、附睾、输精管、储精囊、凝固腺、前列腺、尿道球腺、包皮腺及阴茎。睾丸：睾丸又称精巢，是产生精子的地方。睾丸共有两个，幼年时睾丸藏存腹腔内，性成熟以后则下降到阴囊内，其表面为纤维性结缔组织，内部有无数的曲细精管，雄性间质组织产生精子，存在与睾丸的曲细精管内。附睾：附睾又称精巢上体，由许多弯曲旋廻的细管组成，是接受并暂时贮存精子的地方。附睾分头、体、尾三部分。附睾头部与睾丸上部的精细管连接，体部在睾丸的一侧下行，尾部与输精管相连。精子在通过附睾期间成熟。成熟的有受精能力的精子通过与附睾相接的输精管，交配时射入雌鼠阴道。输精管：输精管是精子通过的管道，它是由附睾尾部引出的毛细管在储精囊下面、膀胱的背侧汇合进入尿道。成年小鼠的输精管存在无数的有受精能力的精子。储精囊(精液腺)：储精囊呈半月状，形成多数锯齿分叶，内部储存营养精子的白色浓稠分泌物。凝固腺：为精液腺内侧附着的半月弧形的半透明的器官，起着凝固精液腺所分泌的分泌液的作用，交配后，形成阴栓。前列腺：前列腺分背叶和腹叶，背叶位于尿道的背侧，腹叶位于膀胱基部附近处尿道腹侧，它与尿道球腺及精液腺等分泌的液体稀释精液，而使精子更为活跃。尿道球腺：为球状分泌腺，位于骨盆腔内尿道球的背上方。包皮腺：小鼠的包皮腺较大，是存于阴茎近腹壁上皮间的瓜籽形的脂质分泌腺，开口于包皮内侧。阴茎：公鼠交配器官，由阴茎体、龟头组成，不交配时保持于包皮内。(二)雌性小鼠雌性小鼠生殖器官包括卵巢、输卵管、子宫、阴道、阴核腺和乳腺。卵巢：卵巢是产生卵子的器官，形似豆状，左右各一，位于肾脏下方。成年小鼠除妊娠期外，通常全年呈周期性排卵。输卵管：输卵管是卵子受精及通过的管道，呈盘曲状，左右各一条，位于卵巢与子宫角之间，前端喇叭口朝向卵巢，后端紧接于子宫。子宫：子宫为“Y”字形，分为子宫角、子宫体和子宫颈。子宫角始于输卵管结合部，是胎儿发育的器官，沿体背侧面下行。左右子宫角在膀胱背面会合，形成子宫体。小鼠子宫体分前后两部，前部由中隔分开，形成两个单独的子宫，后部中隔消失，合而为一。左右子宫会合后于子宫颈末端突出于阴道，形如小丘。阴道：阴道前部连接子宫，后部与阴道口相接，开口于体外。阴道背面与直肠平接，腹面微呈弧形，与尿道相连接。在阴道口腹面稍前方有一隆起，称为阴核。小鼠的阴道口在幼年时被皮肤关闭，有被毛覆盖，性成熟后，卵巢开始机能活动，此时皮肤变得柔软，阴道口自然松开。阴核腺(阴蒂腺)：是与雄性小鼠的包皮腺相似的器官，左右各一，在阴核处开口。乳腺：小鼠共有5对乳腺，胸部3对，腹部2对，其中前胸第一对和腹部最末一对乳腺发育较差，第2至第4对乳腺较发达。