分子力场简介

分子力场与分子力学ForcefieldandMolecularMechanicsInteratomicinteractions原子与分子层次上的物质2003年諾貝爾化學獎:-細胞膜通道之謎•2003年的諾貝爾化學獎，頒給了兩位美國科學家：約翰霍普金斯大學醫學院的阿格雷（PeterAgre）與洛克斐勒大學霍華休斯醫學研究中心的麥金農（RoderickMacKinnon）。他們獲獎的研究都與細胞膜上的通道有關，瑞典皇家科學院在10月8日發佈的新聞稿中指出，阿格雷是因為「發現水通道」與麥金農「在離子通道的結構與機制上的研究」，而共享2003的諾貝爾化學獎。The2003NobelprizeforChemistry•2003諾貝爾化學獎頒給了兩位醫生，或許有些奇怪，然而仔細的去瞭解他們所做的工作就會發現，其實他們的研究已經深入到了原子的層次，那不是化學又會是什麼呢！這其實也告訴了眾多對生命科學有興趣的年輕人，其實真正精采的還是在這個化學的層次。The2003NobelprizeforChemistry水分子通過aquaporinAQP2。由於通道中心的正電荷，如H3O+般帶正電荷的離子會被驅逐，這可避免質子的滲漏。Waterchannelsincellmembraneswaterpermeationmovieforthe2003NobelprizeinChemistry分子力场•分子力场:根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力学和分子力场•很多情况下，对大分子体系的处理可以完全避免使用量子化学计算。分子力学模拟使用古典力学模型（例如谐振子）描述化合物的能量。分子力学模型的所有常数均通过实验数据或第一原理计算结果得到。参数和函数的优化结果称为分子力场。•进行参数化的化合物库对分子力学方法的计算成功与否至关重要。针对某类分子优化的力场只有在应用于同类分子时才可保证得到可信的结果。分子力场定义:•Aclassicalforcefieldconsistsof:1.analyticalfunctionalformsdescribingtheinteractions2.parametersinthesefunctionalformsTheforcefieldisfittoexperimentaldatafromasmallsetofmolecules,withthegoalthattheforcefieldwillaccuratelyinterpolateandextrapolatetoothersystems.Theclassicalforcefieldsarefittoreproduceobservablessuchasstructuresandrelativeenergies,sothesignificantquantummechanicaleffects(i.e.covalentbonds)areincludedempirically分子力场•Forcefield(alsocalledaforcefield)referstothefunctionalformandparametersetsusedtodescribethepotentialenergyofasystemofparticles(typicallybutnotnecessarilyatoms).分子力场•分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的量子力学从头计算方法，分子力场方法的计算量要小数十倍，而且在适当的范围内，分子力场方法的计算精度与量子化学计算相差无几，因此对大分子复杂体系而言，分子力场方法是一套行之有效的方法。分子力场•分子动力学•蒙特卡罗方法•分子对接等分子模拟方法中有着广泛的应用.分子力场Aforcefieldisusedtominimizethebondstretchingenergyofthisethanemolecule.分子力学•MolecularmechanicsreferstotheuseofNewtonianmechanicstomodelmolecularsystems.Thepotentialenergyofallsystemsinmolecularmechanicsiscalculatedusingforcefields.Molecularmechanicscanbeusedtostudysmallmoleculesaswellaslargebiologicalsystemsormaterialassemblieswithmanythousandstomillionsofatoms.分子力学分子力学，又叫力场方法（forcefieldmethod），目前广泛地用于计算分子的构象和能量。分子力学分子力学的基本思想-1930，D.H.Andrews在分子内部，化学键都有“自然”的键长值和键角值。分子要调整它的几何形状（构象），以使其键长值和键角值尽可能接近自然值，同时也使非键作用（vanderWaals力）处于最小的状态，给出原子核位置的最佳排布。分子力学分子的经典力学模型-1946，T.L.HillT.L.Hill提出用vanderWaals作用能和键长、键角的变形能来计算分子的能量，以优化分子的空间构型。Hill指出：“分子内部的空间作用是众所周知的，（1）基团或原子之间靠近时则相互排斥；（2）为了减少这种作用，基团或原子就趋于相互离开，但是这将使键长伸长或键角发生弯曲，又引起了相应的能量升高。最后的构型将是这两种力折衷的结果，并且是能量最低的构型”。分子力学分子力学的发展虽然分子力学的思想和方法在40年代就建立起来了，但是直到50年代以后，随着电子计算机的发展，用分子力学来确定和理解分子的结构和性质的研究才越来越多。直到这时，才可以说分子力学已成为结构化学研究的重要方法之一。分子力学分子力学的发展近几年来，随着现代技术的发展和应用，特别是计算机技术的发展，分子力学方法已不仅能处理一般的中小分子，也不仅主要应用于有机化学领域，而且能处理大分子体系。在其他的一些领域，如生物化学、药物设计、配位化学中，都有了广泛的应用。分子力学分子力学的基本假设TheBorn-OppenheimerApproximation-原子核的运动与电子的运动可以看成是独立的；分子是一组靠各种作用力维系在一起的原子集合。这些原子在空间上若过于靠近，便相互排斥；但又不能远离，否则连接它们的化学键以及由这些键构成的键角等会发生变化，即出现键的拉伸或压缩、键角的扭变等，会引起分子内部应力的增加。每个真实的分子结构，都是在上述几种作用达到平衡状态的表现。分子力学分子的空间能分子力学从几个主要的典型结构参数和作用力出发来讨论分子结构，即用位能函数来表示当键长、键角、二面角等结构参数以及非键作用等偏离“理想”值时分子能量（称为空间能，spaceenergy）的变化。采用优化的方法，寻找分子空间能处于极小值状态时分子的构型。分子力学分子的空间能分子的空间能Es可表示为：Es=Ec+Eb+Et+Enb+…其中Ec是键的伸缩能，Eb是键角弯曲能，Et是键的二面角扭转能，Enb是非键作用能，它包括vanderWaals作用能，偶极（电荷）作用能、氢键作用能等等。分子力学分子的空间能位能函数描述了各种形式的相互作用力对分子位能的影响，它的有关参数、常数和表达式通常称为力场。对于某个分子来说，空间能是分子构象的函数。由于在分子内部的作用力比较复杂，作用类型也较多；对于不同类型的体系作用力的情况也有差别。分子力学分子的空间能分子力学分子的力场形式-键能项：键长伸缩能Morse曲线：V=De{1-exp[-a(r-r0)]}2谐振势函数：V=(k/2)(r-r0)2分子力学分子的力场形式-键能项：键长伸缩能含非谐项的函数：V=(k/2)(r-r0)2[1-k1(r-r0)-k2(r-r0)2-k3(r-r0)3]分子力学分子的力场形式-键能项：键角弯曲能V=(k/2)(-0)2V=(k/2)(-0)2[1-k1(-0)-k2(-0)2-k3(-0)3]键长及键角交叉项：Vb/=(1/2)kr(r-r0)(-0)分子力学分子的力场形式-键能项：扭转能分子内部基团绕化学键的旋转会改变分子的构象，同时也改变了分子的能量状态。用二面角(i)来描述这种运动形式,采用Fourier级数形式表示为：bondsVnn))cos(1(22V分子力学分子的力场形式-键能项：扭转能一般情况下，由于二面角的扭转对总能量的贡献小于键长和键角的贡献，一般情况下二面角的改变要比键长和键角的变化自由得多。因此在一些处理大分子的力场中常保持键长、键角不变，只考虑二面角及其他的作用而优化整个分子的构象和能量。分子力学分子的力场形式-非键能项：vanderWaals势V=Ar-12-Br-6V′=A′exp（B′/r）-C′r-6一般地说前者节省机时而后者却能更好地描述原子间的非键作用。vanderWaalsL-J势分子力学分子的力场形式-非键能项：静电相互作用点电荷，部份电荷jiijjirqq)4(V0分子力学分子的力场形式-非键能项：静电相互作用对于原子间的静电作用，作为一级近似，仅考虑永久偶极（i，j）间的作用Vdipl：)coscos3(cos/3jiijjjiidiplaaXrDV分子力学分子的力场形式-氢键V(r)=A/r12-C/r10实例：YETI力场VHB=(A/r12-C/r10)cos2cos4OHNrImpropertorsion分子力学分子的力场形式-氢键:Charmm力场),'()''()4][4(222V12061220202)()())cos(1()()(frpCrmArqqikkArjiijjiijijijijjtorsionsVnanglesabondsbrrnrr＋HNOC‘“分子力学力场的参数化分子力学力场的性能即它的计算结果的准确性和可靠性主要取决于势能函数和结构参数。这些有关力常数，结构参数的“本征值”的置定过程称为力场的参数化。参数化的过程要在大量的热力学、光谱学实验数据的基础上进行，有时也需要由量子化学计算的结果提供数据。分子力学力场的参数化各类键长、键角的“本征值”一般取自晶体学、电子衍射或其他的谱学数据，键伸缩和角变力常数主要由振动光谱数据确定，扭转力常数经常要从分子内旋转位垒来推算。对于不同的力场不仅力场参数不同，函数形式也可能不同。因此，在将一个力场中的参数应用于另一个力场时应十分小心。一个好的力场不仅能重现已被研究过的实验观察结果，而且能有一定的广泛性，能用于解决未被实验测定过的分子的结构和性质。分子力学力场的参数化-常见的力场及程序QCFF/PIAWarshel&MlevittMMI/MMPINLAllingerMM2/MMP2NLAllingerMM3NLAllingerECEPPHAScheragaAMBERPKollmanCHARMMMKarplusGROMOSvanGunsterenSYBYLTriposInc.DISCOVERMSIInc.分子力学力场所存在的问题两个相互作用原子间的诱导偶极的作用会受到其它原子的影响；非键作用势中假定原子为球形，实际上非键作用受原子形状影响，还需考虑孤对电子；谐振势函数不能精确拟合实验数据对于静电作用的处理过于简化。分子力学力场的发展趋势考虑原子极化率取用高次项发展含金属的力场分子力学力场举例：BondStretching:Eb=k2b(b-b0)2+k3b(b-b0)