Topos4.0软件分析MOFs拓扑实例

Topos4.0软件分析MOFs拓扑实例主要内容•Topos4.0软件下载官方网站：•软件使用前检查及主要功能简介•Topos4.0分析MOFs拓扑实例Topos4.0软件下载可以直接在网站上免费注册下载。除主程序之外，网站还提供说明帮助文件以及使用教程。为方便大家使用，网站把主程序和ttd，tto等文件集成在一起，制作成kit文件。我们只需要下载kit文件，解压即可使用。Topos4.0软件官方网站：文件下载软件使用检查主要功能简介IsoCrystDirichletAutoCNHSiteDiAn(DistancesandAngles)IsoTestADS主要功能简介分析MOFs拓扑实例1.以ZIF-8为例，演示topos4.0软件分析MOF拓扑类型的具体流程2.多核金属和簇单元处理3.断键型分子筛-LTA拓扑分析具体流程•.cif文件导入，生成.cmp文件；•运行“IsoCryst”，点击图标，查看分析结构；•运行“autoCN”，点击图标，分析配位数；•运行“ADS”，点击图标，分析结果。Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程双击此代码，查看ZIF-8的一些信息。运行“IsoCryst”运行autoCN运行“ADS”多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键ZhongminSu,CrystEngComm.2012,DOI:10.1039/c0xx00000xImport.cifIsoCrystAutoCNIsoCrystADSSimplifyadjacentmatrixADS断键型分子筛-LTA拓扑分析Hai-XiaZhang,JianZhang*,J.Am.Chem.Soc.2011,133(31),11884–11887Import，IsoCrystAutoCNSimplifyadjacentmatrixIsoCrystADSIsocrystADSExportdiamondAutoCNADS小结•Topos4.0功能强大。除分析拓扑外，作图（isocryst）；分析tilings，产生3dt软件的输入文件；导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图，systre.cgd文件可用于systre软件的输入文件；等等。•对简单的化合物，智能化程度较高，如ZIF-8，全部按照默认操作进行即可。•不具备纠错功能。•分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的newtopology没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。谢谢大家！