050-FISH技术在临床中的应用

FISH技术在临床中的应用基因科技（上海）有限公司一、如何正确选择探针二、如何正确使用探针三、临床应用—胃癌一、如何正确选择探针FISH探针种类•染色体计数探针（CEP)•位点特异性标识分子（LSI）•端粒探针染色体结构着丝粒短臂长臂-端粒(TTAGGG)n特定区域或基因端粒(TTAGGG)n~~190kb190kbCentromereCentromereTelomereTelomere17q11.217q11.2--q12q12HERHER--2/2/neuneugenegeneHicksDG,TubbsRR.AssessmentoftheHER2statusinbreastcancerbyfluorescenceinsituhybridization:atechnicalreviewwithinterpretiveguidelines.HumPathol.2005Mar;36(3):250-61.RatioofHER2genetoChromosome17copynumberRatio2;HER-2geneamplificationnotobservedRatio2;HER-2geneamplificationobservedPathVysionDNAProbesLSIHER-2/neu&CEP17~~190kb190kbCentromereCentromereTelomereTelomere17q11.217q11.2--q12q12HERHER--2/2/neuneugenegene~~190kb190kbCentromereCentromereTelomereTelomere17q11.217q11.2--q12q12HERHER--2/2/neuneugenegene~225.7kb探针设计•检测遗传物质的得与失•在单个细胞核内针对某个特定靶分子检测到多于或少于2个探针信号被认为异常正常异常异常探针设计-双色单融探针（DC/SF）染色体、基因重排检测—已知断点的平衡易位9正常异常22•使用指导存在假阳性如一个细胞中信号叠加。探针设计-双色单融探针（DC/SF）探针设计-双色额外信号探针（ES）很好地克服了双色单融出现的假阳性探针设计-双色双融探针（DC/DF）•使用指导•最敏感的探针（假阳性1%）•可用来检测微小残留性疾病•不足是对融合信号不能区分二、如何正确使用探针CE认证在欧洲，用于临床诊断的医疗器械是需要的CE（CONFORMITEEUROPEENNE）认证的。近年来，在欧洲经济区（欧洲联盟、欧洲自由贸易协会成员国，瑞士除外）销售的商品，CE标志的使用越来越多，CE标志加贴的商品表示其符合安全、卫生、环保和消费者保护等一系列欧洲指令所要表达的要求。目前，Abbott（Vysis）大约有336种FISH探针通过CE认证，并且这些探针具有广泛的文献支持（在产品说明书中列举这些出文献），这些文献都客观证明了VysisFISH探针在实际临床上的应用的成功案例。例如P53探针，Abbott（Vysis）搜集了7篇相关文献证明该探针在不同情况下的临床应用的成功案例。再如应用于产后诊断的DiGeorge探针，在其说明书里面例举了8篇相关文献能证明Abbott（Vysis）探针成功诊断新生儿中的DiGeorge综合征的成功案例。AbbottMolecular临床产品三、临床应用肺癌少突胶质瘤Vysis1p36/1q25and19q13/19p13FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201436CompanyConfidential©2014Abbott正常缺失恶性神经胶质瘤•恶性神经胶质瘤包括:•WHOIII级–间变性星形细胞瘤，间变性少突胶质细胞瘤，间变混合性胶质细胞瘤•WHOIV级–多形性胶质母细胞瘤•多形性胶质母细胞瘤是高度恶性的胶质瘤，占近15％的原发性脑和中枢神经系统肿瘤和54%的所有神经胶质瘤1,2.–高度侵袭性,几乎无法治愈，患者迅速死亡–高度未分化–因不可预知的化学敏感性，故具有治疗挑战性–多形性胶质母细胞瘤患者的预后非常差3–2年总生存期:26%–4年总生存期:12%371.NationalComprehensiveCancerNetwork.Availableat:•StuppR,etal.NEnglJMed.2005;352:987-996.•形态学上，小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤都属中等细胞密度，形态单一的胶质瘤；细胞膜清楚，胞质透亮；明显活跃的核分裂、微血管增生或显著坏死表明肿瘤•小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤的鉴别事关重要因为这两种肿瘤的临床表现和治疗意义极其不同•一些分子特征可用于鉴别小细胞型胶质母细胞瘤和间变性少突胶质细胞瘤：–胶质母细胞瘤小细胞型几乎普遍缺失10号染色体短臂–60%–70%的小细胞型胶质母细胞瘤带有EGFR基因扩增–相反的，间变性少突胶质细胞瘤几乎无10q缺失和EGFR基因扩增。大约60%的间变性少突胶质细胞瘤带有1p/19q杂合性缺失.VysisEGFR/CEP7FISHProbeKitHunanMDTMeeting26Aug201439CompanyConfidential©2014Abbott正常扩增10号染色体短臂缺失10qLoss•10号染色体短臂缺失在源发和继发性多形性胶质母细胞瘤里其中一个重要的特征•10号染色体短臂缺失在间变性星形细胞瘤和多形性胶质母细胞瘤指示不良预后，生存期较短•PTEN基因位于10号染色体短臂(10q23),其多肽具有对脂质和蛋白质的磷酸酶活性，也是其中一个在10号染色体短臂缺失与多形胶质母细胞瘤相关的候选基因•在儿童多形性胶质母细胞瘤族群里10号染色体短臂缺失是唯一于患者不良预后相关的记物。EGFR基因扩增,1p/19q杂合性缺失和p16基因缺失并不能提示儿童病患的预后•相反，在成人病患里并不提供独立的预后信息HunanMDTMeeting26Aug201440CompanyConfidential©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568EGFR扩增•EGFR基因扩增在神经胶质瘤里只适用于鉴别诊断。这基因改变不是个独立的预后标记物。•EGFR基因扩增是与多形性胶质母细胞瘤发病的相关的主要基因。•EGFR扩增基本上是GBM的特殊病症，微观标签很容易认出，来自GBM浸润边缘的组织有时可以显示肿瘤的本质，即使组织学标准不足以指定为WHOIV级。HunanMDTMeeting26Aug201441CompanyConfidential©2014AbbottFallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–73Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568CDKN2A,p16•CDKN2A基因是位于9号染色体长臂上,9p21,的一个肿瘤抑制基因•CDKN2A纯合性缺失可见于11%II级,47%III级,and60%IV级肿瘤1•CDKN2A基因的纯合性缺失被认为是一种不良预后因子。•18%原发性脑胶质瘤与43%复发性脑胶质瘤中p16缺失的发现进一步证实了其与肿瘤进展的相关性1HunanMDTMeeting26Aug201442CompanyConfidential©2014Abbott1.Fallonetal.JNeuropatholExpNeurol2004;63:314322.2.Horbinskietal.BrainPathology2011;21:57–733.Nikiforova&Hamilton.ArchPatholLabMed.2011;135:558–568新靶向治疗?•ROS1基因重排阳性肿瘤对克唑替尼crizotinib(赛可瑞XALKORI)有显着的治疗活性•ROS1是否成为胶质母细胞瘤里的新的靶向治疗的靶点？HunanMDTMeeting26Aug201443CompanyConfidential©2014Abbott肉瘤肉瘤简介•骨和软组织肉瘤是一组罕见且异质性的肿瘤。在成人里占所有肿瘤的少于5%，在儿童里却占大约10%1.•按照肿瘤细胞来源，这些肿瘤可分为两大类1,2:–原发于骨»骨肉瘤Osteosarcoma(硬骨部分中形成）»软骨肉瘤Chondrosarcoma(软骨中形成）»尤因氏肉瘤Ewing‘ssarcoma(骨髓组织中形成）–原发于其他的组织，也称为i软组织肉瘤»纤维肉瘤Fibrosarcomas和恶性纤维组织细胞瘤（在纤维组织中形成）»脂肪肉瘤Liposarcomas»平滑肌瘤Leiomyomas和横纹肌肉瘤rhabdomyosarcomas(原发于肌肉）»滑膜肉瘤Synovialsarcoma（在关节周围的组织，通常是膝盖关节周围的组织中形成）HunanMDTMeeting26Aug201445CompanyConfidential©2014Abbott1.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.2.Antonescu.Histopathology2006;48:13-21.肉瘤里的遗传异常•肉瘤很难诊断，亚型往往难以区分。然而准确诊断对评估预后以及选择适当的疗法十分重要•基于组织切片镜检的形态学诊断仍是肉瘤诊断的金标准•辅助技术对于支持形态学诊断非常有用，尤其是采用FISH或基于PCR方法的分子检测。•所有肉瘤约有1/3具有特定复发性染色体易位的特征，从而导致高度特异性基因融合，采用上述分子检测方法很容易检测。••这些易位往往是唯一的细胞遗传学异常现象，且最可能具有致病重要性HunanMDTMeeting26Aug201446CompanyConfidential©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.肉瘤的分子诊断•以下情况下应考虑分子诊断:•在免疫组化或超微结构研究结果未有定论是良性和恶性肿瘤时的鉴别诊断–例如，FUS易位检测可区别低级别纤维粘液样肉瘤和神经束膜瘤或其他良性纤维性或神经性细胞增生•恶性类型的鉴别诊断–例如，DDIT3易位可用于鉴别儿童里的粘液样脂肪肉瘤和脂肪母细胞瘤•验证异常的临床表现（例如，异常年龄组或肿瘤部位）或非典型的免疫组化结果–例如，具有典型尤因氏肉瘤表型的肿瘤如果发生在老年人身上，或者如果存在于内脏部位或不仅仅在病灶部位表达，则可能需要分子确认HunanMDTMeeting26Aug201447CompanyConfidential©2014AbbottAntonescu.Histopathology2006;48:13-21.NCCNClinicalPracticeGuidelinesinOncology.SoftTissueSarcomas,version2.2014.Osuna&deAlava.ReviewsonRecentClinicalTrials2009;4:12-26.HunanMDTMeeting26