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计算机辅助药物设计与SYBYL软件的应用汇报人：刘培培2014.10——PPT总结汇报2020/1/292内容摘要SYBYL-X软件简介SYBYL_X软件的应用SYBYL_X中COMFA的步骤COMFA的结果展示2020/1/2931introductionSYBYLBase包括了用于分子模拟的丰富工具：结构搭建、优化、比较；结构及相关数据的图形显示；标注、图形输出；多种精确的力场。SYBYL基础软件包含分子建模的基础模块和工具，可以实现分子结构搭建、优化、比较，结构和相关数据的可视化，注释，硬拷贝，抓屏以及多种分子力场的研究。SYBYL基础软件与SYBYL应用软件整合在一起，使其更加有利于用户的科研工作。SYBYL基础应用中的QSAR可以通过构建模型来预测位置化合物的活力2020/1/294QSARwithCoMFA®建立3D-QSAR模型(CoMFA)QSAR的工作原理QuantitiveStructureActivityRelationships建立生理活性与可计算的分子性质之间的关系以数值的方式描述活性以数值的方式来描述分子的性质合理的统计方法使活性与描述符相关重要的影响因素modelsmustbepredicitive-orthey’reuseless（可预测性）modelsshouldbeinterpretable-wherepossible（可解释性）2020/1/295QSARwithCoMFA®建立3D-QSAR模型(CoMFA)CoMFA通过图形技术将结构与活性的关系展示出来–CoMFA自问世以来，由于其预测能力强，模型形象、直观，已逐渐成为应用最为广泛的3D-QSAR方法立体场绿色：增加体积会增强活性黄色：减少体积会增强活性静电场蓝色：增加正电荷能增强活性红色：增加负电荷能增强活性通过等势图，可以判断空间中哪些位置分子场的变化会与活性变化是相关的。活性2020/1/2962020/1/297SD模型是一个图，每个节点代表角色，角色间的连接意味着为了达到某种目标，一个角色在某些方面需要依赖于另一个角色。SD模型表达了角色希望从其它角色那里得到什么，因此可被看成是一个相关性的网络DependerDependeedependum2020/1/298为了表明两个角色之间关系的自由性与控制性的本质，将相关性区分为4种类型：目标相关性（goaldependency）:thedependerdependsonthedependeetobringaboutacertainstateofaffairsintheworld.任务相关性（taskdependency）:thedependerdependsonthedependeetocarryoutanactivity.资源相关性（resourcedependency）:thedependerdependsonthedependeefortheavailabilityofanentity(physicalorinformational).软目标相关性（softgoaldependency）:adependerdependsonthedependeetoperformsometaskthatmeetsasoftgoal.将相关性的强度划分为三种不同的程度：开放的（open/uncommitted）、受约束的（committed）和关键的（critical）2020/1/299SD模型关注于角色之间的关系，而SR模型为每个角色对它们有意识的关系进行推理提供建模支持SR模型是一个图，图中的节点代表目标、任务、资源和软目标，它们可以通过手段-目的链或任务分解链进行连接2020/1/29104Agents-in-the-WorldversusAgents-as-Softwarei*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）Agents-in-the-world:需要意识到它们周围的不确定性。同时，它们也是这个世界中不确定性的来源Agents-as-software:自治性是指在没有人或其它主体直接干涉的情况下，软件独立行动的能力意识（Intentionality）社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）2020/1/2911i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意识（Intentionality）Agents-in-the-world:为了说明现实世界的不确定性和开放性，诸如目标、信仰等意识相关的概念非常重要Agents-as-software:意识作为一种特性，可以用来产生agent的行为社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）2020/1/2912i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意识（Intentionality）社会性（Sociality）Agents-in-the-world:具有自治性的实体拥有它们自己的意识，而且并不必要与外部的要求或愿望相适应。自治性的agent可以根据自身的条件，在不同程度上选择是否合作Agents-as-software:意识是指软件的一种特性，能够使软件表现出丰富的行为规律身份与边界（IdentityandBoundary）战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）2020/1/2913i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意识（Intentionality）社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）Agents-in-the-world:边界和身份的变化，通常是社会化、谈判和权力的转移等社会过程的结果Agents-as-software:如果所有agent都处于设计者的控制之中，则身份和边界的问题就变得比较简单战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）2020/1/2914i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意识（Intentionality）社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）战略反射（StrategicReflectivity）Agents-in-the-world:agents需要参照或比较完成任务的替代方式，而不是不带疑问地执行任务Agents-as-software:在软件运行的过程中，潜在的完成理性的利己主义（RationalSelf-interest）2020/1/2915i*框架设计过程中的几个关键问题自治性（Autonomy）意识（Intentionality）社会性（Sociality）身份与边界（IdentityandBoundary）战略反映（StrategicReflectivity）理性的利己主义（RationalSelf-interest）Agents-in-the-world:每个agent选择它们各自的策略，实现自身利益的最大化Agents-as-software:按照目标和信念，调整自身的行为2020/1/29165RelatedWork当前面向agent的软件工程的大多数的工作来源自程序设计和人工智能/分布式人工智能系统的观点，随着技术基础的成熟，我们需要更加关注软件工程及其应用方法论的问题人们开始认识到需求的重要性，而且给予环境更多地关注在软件Agent中，引入社会和组织的一些概念工作流（workflow）建模方法TheTroposProject致力于发展一套软件开发的方法论2020/1/29176EngineeringofAgent-OrientedSoftwarevs.Agent-OrientedEngineeringofSoftware面向agent的软件工程：就是采用agent概念作为核心的计算抽象概念的软件工程Agent的抽象概念和模型提供了传统符号所没有的表示和灵活性。软件工程的许多挑战不是技术性的，而是社会性和组织性的，如可重用性、可维护性、可扩展性、易理解性、外包、综合集成等