olex2系列教程1-基础操作

OLEX2系列教程1-基础操作lich666QQ：348511586E-mail：[e-mail]0介绍和设置OLEX20.1OLEX2的由来Olex2是由英国杜伦大学化学系Dolomanov教授开发的一款具有解析、精修、画图等多功能的单晶解析软件。软件基于Python语言。现已经更新至1.2.7版本。软件官网：(2009),J.Appl.Cryst.42,339-3410.2OLEX2的优点同传统的ShelxTL相比，olex2具有如下优点：图形界面美观数据回滚方便自带多种工具较强的扩展性0.3OLEX2的界面图形用户界面面板由work选项卡（精修相关），view选项卡（结构显示），tools选项卡（工具相关），info选项卡（展示信息）组成。命令行图形展示窗口菜单栏0.4OLEX2的配置推荐按照如下步骤进行olex2的配置：（1）先将olex2压缩包解压至一个没有中文字符的文件夹中。（不推荐使用下载器下载，速度实在太慢了）（2）将shelx2014里面的shelxl.exe、shelxs.exe、shelxt.exe复制到olex2.exe所在的文件夹中。（不推荐使用xl97了，速度慢，且多数杂志推荐使用2014了）（3）将shelxTL中的xprep.exe复制到olex2.exe所在文件夹中。（4）去platon网站下载platon.zip和pwt.zip，将platon.zip中的platon.exe和check.def复制到olex2.exe文件夹中，再将pwt安装后的salflibc.dll复制到olex2.exe所在的文件夹中。全部配置完见右图。（5）（可选）在菜单栏option中将olex2的自动更新关闭。（自动更新速度慢，且容易出错）。将所有文件压缩成一个压缩包备份防止软件出错。1OLEX2解简单结构解粗结构指认原子确定原子类型各向异性加氢结构整理添加信息Checkcif画图和出报告1.1打开结构121.选择菜单栏中FileOpen，弹出左图对话框。2.选择例子Sucrose，相应文件位于c:\olex2\sample_data\sucrose中（假设olex2路径为c:\olex2\），选择sucrose.ins。3.点击打开按钮，打开相应文件。31.2解粗结构12341.选择Work选项卡。2.点击Solve选项卡旁的小三角，弹出Solve工具。3.解析程序里选择ShelXS。4.点击Solve选项卡解出粗结构。5.出现多个褐色圆球，这些均为Q峰。结果如图。可以按住鼠标左键后任意旋转查看。51.3指认原子1.将鼠标移至Q峰上，观察峰重，下滚滚轮删除较轻的Q峰。（较轻峰Q峰颜色浅，较重峰颜色深）2.点击QtoC，较重峰全变成碳。3.点击点击Refine选项卡旁的小三角，弹出Refine工具。4.精修程序里选择ShelXL。5.点击Refine按钮精修。6.从1开始重复直到没有1以上的峰重。至此所有原子被找到。结果如图。2354611.3指认原子-小技巧1.点击Info选项卡2.点击ElectronDensityPeaks工具。3.从工具中可以看出Q峰有一个明显的“台阶”，台阶以上均是原子，台阶下均不是原子。在图形窗口中也可以明显看出。1231.4确定原子类型11111.圆圈中温度因子较小且周围有Q峰的为相对碳较重的原子，在本例中为氧。2.单击选中步骤1中相应原子并点击O按钮将之判定为氧。3.点击Refine按钮精修。4.从1开始重复直到所有原子温度因子相近。至此所有原子类型被确定。5.精修至收敛，即shift为0.000。2351.4确定原子类型-小技巧温度因子：热椭球较大的是较碳轻的原子或者不存在原子热椭球较小的是较碳重的原子键长：1.5是碳碳单键1.4是碳氧单键1.2是碳氧双键其他以此类推Q峰：数据好时旁边的Q峰往往是氢的位置，可通过氢的个数判断该原子是否为氮或者氧。R1值：当原子类型指认正确时，精修后R1值一般会下降。1.5各向异性131.把①处钩去掉。2.点击②处椭球按钮，将原子全部变为各向异性。3.点击Refine按钮精修至收敛。21.5加氢1.点击AddH可以给所有需要加氢的原子加氢2.单击可选中加氢不正确的氢，然后按Del可以删除。3.点击Refine按钮精修至收敛。4.重复步骤1直到所有氢被加上。1231.6精修权重1.在权重处打钩表明开始精修权重。2.单击Refine按钮进行精修。3.精修直到权重值变绿且收敛。1231.7结构整理-原子重命名1.使用Naming对原子改名。其中Start表示开始编号，Suffix表示后缀，Type表示原子类型。点击Name按钮出现Mode模式的提示，点击原子进行命名，命名完成后按Esc退出Mode模式。2.单击Refine按钮进行精修。更新原子名称。121.7结构整理-原子排序1.使用Sorting对原子改名。分别可选择原子质量、编号、标签等作为排序依据。2.单击Sort按钮进行排序。点击后ins文件自动更新。121.8CIF中添加必要信息1.点击Report选项卡的小三角，开始添加必要信息。2.Crytal处要填写晶体的Colour和Size&Shape。Diffraction处要填写Diffractometer（一般是CCDAreaDetector）和DiffractionT、CellMeasurementT。AbsorptionCorrecttion里均要填写。Absolutestructuredetermination一般都是ad。3.还可以选择是否加入hkl和res文件（发文章的话建议加入）。4.点击铅笔按钮打开ins，加入acta等命令。点击Refine按钮进行精修生成cif。2122341.9CHECKCIF1.生成cif后可以直接点击Report中的CheckcifReport按钮进行在线的验证。也可以去checkcif网站验证。2.也可以点击Pton按钮调用PLATON，使用其中的Validation选项进行离线的验证。121.10画图和出报告1.点击Draw选项卡的小三角进行画图设置。2.Label选项处选择non-H可将所有非氢原子加上编号。3.Type中选择jpd类型，Resolution处选择合适的解析度，Trim处的钩去掉。4.点击Go！即可保存相应图。图在hkl文件的目录下。123451.11其他小技巧除了SHELXS以外，可以使用SHELXT进行结构解析，XT可以自动指认原子类型，十分方便。解析的快捷键为Ctrl+S，精修的快捷键为Ctrl+R。下方命令行里可以输入fata命令检查原子类型是否有错，结果仅供参考。Olex2会自动向cif文件中的_refine_special_details部分填入精修的信息，十分方便直观。Draw-Postscript里可以保存矢量图。后续内容更加精彩！敬请期待！