分子生物学技术

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资源描述

实验内容:SDS碱裂解法提取质粒具体方法:(1)取菌液1.5mL至离心管中,12000rpm离心5min,弃上清。(2)加入100ul溶液1,充分悬浮菌液;(3)加入200ul溶液2,上下颠倒5次,冰上3min;(4)加入150ul溶液3,轻晃10s,冰上3~5min;(5)12000g离心10min,将上清移至新试管;(6)加2倍体积异丙醇混匀,室温静置10min;(7)12000g离心5min,去掉上清;(8)自然干燥沉淀,加30ulTEbuffer,取3-5ul酶切电泳鉴定,剩余-20ºC保存。改进之处:不使用酚/氯仿,时间变短注意事项:无自己的实验感想:与采用分子克隆中的方法所得结果没有区别。感谢参与,已奖励威望2,金钱50,经验50!但是有几个问题:(8)自然干燥沉淀,加30mLTEbuffer,取3-5mL酶切电泳鉴定,剩余-20ºC保存。,单位是否有问题!sorry,应该是微升,原文已经改了实验内容:大肠杆菌感受态细胞制备具体方法:1.挑一单菌落接种与20mlLB,过夜2.按1%(v/v)接种于新鲜培养基,210rpm,约2.5h,至OD.600=0.4。冰浴10min3.分装于1.5ml预冷EP管,室温离心12,000g,20sec。无菌操作,去上清。4.每管用1ml预冷0.1MCaCl2(含10%甘油)重悬;冰浴5min;室温离心12,000g,20sec。无菌操作,去上清。5.每管用100ul预冷0.1MCaCl2(含10%甘油)重悬;-70度保存备用。改进之处:无须低温离心;适合与没有冷冻离心机的实验室。注意事项:尽量减少在室温放置的时间有利于提高感受效率。自己的实验感想:由于实验室没有大型冷冻离心机,改进后可以不用跑到公共实验室了:)感受态效率不错,不低于常规方法制作的感受态效率质粒DNA的提取纯化(碱法)1、取1.5ml培养液倒入1.5mleppendorf管中,4℃下12000g离心30秒。2、弃上清,将管倒置于卫生纸上数分钟,使液体流尽。3、菌体沉淀重悬浮于100μl溶液Ⅰ中(需剧烈振荡),室温下放置5-10分钟。4、加入新配制的溶液Ⅱ200μl,盖紧管口,快速温和颠倒eppendorf管数次,以混匀内容物(千万不要振荡),冰浴5分钟。5、加入150μl预冷的溶液Ⅲ,盖紧管口,并倒置离心管,温和振荡10秒,使沉淀混匀,冰浴中5-10分钟,4℃下12000g离心5-10分钟。6、上清液移入干净eppendorf管中,加入等体积的酚/氯仿(1:1),振荡混匀,4℃下12000g离心5分钟。7、将水相移入干净eppendorf管中,加入2倍体积的无水乙醇,振荡混匀后置于-20℃冰箱中20分钟,然后4℃下12000g离心10分钟。8、弃上清,将管口敞开倒置于卫生纸上使所有液体流出,加入1ml70%乙醇洗沉淀一次,4℃下12000g离心5-10分钟。9、吸除上清液,将管倒置于卫生纸上使液体流尽,真空干燥10分钟或室温干燥。10、将沉淀溶于20μlTE缓冲液(pH8.0,含20μg/mlRNaseA)中,储于-20℃冰箱中。[注意]1.提取过程应尽量保持低温。2.提取质粒DNA过程中除去蛋白很重要,采用酚/氯仿去除蛋白效果较单独用酚或氯仿好,要将蛋白尽量除干净需多次抽提。3.沉淀DNA通常使用冰乙醇,在低温条件下放置时间稍长可使DNA沉淀完全。沉淀DNA也可用异丙醇(一般使用等体积),且沉淀完全,速度快,但常把盐沉淀下来,所以多数还是用乙醇。实验内容:重组子鉴定(菌落PCR)具体方法:1.PCRmixture的制备Taqbuffer(10*)20uldNTP(2.5mM)5ulPrimerupward(50nM)10ulPrimerdownstream(50nM)10ulddH2O147ulTaq(2U/ul)8ul--------------------------------------------total200ul将上述溶液混匀,10ul每管分装与200ulPCR管中。2.常温下随机挑选转化板上的转化子,用灭菌的牙签或枪头挑取少量菌体,在LB-Agar平板上轻点,做一copy;然后将沾有菌体的牙签或枪头置于相应的装有PCRmixture的PCR管中洗涤数下(管子做好记号,如平板上点的是1#,则管子上也标1#,以便筛选到克隆后的扩到培养),盖紧管子。3.将混有菌体的PCRmixture置PCR仪按常规条件扩增。电泳检测是否得到目的片断。如有则为阳性克隆。4.将已经接种有菌落的平板置37度培养箱培养过夜,使菌落扩增;次日挑选阳性克隆做进一步筛选或培养。步骤2也可以不点板,直接接种摇菌,如果使早上做PCR的话,下午就可以提质粒,得到重组载体。改进之处:节省了常规酶切鉴定耗时费力的缺点。同时加快了试验进程。本人曾经用三天时间完成了一个克隆的构建并表达:第一天早上PCR扩增目的基因,同时抽提载体的质粒;中午酶切,下午连接转化;第二天早上鉴定摇菌,下午抽提质粒转化(转到BL21(DE3)中);第三天诱导表达。注意事项:设计引物很关键。一般如果是定向克隆,用载体上的通用引物即可;如pET系列可用T7通用引物。如果是非定向克隆(如单酶切或平末端连接),一条引物用载体,一条引物用目的基因上的,这样就可以比较方便的鉴定了,而且错误概率很低:)不过要注意PCR条件的选择,接近最佳犹佳。同时挑取的菌体不宜太多,否则会有非特异性扩增。自己的实验感想:试验就像游戏,多尝试就会有新发现:)CompetentBacteriafortheOneMinuteTransformationMethodPreparationofcompetentcells:1.GrowcellsovernightinLBat37℃.2.Incubatein1literofLBwith10mloftheovernightcultureandgrow1to1.5hourat37℃toOD595=0.5.3.Splitintotwo500mlprechilledsteriledpolypropylenetubesandcentrifugeinSS-34rotor@3500rpmfor10min,resuspendin200mlofTsfⅠeach(icecold).Donotusepipettes,resuspendbyswirlinginanicebucketatnearlyhorizontalleveronshakerincoldroom,handswirloccasionaltospeeduptheprocessandmakesurenocellchunksleft.4.CentrifugeinSS-34rotor@3500rpmfor10min,resuspendin20mlofTsfⅡeach(icecold).5.Aliquotcellsinconvenientsizes(550μlpertube)andfreezeinliquidN2.(Note:freezingprocedureisnecessaryforhighestcompetency).6.Storeat-70℃.Transfromationofcompetentcells:Thawcompetentcellsonice,aliquot50to100μl/tube.AddDNAandheatshockat37℃(or42℃)for1min.Plate.(Note:Keeponicebeforeandafteraslongasyou’dlike.30’’isfine.)Thisusuallygives106perμgforsupercoiledplasmid,butyoucanincreasetheefficiencybylettingthecells&DNAsitoniceabout30minbeforetheheatshock.Solutions:TsfⅠ30mMKOAc50mMMnCl2orMgCl2100mMKCl10mMCaCl215%glycerol(w/v)pHto5.8with0.2MAceticAcid(IfyouovershootthepHtolessthan5.8thendiscardandbeginagain.)TsfⅡ10mMNa-MOPSpH775mMCaCl210mMKCl15%glycerol(w/v)很好用,效率很高,同时省去了钙转或电转的麻烦大肠杆菌质粒提取1.过夜培养的菌液倒入1.5ml离心管中,离心,13000rpm,30sec;2.倒去管中上清液,在沉淀中加入100μlSolutionⅠ,振荡至彻底悬浮,(以使沉淀与SolutionⅠ充分混合),室温静置10min;3.加入200μlSolutionⅡ,立即温和颠倒离心管5-10次以混匀,冰上静置5min;4.加入150μlSolutionⅢ,立即温和颠倒离心管5-10次以混匀,冰上静置10min;5.13000rpm离心5min,把上清液小心移入另一新的离心管中;6.加入400μl苯酚,混匀,室温静置5min;7.13000rpm离心3min,将上清液吸至另一新的离心管中;8.加入400μl氯仿,混匀,13000rpm离心30sec,取出下相,弃之;9.重复上一步骤;10.在上清液中加入上清液1/20体积的5MNaCl和上清液2倍体积预冷的无水乙醇,13000rpm离心10min;11.此时在离心管底部出现白色的沉淀,小心地倒出上清液,用1ml70%乙醇清洗沉淀;12.13000rpm再次离心5min,倒掉上清液,用真空机使沉淀干燥;13.加入TE(pH=7.4,含20μg/mlRNaseA)缓冲液,使质粒溶解于其中,37℃水浴30min后可直接用于酶切,或贮存于-20℃中。注:SolutionⅠ:0.9克葡萄糖、2.5mlTris(1.0M,pH=7.5)、2.0mlEDTA(0.5M,pH=8.0)三者用无菌水定容至100ml,高压后使用。使用前加入溶菌酶,使其浓度为5mg/ml。SolutionⅡ:200μl,10MNaOH、1ml10%SDS与8.9ml无菌水混合。现配现用,贮存时间不超过一周。SolutionⅢ:26.5克醋酸钾用冰乙醇调至pH=4.8,再用无菌水定容至100ml.时间可能是久了点,但是蛋白质去的很干净,而且也基本上看不到RNA,效果很好,切出来的带很漂亮质粒DNA的提取纯化(碱法)1、取1.5ml培养液倒入1.5mleppendorf管中,12000g离心5!。2、菌体沉淀重悬浮于100μl溶液Ⅰ中(需剧烈振荡)3、加入新配制的溶液Ⅱ200μl,温和颠倒eppendorf管数次,以混匀内容物(千万不要振荡).NAOH,必须新鲜。4、加入150μl预冷的溶液Ⅲ,温和振荡10秒,使沉淀混匀,冰浴中5分钟,12000g离心10分钟。加入溶液2后,迅速加入,中和碱性,避免基因组dna断裂。--20预冷的除,效果更好蛋白。5、上清液移入管中,加入等体积的氯仿,静置5分钟。12000g离心10分钟。6、将水相移入管中,加入2倍体积的无水乙醇,温和混匀后置于-20℃冰箱中20分钟。12000g离心10分钟。7、弃上清,加入500ul70%乙醇洗沉淀一次,5000g离心3分钟。8、重复79、吸除上清液,将管倒置于卫生纸上使液体流尽,真空干燥5分钟10、将沉淀溶于20μldd水中,储于-20℃冰箱中。[注意]1,提质粒无需低温。第一步,菌液必须吸取干。2、NAOH必须新鲜3,加溶液2后迅速加入溶液3,避免2对基因组DNA的破坏。4,溶液3,最好-20冷却,有利沉淀形成,放置5分,冰欲。5,不用酚氯仿抽提。直接加等体积氯仿。静置5分钟6,2体积无水乙醇的效果好于1体积的异丙醇的效果7,除蛋白,最好70%乙醇洗涤2次。轻轻打起沉淀。8,做酶切,最好加dd水。碱裂解法制备质粒原理碱裂解法从大肠杆菌制备质粒,是从事分子生物学研究的实验室每天都要用的常规技术。为了方便理解,这里罗列一

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